viernes, 31 de julio de 2015

Líquen que cambia de simbiontes como Mr Potato cambia de piezas


Los líquenes son una cooperativa de hongo, algas y recientemente se ha descubierto que también de bacterias. Los hongos construyen la casa y las algas viven dentro como si fuesen la mortadela de un bocadillo. Muchos amantes del altruísmo han visto en esta asociación la prueba que valida al altruísmo como un motor de la evolución (Kropotkin, Margulis...). Pero ¿Qué hay detrás de esta imagen bucólica de comuna hippy?
 Un grupo de investigadores españoles y alemanes han publicado un artículo muy interesante sobre el líquen Cetraria aculeata. Este líquen puede vivir en sitios muy muy distintos tales como las costas del Mediterraneo, las llanuras heladas de la Antártida, regiones áridas del Asia Central o la Patagonia. La mayor parte de los organismos que viven en la Antártida son incapaces de vivir en sitios calidos y soleados como el Mediterraneo.
La habilidad de los líquenes para eliminar bacterias simbióticas como compañeras de viaje e incorporar a otras bacterias recuerda la habilidad del Mr Potato para cambiar de piezas. Esto le permite al líquen conquistar ambientes muy distintos. Este tipo de interacciones ha animado a algunos investigadores a crear una nueva teoría sintética: la Teoría Hologenómica de la Evolución.
 Esta capacidad sorprendente de adaptación se debe a la habilidad del líquen para secuestrar o para reclutar a nuevos simbiontes que les permitan vivir en los nuevos hábitats. Muchos líquenes son capaces de crear estructuras para mantener distintas cianobacterias aisladas porque quizás juntas no se lleven bien. Para ello crean unas estructuras llamadas cefalodios. En este sentido el líquen más que funcionar como una comuna funcionaría como una pensión en donde cada huesped tendría su propia habitación. Estos investigadores descubrieron que C. aculeata cambia de simbiontes según el área geográfica en donde viva. No hay fidelidad sino puras relaciones de conveniencia

Diversidad genética de las distintas poblaciones del hongo integrado en el líquen Cetraria aculeata (semicírculos blancos) y sus cianobacterias (semicírculos grises). El tamaño de los semicírculos es proporcional al nivel de diversidad. Los círculos de la derecha resumen los niveles de diversidad entre regiones. Extraído del Printzen et al. 2007.
Referencias:
Printzen, C., Domaschke, S., Fernández-Mendoza, F., & Pérez-Ortega, S. (2013). Biogeography and ecology of Cetraria aculeata, a widely distributed lichen with a bipolar distribution. MycoKeys, 6, 33-53.
http://www.europapress.es/ciencia/habitat-y-clima/noticia-cambio-companero-fotosintetico-permite-hongos-forman-liquenes-colonizar-nuevos-habitats-20150812155135.html

Puenting científico

En una entrevista publicada en El País, el científico británico Peter Lawrence nos obsequió con unas declaraciones que son oro puro por su pertinencia y validez: “En una estancia posdoctoral típica de tres años, los científicos jóvenes tienen que pasar la mitad de su tiempo intentando negociar su futuro, entonces ¿cuándo investigan?

¿Estancias postdoctorales de tres años? y de uno, como ha sido mi caso. ¿Qué puedes hacer en un año de investigación? pues los gestores científicos creen que se puede hacer mucho y cuando entregas el informe final de tu trabajo te preguntan por el número de artículos científicos publicados, libros e incluso patentes.

Se crea así una nueva figura: el científico "bungee", o más bien, el puenting científico. Hay una viñeta fantástica del dibujante Scott Adams sobre un fenómeno similar en las corporaciones americanas: el "bungee boss", un jefe que llega y desaparece tan pronto como es incorporado. Por lo visto es algo frecuente allí.
  
Si cambiamos boss por científico ya tenemos a nuestra nueva categoría laboral en ciencia.

¿Son las publicaciones "open access" las favelas de la ciencia?

http://scholarlyoa.com/2015/07/30/is-scielo-a-publication-favela/

Uno de los problemas con las revistas de acceso abierto es que como no hay límites físicos (la revista no se publica en papel) se tiende a aceptar muchos más artículos científicos de los que sería conveniente. Esto hace que baje el índice de impacto, pero ojo, la bajada de índice de impacto se puede compensar con una mayor citación de los trabajos presentados. A más trabajos más posibilidad de que alguno se vaya citando, con lo cual la pérdida de calidad se compensa con la saturación en la red de artículos científicos.

miércoles, 29 de julio de 2015

El problema de las resistencias a los antibióticos (también en Ecuador)

Desde el empleo masivo de antibióticos a partir del final de la Segunda Guerra Mundial se constató la aparición de bacterias mutantes resistentes a los mismos. A finales del S.XX comenzaron a aparecer, en el ámbito hospitalario, bacterias multirresistentes, es decir, capaces de resistir a la mayoría de antibióticos disponibles hasta ese momento. Hoy en día existen bacterias patógenas humanas causantes de diarreas con resistencias a los antibióticos (Finlay et al. 2013; Lanata et al. 2013). Esto hace que los tratamientos se compliquen y encarezcan. En el Ecuador hemos también constatado este problema (Brussow, et al. 1992).  

Situación del problema

El problema de las bacterias multirresistentes a los antibióticos es un problema mundial y aquí en el Ecuador también lo sufrimos. Es un problema tan acuciante que organismos como la OMS, la Unión Europea, el gobierno de los EEUU han alertado de este problema y urgido a buscar soluciones. Se estima que en 2050, los patógenos multirresistentes causarán más muertes que el cáncer y los accidentes viales juntos.

Efectos inmediatos y futuros.

Los efectos inmediatos los tenemos hoy en día en los hospitales ecuatorianos. En el Hospital Eugenio Espejo hay una cepa de Klesiella capaz de resistir a todos los antibióticos menos a uno. Un 20% de estas Klebsiellas son capaces de resistir incluso a esa última barrera. Los efectos futuros son: las cirugías volverán a ser de alto riesgo; diremos adiós a los transplantes de órganos; aumentará el riesgo en los partos; aumentarán las muertes infantiles asociadas a diarreas, neumonía etc; aumentará la mortalidad de las personas encamadas y el periodo de jubilación volverá a acortarse.
Existen bacterias para las cuales solo hay un antibiótico que funciona sólo el 84% de las veces ¿Parece mucho? pues bien, es lo mismo que jugar a la ruleta rusa en donde con una bala tienes el 84% de que no te toque.

Causas probables y  factores asociados.

El problema de la aparición de bacterias resistentes a los antibióticos se debe principalmente al abuso de antibióticos en las granjas de animales. Se calcula que en los EEUU se consumen 3.5 veces más antibióticos en las granjas que para su uso en humanos. El problema reside en que cada vez aparecen menos nuevos antibióticos en el mercado. Esto es debido a que las bacterias y las células eucariotas comparten casi todas sus moléculas (las células eucariotas proceden de una simbiosis de bacterias). Hay pocas moléculas distintas en las bacterias con respecto a las células eucariotas, y es en estas moléculas distintas donde ejercen su actividad letal los antibióticos. Por lo tanto cada vez disminuyen las probabilidades de encontrar nuevas dianas que no hayan sido explotadas y para las cuales no hayan aparecido mutantes resistentes. Además a las compañías farmacéuticas no les es rentable invertir en el desarrollo de nuevos antibióticos. La aparición de mutantes es hoy en día tan rápida que al poco tiempo de salir el antibiótico al mercado ya hay bacterias capaces de resistir este antibiótico. Muchas de estas bacterias resistentes se generan en las granjas en donde se alimenta constantemente a los animales con antibióticos de manera preventiva.

El problema es parte de un contexto en el que se conjugan otros problemas.

El problema de la resistencia a los antibióticos se debe a una mala educación con respecto a su uso. Todavía en el Ecuador es posible comprar antibióticos sin receta. En las granjas el uso de antibióticos se utiliza para evitar las epidemias y también para el engorde de ganado. Los beneficios del uso de antibióticos es tan grande que a pesar de que se ha prohibido en algunos países los ganaderos presionan para seguir utilizándolos.

Actores y/o instituciones involucradas.

Los médicos, farmacéuticos y autoridades sanitarias, así como autoridades educativas. Se debieran de hacer campañas para concienciar en el buen uso de los antibióticos y que la población los perciba como una conquista de la humanidad que no debemos perder por su mal uso. En los hospitales se debiera de extremar las condiciones higiénicas destinadas a evitar la difusión de bacterias resistentes entre servicios así como mejorar el diagnóstico de las enfermedades infecciosas y de las bacterias causantes para acertar con el antibiótico a utilizar. El Ministerio de Agricultura debiera de promulgar una legislación más restrictiva respecto al uso de antibióticos en las granjas.
Los antibióticos sólo son efectivos para matar bacterias, no matan virus por eso son inútiles para un resfriado

Soluciones que se han intentado.

Las actividades y políticas que se pongan en práctica para racionalizar el uso de antibióticos en los centros de asistencia sanitaria pueden, según los expertos, disminuir el consumo de estos fármacos entre un 20 y un 40%. Implementar programas para incentivar el uso racional de antibióticos en las comunidades puede ser todavía más ambicioso, pues cubre un amplio abanico que va desde ambulatorios y farmacias, hasta el ámbito doméstico y la agricultura. Otro problema que hay que atacar sería la automedicación de los consumidores, especialmente en el sur de Europa, África, Suramérica y Asia. Los consumidores tienen una actitud positiva hacia los antibióticos, pero un conocimiento pobre sobre estos medicamentos y enfermedades. Además de tener políticas claras de concienciación sobre la resistencia de antibióticos, la educación a todos los trabajadores de la salud, profesionales de laboratorio, veterinarios y público general sobre el uso apropiado de estos fármacos es esencial. Los expertos coinciden en que nada como la prevención para evitar el uso indebido de antibióticos. Si no hay infección, no hay paciente qué tratar. Mejorar los métodos de diagnóstico puede ayudar a reducir el uso de antibióticos. Hay que mejorar los laboratorios de microbiología para que ofrezcan resultados más precisos y en menos tiempo. Otra solución es la búsqueda de alternativas a los antibióticos.

¿Pueden ser los fagos una alternativa a los antibióticos?


La terapia basada en fagos tiene ya 100 años de antigüedad. Existen compañías que están vendiendo fagos, de manera exitosa, para su uso en la industria cárnica, para curar heridas en la piel infectadas con bacterias resistentes a los antibióticos etc. Los fagos presentan limitaciones como son su especificidad. Recordemos que una de las virtudes de los antibióticos es que matan a todo tipo de bacterias. La especificidad de los fagos es también una ventaja porque nos permitirán eliminar ciertas bacterias patógenas respetando a la florar normal de nuestro organismo (Golkar et al. 2014).

Referencias:

Brussow, H., Rahim, H., and Freire, W. (1992). Epidemiological analysis of serologically determined rotavirus and enterotoxigenic Escherichia coli infections in Ecuadorian children. Journal of Clinical Microbiology, 30(6), 1585–1587.
Croxen, M. A., Law, R. J., Scholz, R., Keeney, K. M., Wlodarska, M., and Finlay, B. B. (2013). Recent advances in understanding enteric pathogenic Escherichia coli. Clinical Microbiology Reviews, 26(4), 822–880.
Lanata, C. F., Fischer-Walker, C. L., Olascoaga, A. C., Torres, C. X., Aryee, M. J., and Black, R. E. (2013). Global Causes of Diarrheal Disease Mortality in Children <5 .="" 1="" 8="" o:p="" one="" plos="">
Golkar Z, Bagasra O and Pace DG. (2014) Bacteriophage therapy: a potential solution for the antibiotic resistance crisis. J Infect Dev Ctries. 8(2):129-36.

martes, 28 de julio de 2015

Si, algunas bacterias atraviesan los filtros de 0.2 micras

Filtro de 0.2 micras desechable para jeringuillas
En los laboratorios se utilizan muchísimo este tipo de filtros para tener que evitar autoclavar soluciones a las que el calor les vendría muy mal. Este grupo de investigadores demuestra que algunas bacterias muy pequeñas atraviesan  filtros de 0.2 micras

Referencia:

http://www.nature.com/ncomms/2015/150227/ncomms7372/full/ncomms7372.html?utm_content=buffer84a3c&utm_medium=social&utm_source=twitter.com&utm_campaign=buffer

Inflar el CV con artículos estandarizados sin interés ni lectores

La socióloga Saskia Sassen
No suelo poner enlaces a El País, pero hoy no me ha quedado otra. Se trata de un artículo firmado por Holm-Detlev Köhler sobre la socióloga Saskia Sassen y su reflexiones sobre nuestro sistema universitario, os dejo aquí el fragmento: 

"La tercera enseñanza de Saskia Sassen nos lleva a la futura quiebra de nuestro sistema académico-universitario. Una de las científicas más importantes de nuestra época no ha conseguido ningún sexenio, ninguna acreditación, frente a los criterios de nuestras agencias de evaluación, que anteponen siempre el mismo criterio: tres publicaciones JCR (Journal Citation Reports) en los últimos cinco años. Sassen no tiene ni una, sino que ha publicado libros e informes, fruto de proyectos de investigación de verdad y referencias fundamentales para académicos comprometidos, ha publicado numerosos artículos en medios de gran difusión, etc., pero se ha resistido a la práctica de inflar su currículum con artículos estandarizados sin interés ni lectores, más allá de círculos de amigos de citación mutua. Estamos entregando nuestra calidad científica a Thompson Reuters (la empresa gestora de los JCRs) igual que la calificación de nuestras economías a Fitch, Moody's y Standard & Poor's. La estandarización de nuestra enseñanza universitaria y de nuestra producción científica nos llevará a universidades sin debates, investigaciones sin compromiso y un sistema académico sin pensamiento".

La peligrosa deriva de las publicaciones en acceso abierto

Interesantísima entrada la del blog Ciencia con futuro.


lunes, 27 de julio de 2015

Charla sobre fagos en Yachay

El próximo viernes 31 de julio estaré en Yachay para dar una charla sobre fagos

Los fagos, como las ratas, son capaces de abandonar el barco

Los fagos como las ratas han evolucionado para detectar problemas y abandonar el barco
El fago lambda es un virus que tiene dos modos de vida. Se puede integrar en el cromosoma de Escherichia coli (E. coli) o bien puede entrar en E. coli, replicarse, es decir, aumentar el número de copias, reventar a la célula desde dentro e ir a hacer lo mismo con otras E. colis que pueda encontrar en los alrededores. Normalmente elige integrarse en el cromosoma, así cuando la E. coli se divide también divide los genes del fago lambda que así pasan a la siguiente generación.  El fago de esta manera vive como un polizón dentro de la bacteria. ¿Pero qué pasa si la bacteria está en peligro? lo mismo que las ratas el fago lambda comienza a replicarse lista para abandonar el barco.

Cuando E. coli detecta estres se activa una proteína, RecA, esta proteína destruye a otra proteína, LexA. La función de LexA es reprimir los genes de respuesta SOS de reparación de ADN. Pues bien, la proteína lCI, que también es represora de la activación de los genes del fago lambda, es degradada por la proteína LexA. ¿Se entiende la jugada? si la bacteria entra en estres se produce proteína RecA que va a degradar a la proteína represora de la respuesta SOS y también de la proteína que mantiene al fago en un estado lisogénico (dormido) en el cromosoma. Al destruirse la proteína lCI los genes del fago incrustados en el cromosoma de la bacteria comienzan a expresarse, se forman decenas de copias del fago lambda y al final acaban por romper la célula de la bacteria y diseminándose por el medio en busca de otras E. colis. La selección natural ha ido seleccionando fagos que tuviesen una  proteína lCI que fuese degradable por RecA para que en caso de peligro saltar del barco en apuros como las ratas.

Referencias:

Engelberg-Kulka H, and Kumar S. 2015. Yet another way that phage λ manipulates its Escherichia coli host: λrexB is involved in the lysogenic-lytic switch. MicroReview, 96, 689 − 693 PMID 25684601

viernes, 24 de julio de 2015