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lunes, 30 de julio de 2012
domingo, 29 de julio de 2012
¿Qué importancia tiene una bacteria virtual?
Una bacteria es la célula más pequeña que hay. Entre las bacterias, Mycoplasma genitalium se encuentra entre las bacterias más pequeñas conocidas por la ciencia. Tiene sólo 525 genes. Si tenemos una bacteria "in silico" es decir, todo su comportamiento compilado en un programa de ordenador, podemos predecir cual va a ser su comportamiento en caso de que alguno de esos 525 genes sea defectuoso, o como se comportará la célula en presencia de un metabolito determinado. El artículo publicado por Karr et al. este mes en la revista "Cell" es un primer intento de construcción de una célula virtual. ¿Cuánto tiempo pasará hasta que podamos tener un modelo de célula virtual humana en la que podamos simular el efecto de un fármaco o su susceptibilidad al desarrollo de cánceres?. Recordemos que hace diez años secuenciar el genoma humano costó 2000 millones de dólares. Hoy en día secuenciar el genoma de cada uno de nosotros cuesta 700 euros. ¿Qué podemos saber si tenemos nuestra secuencia genómica? muchas cosas, nuestra susceptibilidad a distintos fármacos, probabilidad de desarrollar determinados cánceres... pero imaginemos que integramos toda esa información en un modelo virtual. El modelo virtual nos permite simular el comportamiento, nos permite preguntarle a la célula cómo se va a comportar en caso de recibir un medicamento, o en caso de mutación de uno de nuestros genes cómo se va a comportar toda la biología celular. Estamos pues a las puertas de una gran revolución en medicina y todo va a empezar, como no, con nuestras amigas las bacterias.
Mycoplasma genitalium y el nacimiento de la biología virtual
Mycoplasma genitalium es una de las bacterias con el cromosoma más pequeño. Tiene sólo 525 genes. Por ese motivo fue elegida por el científico y empresario Craig Venter para generar su genoma de novo. ¿Qué significa generar el genoma de novo?. El instituto de Craig "fabricó" en el laboratorio el cromosoma completo del Micoplasma y lo introdujo en una célula de Micoplasma a la que se le había retirado previamente todo su cromosoma. La célula resultante siguió dividiéndose como si tal cosa, eso si, con un cromosoma generado en laboratorio. Los autores de este trabajo introdujeron un fragmento de ADN que cuando se traduce a el código protéico resulta que si leemos ese código en el que cada aminoácido está representado por una letra lo que leemos son los nombres de los autores de este trabajo. Esta técnica nos permite "limpiar" un genoma de elementos no necesario (virus, por ejemplo) o eliminar genes redundantes lo que permite a los investigadores obtener un cromosoma con los mínimos genes necesarios para que la bacteria viva. Craig Venter se acercó con este trabajo un poquito más al Dr. Frankestein. Ahora, con el último trabajo publicado en la revista "Cell", la revista más prestigiosa en biología (Karr, et al. 2012, Cell), Craig Venter da un paso adelante al construir un modelo "in silico", es decir, de ordenador, de Mycoplasma genitalium. Ha sido un paso osado y que demuestra que en ciencia hay que saber abordar los problemas con los medios y recursos necesarios para tener éxito en la empresa que te propongas. Podríamos hacer un paralelismo con Cristobal Colón y su empeño para buscar financiación en las cortes de Portugal y Castilla. Colón sabía que era una empresa que excedía la capacidad de un solo hombre. Necesitaba barcos y esa empresa sólo se podía llevar a cabo con financiación real. Ahora sabemos que hay indicios de que otros marineros habían llegado a las costas americanas. Colón se lleva la gloria por haber sabido en todo momento qué significaba el viaje que iba a emprender. Algo similar le pasa a Craig Venter. Es capáz de contestar exitosamente las preguntas que se hace por que siempre encuentra los medios y las personas capaces de resolverlas.
sábado, 28 de julio de 2012
¿Qué hace una superbacteria en la Antártida?
Paradoja del gato atado a una tostada con mantequilla
miércoles, 25 de julio de 2012
Hola, tu hologenoma me mola.
Bacteroides fragilis, el señor de la pestilencia. Una bacteria muy común en la flora de nuestro intestino |
martes, 24 de julio de 2012
Una gran noticia: eliminan tuberculosis en dos semanas
Un nuevo tratamiento que promueve la ONG TB Alliance ha demostrado que es más eficaz de los actuales acaba de superar su fase II, la que mide resultados. La siguiente, la III, es el ensayo a una escala mayor para asegurarse de que no hay efectos adversos y de que es aplicable. En el trabajo han participado 63 personas, que han recibido distintas combinaciones de medicamentos. Los 13 con bedaquilina, PA-824 (un product nuevo) y moxifloxacino con distintas proporciones de pyrazinamida.
Esta aproximación tiene dos ventajas, según sus autores que han publicado los resultados en The Lancet. La primera, que es al menos tan eficaz como los actuales, pero no interfiere con otras medicaciones, como los antivirales para el VIH. Esto es muy importante porque la coinfección tuberculosis-VIH ha sido una de las causas del aumento de esta enfermedad. De hecho, aproximadamente el 20% de las muertes por tuberculosis se da en personas con sida.
La otra ventaja es que, según los datos que se tienen hasta la fecha, el régimen es igual de eficaz para todos los tipos de tuberculosis, incluidas las resistentes a las medicaciones que se usan actualmente. Esto facilitaría enormemente la terapia, ya que se podría empezar desde el principio, sin preocuparse de qué tipo de bacteria la causa. Además, la rápida reducción en la cantidad de bacilo facilitará la vida a los afectados. Falta por ver si el tratamiento hay que mantenerlo durante seis meses como los actuales, o si esto quiere decir que se podrá reducir el periodo de tratamiento.
Un bloguero español diseña el primer carro tirado por bacterias
sábado, 14 de julio de 2012
Las peroxidasas de los hongos al degradar lignina acabaron con el periodo carbonífero
Hace unos 300 millones de años, la Tierra dejó súbitamente deproducir carbón de forma masiva. Esta circunstancia marcó el final del Carbonífero, un periodo de la Era Paleozoica que había comenzado unos 60 millones de años antes y que se había caracterizado por la sucesiva formación de inmensos estratos de carbón a partir de la acumulación y el enterramiento de árboles primitivos que crecían en enormes bosques pantanosos.
Un equipo internacional de científicos con participación del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) ha descubierto que el fin de esta era del carbón coincidió con la aparición de un grupo de hongos altamente especializados. Los resultados, recogidos en el último número de la revista Science, señalan que estos microorganismos desarrollaron un sistema para descomponer eficazmente la enorme biomasa de las plantas que habían colonizado el medio terrestre.
"Estos microorganismos primitivos, hongos de tipo basidiomiceto, habían desarrollado un mecanismo basado en enzimas capaces de destruir una barrera casi infranqueable hasta entonces: la lignina. Este polímero, presente entonces y ahora en la madera, proporcionaba rigidez a los troncos e impermeabilizaba las paredes de los vasos para que el agua y los nutrientes se distribuyesen por toda la planta", explica uno de los autores del estudio, el investigador del CSIC, Ángel Tomás Martínez.
Los científicos han dado con la clave tras haber realizado un análisis comparativo de 31 genomas fúngicos. El estudio ha permitido conocer cómo era el mecanismo empleado por los hongos para degradar la lignina. "Este proceso se basa en la producción de un tipo de proteínas complejas denominadas peroxidasas, que actúan sinérgicamente con otras enzimas oxidativas. Hemos logrado establecer la historia evolutiva y la cronología de los diferentes tipos de peroxidasas responsables de la biodegradación de la lignina. Asimismo, los resultados han constatado la existencia de peroxidasas hasta ahora prácticamente desconocidas", detalla Martínez, que trabaja en el Centro de Investigaciones Biológicas.
Entrevista a una bacteria Staphylococcus aureus
miércoles, 11 de julio de 2012
Yersinia pestis: menage a cinq (y 3)
Hoy vamos con la pulga. Yersinia pestis manipula a la pulga de una manera bastante ingeniosa. Cuando la pulga ingiere sangre de su hospedador, la bacteria hace que la sangre se coagule en "la garganta" de la pulga, de manera que la pulga tiene que "toser" el coagulo para poder alimentarse. Con el "tosido" van las bacterias que penetran en el cuerpo del hospedador a través de la herida que ha inflingido la pulga para poder alimentarse. La pulga infectada por Yersinia pestis se vuelve voraz y pica más de lo normal, ayudando a la bacteria a conquistar nuevos hospedadores. Hoy en día no se recomienda acabar con las ratas cuando hay un brote de peste ya que las pulgas de las ratas las abandonarían y se irían a por perros, gatos y humanos. Lo habitual es usar insecticidas anti-pulgas para evitar que la enfermedad se disperse. Hay que recordar que la enfermedad también se puede contagiar por las gotas de los estornudos de personas afectadas por la peste. En el gráfico de abajo se ve perfectamente como Yersinia pestis forma el coagulo en el intestino de la pulga.
martes, 10 de julio de 2012
Yersinia pestis: menage a cinq (y 2)
Las ratas son portadoras de la bacteria Yersinia pestis. La bacteria se puede propagar entre la población de ratas, bien por fomites, esto es, por las gotitas de saliva que se producen en los estornudos, o por la mordedura de pulgas que conviven con las ratas. Las ratas viven como comensales asociadas a las poblaciones humanas. Las alcantarillas y almacenes son refugios que las protegen de sus depredadores naturales y les proporcionan acceso a los excedentes alimenticios humanos, ya sean despensas de alimentos o basuras. Como vimos en el capítulo anterior, las ratas utilizaron los barcos mercantes medievales para distribuirse por los principales puertos europeos y alcanzar nuevas áreas de distribución.
lunes, 9 de julio de 2012
¿Sobran científicos o sobran políticos?
En España hay 445.568 políticos, 300.000 políticos mas que en Alemania, el doble de políticos que en Italia o Francia sin embargo la BOBA de la Secretaria de Estado de Investigación para justificar sus recortes insiste en que lo que sobran son científicos. ¿No sobrarás tu con tus pendientes de perlitas y maneras de señorona?
La bacteria "arsénica" depende del fosfato para vivir
Fin de la historia. La bacteria que resiste el arsénico de Felisa Wolfe-Simons necesita fosfato para vivir. Felisa bonita hay que tener menos prisa para publicar los experimentos. En el link de abajo se puede leer el artículo completo
jueves, 5 de julio de 2012
Yersinia pestis: menage a cinq
La historia de la bacteria que ocasiona la enfermedad conocida como la peste, o "the black death", es una historia de cinco personajes. Cinco personajes mezclados como en las comedias de enredos. En este caso de humor negro, muy negro.