viernes, 26 de julio de 2013

La evolución de las especies y su microbioma

Pronto lo traduciré.

There are many questions surrounding the relationship between the functioning of our human body and the presence of the microbes that live in and on us. The current state of knowledge does not allow us to fully understand what impact our microbiota has on our lives. To approach this question, it is important to find out how our gut metagenome interacts with our own genome.

On July 18th, 2013, Science Magazine published an interesting paper called "The Hologenomic Basis of Speciation: Gut Bacteria Cause Hybrid Lethality in the Genus Nasonia", authored by Brucker and Bordenstein from the Vanderbilt University. For this study, the researchers used three species of wasps of the Nasonia genus. Two of those species were genetically closely related while the third had diverged earlier in evolution. It appears their relative distance in the evolution tree also affected their relative proximity in the composition of their respective gut microbiota.

Hybrids of closely related species had a low rate of mortality (~8%), while those of distant species had a significantly higher mortality rate (>90%). Interestingly the microbiome of the survival hybrids were quite similar to that of their parents, whereas the microbiome of the hybrids that did not survive were completely different. The researchers then showed that the incompatibilities that caused the death of the hybrids had a microbial basis. The germ-free hybrids survived normally, but when given a gut microbiota from regular hybrids, their survival rate plummeted.

As stated by the authors in the abstract of their paper, the central element to remember here is that "in this animal complex, the gut microbiome and host genome represent a coadapted hologenome that breaks down during hybridization, promoting hybrid lethality and assisting speciation". Thus evolution should be seen as a process which affects species together with their gut microbiota.


You can discuss the paper and its findings with the authors on Twitter by following @Symbionticism and @liveinsymbiosis.

jueves, 18 de julio de 2013

Los vídeos de Benchfly

No conocía esta página web. En ella se explican las distintas técnicas que se emplean en los laboratorios de biología, química etc. Un iniciativa interesante

http://www.benchfly.com/video-protocols/2/biology/

miércoles, 17 de julio de 2013

También en ciencia los pobres son más productivos que los ricos.

Esta ha sido la conclusión de un trabajo publicado en PlosOne, un revista científica de acceso libre, por dos investigadores canadienses: Jean-Michel Fortin y David J. Currie. La pregunta que se hicieron antes de comenzar el trabajo fue: los científicos más ricos, es decir, los que reciben más fondos, son los que más publican y los que lo hacen en mejores revistas. Pero... ¿Y si comparamos los índices de publicación con el dinero que reciben? ¿Quiénes son más rentables los científicos que reciben mucho dinero o los que reciben poco?. Bien, la conclusión de su trabajo es que los científicos menos financiados son más productivos comparados con los científicos que han recibido mayores fondos.

Bravo. Ya era hora de que alguien hiciese este trabajo. Ya está bien de "científicos de élite". ¿No les llega con los deportistas de élite para ver la cantidad de monstruos que genera la supercompetición?.

La pregunta que se formularon estos dos investigadores canadienses no es una tontería. Hay países como Australia que se han decantado por financiar sólo a primeras espadas de la ciencia. Investigadores muy buenos, con muchísimas publicaciones, adictos al trabajo reciben unas dotaciones de dinero poderosas. Normalmente publican en las mejores revistas. A priori este parece un buen sistema, pero lo “a priorístico” no siempre es lo que ocurre en la realidad. Para contestar una pregunta de este tipo la estadística viene muy bien.

¿Cómo hicieron el trabajo estos dos autores?

Para empezar consideraron cuatro índices para medir el impacto del trabajo de los científicos: número de artículos publicados; número de veces que otros científicos citan esos trabajos en sus artículos; el artículo más citado y el número de artículos más citados, todo esto en un periodo de cuatro años. Relacionaron esos índices con la cantidad de dinero recibida por la agencia canadiense que financia la ciencia pública.

Lo primero que vieron era que el impacto de los trabajos científicos por dolar era menor en aquellos científicos que recibían mayores fondos. Este resultado se daba de bruces con el pensamiento “apriorístico” de “Mayor financiación lleva a mayores y mejores descubrimientos”. También vieron que el impacto científico estaba limitado solo ligeramente por la financiación. La recomendación de estos dos autores es que las estrategias de financiación debieran de favorecer la diversidad en vez de la excelencia científica ya que parece que la diversidad es mucho más productiva.

La fuente original se puede bajar de aquí:

http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0065263
Citation: Fortin J-M, Currie DJ (2013) Big Science vs. Little Science: How Scientific Impact Scales with Funding. PLoS ONE 8(6): e65263. doi:10.1371/journal.pone.0065263. Published: June 19, 2013

viernes, 5 de julio de 2013

Razones por las que la ciencia no despega en España

Hay dos razones por las que un país decide invertir en ciencia: por no perder supremacía militar y para mantener ciertas industrias tecnológicas en primera línea. España no tiene un papel militar relevante y sus industrias de perfil tecnológico no son demasiadas. Es por eso que aquí se reduce la ciencia  un 40% y la religión católica un 0%. ¿Hay algún millonario o emprendedor entre nuestros políticos? si os fijáis casi todos son funcionarios y casi todos provienen de la educación religiosa. Si además pensamos en que en España para ser un "Señor" lo único que hace falta es ser un Bárcenas o un Mario Conde y que haber escrito un libro, cultivar un hobby o tocar un instrumento no es una condición sine qua non para ser un caballero como ocurre en otros países pues ya vamos teniendo las pistas para entender el desapego de España, Portugal o cualquiera de los países latinoamericanos por la ciencia. Cuando se ven las encuestas se observa que una mayoría de la población quiere que se financie más ciencia o que se financie la educación, pero esa masa anónima de opinantes no son aquellos con capacidad de gestionar el poder. ¿Quienes gestionan el poder? ¡Ah! es verdad, aquellos funcionarios que habían estudiado en colegios religiosos y para este tipo de personas no ven a la ciencia como trampolín de nada. Ellos llegaron a donde llegaron, es decir, a lo importante, por otro medios, y claro, son estos medios los que les preocupan. Mientras tanto apoyamos a los casinos, a los puticlubs, los yates de grandes esloras y la caza. Fijáos si no: Eurovegas, impunidad de los puticlubs (hay varios a las salidas de cada pueblo un poco grande), reducción de impuestos a yates de grandes esloras y relajación con respecto a la caza.

jueves, 4 de julio de 2013

La bacteria del cólera ha condicionado los genomas de las poblaciones de personas afectadas

Interesante artículo publicado en Esmateria por Teresa Alameda

http://esmateria.com/2013/07/03/halladas-claves-geneticas-contra-una-bacteria-que-mata-a-100-000-personas-al-ano/

Referencia: E. K. Karlsson, J. B. Harris, S. Tabrizi, A. Rahman, I. Shlyakhter, N. Patterson, C. O’Dushlaine, S. F. Schaffner, S. Gupta, F. Chowdhury, A. Sheikh, O. S. Shin, C. Ellis, C. E. Becker, L. M. Stuart, S. B. Calderwood, E. T. Ryan, F. Qadri, P. C. Sabeti, R. C. LaRocque, Natural Selection in a Bangladeshi Population from the Cholera-Endemic Ganges River Delta. Sci. Transl. Med. 5, 192ra86 (2013).

miércoles, 3 de julio de 2013

Un doctorado en España es una historia de pérdidas

Genial. Por favor guionizad Doctorandos y tratad de venderlo como serie.
Ya no es que sea buenísimo sino que necesitamos que se conozca esta versión de la investigación en España. Hasta los cojones de ver a los popes diciendo: "es que se me va mi mejor gente". Es que cabrón no debías de tener tanta gente trabajando para ti, tipos de 40 años siendo vampirizados por una generación que llegó a donde llegó porque simplemente se pasó de pocas universidades a tropecientas cuando ellos acabaron sus doctorados y consiguieron la plaza guapamente.


lunes, 1 de julio de 2013

Personal career

My career has three stages completely differentiated. During my pH.D. training I worked purifying proteins and performing enzymatic assays. The proteins were DNA topoisomerases of Streptococcus pneumoniae that are targets of a kind of antibiotics called fluoroquinolones. During my postdoc in the lab of Michele Swanson, I worked with Legionella pneumophila studying how the bacteria release membrane vesicles with lipopolysaccharide to inhibit phagosome maturation. This work was mention in f1000.com and received the first prize in the Alcora International Contest on research in Legionella. During that period I have also worked for three months in Dresden, Germany, studying how bacteria release lipopolysaccharide to the culture medium and in the phagosome. In my last period of research I discovered that membrane vesicles release by Acinetobacter baumannii serve as carriers for DNA horizontal transmisión between diferent species of Acinetobacter. That work suggest that the membrane vesicles could be a new way of horizontal transmission of DNA between bacteria. In 2010 I started to work profesionally in science communication and now I am currently enrolled in a Masters of Bioinformatics and Biostatistics.