Detección de Legionella pneumophila por amplificación isoterma LAMP

En España es frecuente, sobre todo en verano, leer en la prensa que en determinada ciudad ha habido un brote de Legionella pneumophila. Suele causar alarma porque L. pneumophila es una bacteria que tiene una tasa de mortalidad elevada, entre 15-25% si afecta a pacientes inmunocomprometidos, fumadores, ancianos... El procedimiento es siempre el mismo: se busca por torres de refrigeración de centros comerciales, hospitales... El CDC nos informa que son en las torres de refrigeración, que emplean agua para enfriar el aire, en donde, por ausencia de limpieza puede crecer Legionella pneumophila. Los aires acondicionados caseros, o de los automóviles, no emplean agua para refrigerar por lo que no pueden ser fuentes de Legionella.

Para detectar Legionella se puede usar amplificación por LAMP, PCR o cultivo en medio selectivo. De los tres el más sensible es la amplificación isoterma LAMP.

Loop mediated isothermal amplification (LAMP protocol explained)

También se puede detectar por real-time PCR.

Para identificar a Legionella pneumophila se emplea el gen mip (gene ID LPG_RS03920  Protein accesion Q5ZXE0.2). Este gen codifica para una proteína que potencia la infección de la bacteria en macrófagos.

>NC_002942.5:866850-867551 Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1, complete sequence

ATGAAGATGAAATTGGTGACTGCAGCTGTTATGGGGCTTGCAATGTCAACAGCAATGGCTGCAACCGATGCCACATCATTAGCTACAGACAAGGATAAGTTGTCTTATAGCATTGGTGCCGATTTGGGGAAGAATTTTAAAAATCAAGGCATAGATGTTAATCCGGAAGCAATGGCTAAAGGCATGCAAGACGCTATGAGTGGCGCTCAATTGGCTTTAACCGAACAGCAAATGAAAGACGTTCTTAACAAGTTTCAGAAAGATTTGATGGCTAAGCGTACTGCTGAATTCAATAAGAAAGCGGATGAAAATAAAGTAAAAGGGGAAGCCTTTTTAACTGAAAACAAAAACAAGCCAGGCGTTGTTGTATTGCCAAGTGGTTTGCAATACAAAGTAATCAATTCTGGAAATGGTGTTAAACCCGGAAAATCGGATACAGTCACTGTCGAATATACTGGTCGTCTGATTGATGGTACCGTTTTTGACAGTACCGAAAAAACTGGTAAGCCAGCAACGTTCCAGGTTTCACAAGTTATCCCTGGATGGACAGAAGCTTTGCAATTGATGCCAGCTGGATCAACTTGGGAAATTTATGTTCCCTCAGGTCTTGCATATGGCCCACGTAGCGTTGGCGGACCTATTGGCCCAAATGAAACTTTAATATTTAAAATTCACTTAATTTCAGTGAAAAAATCATCTTAA

Página con programa para generar el complementario y el reverso del ADN https://www.bioinformatics.org/sms/rev_comp.html

Página con programa para diseñar los primers LAMP https://lamp.neb.com/