Secuencias palindrómicas: el dopplerganger del ARN

La palabra doppelganger es una palabra alemana compuesta de  'doppel' literalmente doble, y 'gänger', andante. El concepto de doppelganger fue creado por el escritor Jean Paul en 1796 para referirse directamente a 'el que camina al lado', es decir, todos los vivos tendríamos un reverso, un gemelo opuesto. Si somos buenos el gemelo será malo...

Un palíndromo (del griego πάλιν δρóμος, palin dromos, "volver a ir atrás" o también "correr hacia atrás"). Podrían considerarse como un tipo especial de secuencias que se pueden leer en ambos sentidos. Lo propio y característico de un palindromo es que la secuencia es idéntica en una y otra cadena; ambas, al ser leídas en la misma dirección (de 5’ a 3’ en la secuencia que se lee de izquierda a derecha y de  5´ a 3´ en su secuencia complementaria, que se lee de derecha a izquierda). 

Pero... definir así un palíndromo en genética es ignorar la evolución. Para hablar de palíndromos tenemos que pensar que la primera molécula de la vida es el ARN, que es el ARN la molécula que soporta el código genético. El ADN es solo la copia del ARN en un formato de doble cadena. Por tanto, primero hablaré de los palíndromos en la cadena simple del ARN. Si la secuencia lineal del ARN es información en un única dimensión, la dimensión lineal, cuando esta información se pliega genera dos dimensiones. Posteriormente estos bucles se pueden plegar en el espacio de tres dimensiones. Cuando la información se copia y se van adquiriendo nuevas mutaciones, digamos, el tiempo se refleja en esa unidad de información que es el ARN. En ese momento tenemos la cuarta dimensión.

Para que exista un palíndromo primero tiene que haber la posibilidad de que la molécula se encuentre con su complementario para formar una doble hebra. La existencia de una secuencia complementaria es un dopperganger genético

Si además, de la complementariedad existe un eje de simetría, en la imagen la línea azul de puntos, entonces podemos tener una imagen especular, una imagen en espejo.

La etimología de la palabra especular deriva de la raíz indoeuropea speck. Esta raíz está asociada a la visión: inspector, respe(c)to, aspecto, escéptico… La palabra especular proviene del latín “speculari” que quiere decir “mirar desde una atalaya”, por lo tanto, la palabra representa mirar a fondo algo, ver los secretos que pueda tener. Otros autores, creen que especular viene del latín “specularis” y se relaciona a un espejo. Sobrela raíz de “specio” (mirar), el latín formó dos vocablos diferentes con el sufijo –culum o con –cula. Uno es “speculum” que significa medio de contemplación y observación, espejo, el otro, femenino “specula” que significa observatorio, atalaya.

Por lo tanto, en una secuencia de ARN, por ejemplo 5´GACUCAGAGAAUCACAG 3´están inscritas dos propiedades, por un lado, como si de un dopplerganger se tratase, su complementario, por otro, la existencia de una simetría especular.
 

La Extraña Historia del Dr. Jekyll y Mr. Hyde (1886) es una novela gótica escrita por el escocés Robert Louis Stevenson que trata sobre la extraña relación entre el Dr. Henry Jekyll, y su alter ego Edward Hyde. Parafraseando a Nietzsche: no hay nada más aterrador que uno mire a la imagen de uno mismo, y que esa imagen le devuelva la mirada.

En el ADN del genoma también existen secuencias denominadas palindrómicas o simplemente palíndromos. 

Los palíndromos son lugares especiales del genoma ya que constituyen secuencias “diana” de determinados enzimas de restricción (endonucleasas) y señalan puntos de referencia en el genoma para otras funciones como pueden ser la unión al ADN de factores de transcripción etc

Los palíndromos también se dan en polinucleótidos de una sola cadena como en el ARN y, en

estos casos, son de gran trascendencia para la estructura global de la molécula. Por ejemplo
en los ARNt.

La secuencia palindrómica se encuentra en color rojo. El palíndromo puede, por hibridación entre sí mismo, formar un doble bucle de apareamiento.

El palíndrome escrito más complicado y sofisticado fue escrito por una mujer china

Facsímil del original perdido Xuanji Tu.

El palíndrome más sofisticado hecho por el ser humano tiene como autora a la china Su Hui como nos cuenta la divulgadora Marta Macho Stadler: "Su Hui utilizó hilos de seda de 5 colores dividiendo el poema en una serie de regiones, cada una de las cuales posee un conjunto de reglas que indican cómo debe leerse el texto en esa zona.

Xuanji Tu significa mapa esfera armilar –una esfera armilar es un instrumento para calcular y predecir el movimiento de los planetas y las estrellas; el poema fue descrito originalmente como circular–, el mapa para guiar a su marido ‘perdido’ hacia ella".

Palíndromes en español: 

1. "Se es o no se es".

2. "No deseo yo ese don".

3. "Anita lava la tina".

4. "Eva usaba rimel y le miraba suave".

5. "Yo dono rosas, oro no doy".

6. "Amo la pacífica paloma".

7. "Dábale arroz a la zorra el abad".

8. "Adán no cede con nada".

9. "Oirás orar a Rosario".

10. "A Mercedes, ese de crema".

11. "Anita, la gorda lagartona, no traga la droga latina" (de José Antonio Millán).

12. "La sed será mares de sal" (de Martín Modenesi).

13. "Anás usó tu auto, Susana" (de Juan Filloy).

14. "Sobornos son robos" (de Guy Debord).

15. "¿Acaso hubo búhos acá?"

16. "Amargor pleno con el programa".

17. "Amigo, no gima".

18. "Nos ideó Edison".

19. "Edipo lo pide".

20. "Oirás orar a Rosario".

21. "Acurruca".

22. "Arañara".

23. "Sometemos".

24. "Es ella… ¡cállese!"

25. "Honorable dama cala la cama del barón. ¡Oh!"

26. "La desnuda desead, a ese dad un sedal".

27. "¿La tele ves? Se ve letal".

28. "La usa como casual".

29. "La mina de sal, la sed animal".

30. "La masa polaca lo pasa mal".

31. "¿Acaso hubo búhos acá?"

32. "Átale, demoníaco Caín, o me delata".

33. "Dábale arroz a la zorra el abad".

34. "La ruta nos aportó otro paso natural".

35. "Nada, yo soy Adán".

36. "A mamá Roma le aviva el amor a papá y a papá Roma le aviva el amor a mamá".

37. "Ana, la tacaña catalana".

38. "Anula la luz azul a la Luna".

29. "Le avisará Sara si va él".

30. "Robaba oro a babo".

31. "Yo de todo te doy".

32. "Yo hago yoga hoy".

33. "Amad a la dama".

34. "Roma".

35. "Ratón".

36. "Los agarra Gasol".

37. "Anna lleva al oso la avellana".

38. "Adivina ya te opina, ya ni miles origina, ya ni cetro me domina, ya ni monarcas, a repaso ni mulato carreta, acaso nicotina, ya ni cita vecino, anima cocina, pedazo gallina, cedazo terso nos retoza de canilla goza, de pánico camina, ónice vaticina, ya ni tocino saca, a terracota luminosa pera, sacra nómina y ánimo de mortecina, ya ni giros elimina, ya ni poeta, ya ni vida" (de Ricardo Ochoa).