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miércoles, 30 de noviembre de 2022

Dos proteínas le dan motilidad a una célula sintética inmóvil

Lynn Margulis trabajó toda su vida intentando probar que la motilidad que exhiben las células animales se debía a la endosimbiosis de una bacteria. Su hipótesis era que se debía de tratar de una espiroqueta. Hoy ha aparecido un trabajo en el que la estudiante Hana Kiyama y el profesor Makoto Miyata, investigadores de Osaka, introdujeron siete proteínas en una bacteria sintética llamada Syn3. Estas proteínas han conseguido que una célula sintética pase de ser de forma cocoide a convertirse a la típica forma de sacacorchos de las espiroquetas. ¿Puede ser esta la prueba que le hacía falta a Lynn Margulis para probar su teoría?

Bacterias naturales del género spiroplasma y bacteria sintética syn3. Fuente: Makoto Miyata, Osaka Metropolitan University

Esas siete proteínas son las que, según los científicos, están directamente implicadas en permitir que bacterias naturales, las del género spiroplasma, naden. Syn3 se diseñó y sintetizó químicamente para que tuviera el ADN genómico más pequeño posible, incluyendo la información genética esencial mínima requerida para el crecimiento, a partir de los genomas más pequeños, de origen natural, de los micoplasmas, que son bacterias que carecen de pared celular y son parásitos de las células de vertebrados.

Debido a estos siete genes, la bacteria Syn3, cambió su forma esférica normal por una hélice en espiral, y esto le permitió nadar como si fuese un sacacorchos. Posteriormente se comprobó que de las siete proteínas solo dos eran necesarias para que Syn3 pudiese nadar con cierta habilidad.

Smallest mobile lifeform created; Professor Makoto Miyata, from the Graduate School of Science

Para saber más:

Reconstitution of a minimal motility system based on Spiroplasma swimming by two bacterial actins in a synthetic minimal bacterium. SCIENCE ADVANCES 30 Nov 2022 Vol 8, Issue 48 DOI: 10.1126/sciadv.abo7490

martes, 29 de noviembre de 2022

Aparición de bacterias resistentes

 Pasan pocos años entre la introducción al mercado de un antibiótico y la aparición de bacterias resistentes



domingo, 27 de noviembre de 2022

Barbecho de antibióticos: Sensibilidad colateral a los antibióticos en biofilms

Se llama sensibilidad colateral a los antibióticos cuando al desarrollar las bacterias resistencia a un medicamento, pueden exponer una vulnerabilidad a una clase diferente de antibióticos que pueden matar efectivamente a las bacterias. 

Los investigadores de la Facultad de Medicina de la Universidad de Pittsburgh expusieron repetidamente a las bacterias que crecieron en biofilms al antibiótico ciprofloxacino para forzar una rápida evolución. Como era de esperar, las bacterias desarrollaron resistencia al medicamento. En este experimento, cuando el biofilm desarrolló resistencia a la ciprofloxacina, se volvió indefenso contra las cefalosporinas. Las bacterias que crecieron en un medio líquido no desarrollaron esta sensibilidad a la cefalosporinas, a pesar de que se volvieron 128 veces más resistentes a la ciprofloxacina que las bacterias que crecieron en el biofilm.

Fig.1 Se puede emplear el barbecho de antibióticos para tratar bacterias que crecen en biofilms

Para modelizar una evolución de bacterias crecidas en biofilms, el laboratorio de Vaughn Cooper utilizó un sistema de bolitas de poliestireno al que se adherían las bacterias de Acinetobacter baumannii. Este sistema les permite cambiar de tubo y por tanto de condiciones con facilidad.

Para estudiar cómo los biofilms se comportan diferente a la hora de desarrollar resistencia a antibióticos frente a bacterias planctónicas se diseñó el experimento de la siguiente manera: 

Fig. 2 Diseño experimental

Se crecieron durante 12 días Acinetobacter baumannii de manera planctónica y en biofilm. Por ese motivo, en la figura 1 vemos filas de 12 tubos de cultivo bacteriano. A la izquierda, tenemos el tubo correspondiente al día 1 y a la derecha el tubo correspondiente al tubo del día 12. En la figura 1A vemos tres filas de tubos. La fila superior corresponde a las bacterias que crecen en medio líquido y sobre las bolitas de poliestireno en ausencia del antibiótico ciprofloxacina. La fila inferior a los cultivos en presencia de una concentración subinhibitoria del antibiótico representada por (0.5 x MIC). MIC significa en inglés "minimal inhibitory concentración" es decir la concentración más baja con la que se mata a la bacteria. La cuantificación de la actividad in vitro de los antimicrobianos se evalúa habitualmente mediante algunas de las variantes de los métodos de dilución. La Concentración Mínima Inhibitoria (MIC  en sus siglas en inglés) se define como la mínima concentración de antimicrobiano (en μg/mL) que inhibe el crecimiento visible de un microorganismo después de 24 horas de incubación a 37°C. 

Como a esa concentración se la multiplica por 0.5 entonces tendremos la mitad de concentración del antibiótico que mata a la bacteria, por lo tanto, al tener el 50% de la cantidad que mata a la bacteria ésta no muere. Al tercer día esta población se divide en dos: una fila en la que se mantiene durante los doce días la concentración subinhibitoria del antibiótico y otra fila, fila inferior, a la que cada 72 hr se aumenta por dos la concentración del antibiótico. 

Para visualizar qué es lo que está ocurriendo a nivel genético en cultivos planctónicos y en cultivos en biofilm en presencia o ausencia de antibióticos, lo que hacemos es secuenciar Acinetobacter baumanii en los días señalados con la estrella roja. 

Y aquí tenemos los resultados:

Figura 3. CMIs (Concentraciones mínimas inhibitorias (mg/L) a la ciprofloxacina medidas durante el experimento de evolución in vitro. Los puntos rojos y azules representan las CMIs de tres poblaciones independientes crecidas en cultivo líquido (rojo) y biofilms (azul). 

Figura 4. Frecuencias de mutación obtenidas bajo presión de concentraciones crecientes de ciprofloxacina en cultivos de bacterias planctónicas y crecidas en biofilm. Fuente: López-Santos y colaboradores.

Figura 5. Sensibilidad colateral y resistencia cruzada a varios antibióticos en bacterias crecidas en biofilms como planctónicas durante los 12 días de duración del experimento de evolución in vitro. CIP, ciprofloxacina; GEM, gentamicina; TET, tetraciclina; FEP, cefepima; POD, cefpodoxima; CAZ, ceftazidima; AMP, ampicilina; AZT, aztreonam; FOX, cefoxitina; TIM2, ticarcilina/clavulánico; AXO, ceftriaxona; FUR, cefuroxima; ETP, ertapenem. Fuente: López-Santos y colaboradores

Para saber más

Plásmidos para frenar la aparición de resistencias

Cristina Herencias, Jerónimo Rodríguez-Beltrán, Ricardo León-Sampedro, Aida Alonso del Valle, Jana Palkovičová, Rafael Cantón, Álvaro San Millán. (2021) Collateral Sensitivity Associated with Antibiotic Resistance Plasmids. eLife. DOI: 10.7554/eLife.65130

Alfonso Santos-LopezChristopher W MarshallMichelle R ScribnerDaniel J SnyderVaughn S Cooper (2019) Evolutionary pathways to antibiotic resistance are dependent upon environmental structure and bacterial lifestyle eLife 8:e47612.

jueves, 24 de noviembre de 2022

Purificación fagos por ultracentrifugación

 





Protocolo para purificar fagos con gradiente de sucrosa pincha aquí

1    Centrifugar el lisado en la centrífuga Sorvall Lynx 4000 a 5.000 rpm, 5 min, 4ºC. Deseche el precipitado.

2     Agregue Triton X-100 a los sobrenadantes del lisado para obtener una concentración final del 1 % (de un stock del 10 ó 20 %). 

3     Centrifugar el lisado en la ultracentrífuga Sorvall WX Ultra Series a 17 000 rpm, 50 min, 4 ºC. Deseche los sobrenadantes. 

4     Resuspender los sedimentos de virus con un pequeño volumen de Tris-HCl 50 mM, pH 7,8 *Aproximadamente 1,0 mL por 100 mL de lisado 

5     Coloque la suspensión de virus en capas sobre gradientes de sacarosa lineales de 100-400 mg/ml (10-40 %) equilibrados con Tris-HCl 50 mM fabricados en tubos de polipropileno (capa de aproximadamente 3-4 ml por gradiente). 

*Para hacer reservas de sacarosa, agregue 10-40% de sacarosa a Tris-HCl y autoclave. 

6     Centrifugar los gradientes en la ultracentrífuga a 20.000 rpm, 20 min, 4ºC. El virus será la banda principal entre 1/2 y 2/3 de profundidad en el gradiente. 1 

7     Retire las bandas de virus de los gradientes con agujas estériles y transfiéralas a tubos de centrífuga de polipropileno de 30 ml. Dividir el virus de 3 gradientes entre dos tubos. Diluya lentamente el virus al volumen del tubo con Tris-HCl 50 mM. Centrifugar los tubos en la ultracentrífuga a 27.000 rpm, 3 horas, 4ºC. Deseche los sobrenadantes. 

8     Resuspender los sedimentos de virus con un pequeño volumen de Tris-HCl 50 mM. Conservar el virus a 4ºC. No congelar. Se recomienda la esterilización por filtración utilizando un filtro de acetato de celulosa de 0,45 um.


martes, 22 de noviembre de 2022

Protocolo reactivación de cepas ATCC

Las cepas ATCC son herramientas indispensables para el control de calidad en los laboratorios
microbiológicos, son microorganismos certificados utilizados en diferentes disciplinas, para el
control de calidad en microbiología.

Realice todo el proceso dentro de una cabina de seguridad biológica empleando medios de
protección personal (Guantes, mascarillas, mandil, etc.).

Las cepas podrán encontrarse en varias presentaciones, liofilizadas, en agar semisólido, en
medio de transporte (Los microorganismos liofilizados se deben hidratar para alcanzar la
viabilidad).

Materiales
Cajas de medios de cultivos (Agar de recuperación de la cepa, según el germen que vaya a
trabajar)
Asa de siembra
Caldo triptona soya o caldo nutriente estéril
Viales estériles con medio de cultivo para conservación (serán consideradas las cepas de
trabajo)

Procedimiento

Para cepas conservadas en liofilización
Tome el vial que contiene la cepa liofilizada conservada.
Desinfecte la tapa o borde con alcohol al 70%
Retirar la tapa y añadir lentamente (por la pared interna del frasco) solución fisiológica estéril
sin conservantes de acuerdo al volumen indicado en el rótulo, con jeringuilla estéril o pipetas
con puntas estériles.
Rotule la placa de agar a emplear. Añada varias gotas de la suspensión para inocular la placa
de agar.
Realice la siembra para obtener colonias aisladas (siembra por agotamiento).
Incube las cajas inoculadas a la temperatura y atmosferas óptimas para el desarrollo del
germen conservado.
Espere el tiempo de incubación indicado por el proveedor de la cepa.

Para cepas en medio semisólido
Tome el vial que contiene la cepa conservada en agar semisólido.
Desinfecte la tapa o borde con alcohol al 70%
Tome una asada del medio de conservación y añádala en un tubo con 1-2 ml de caldo de
cultivo estéril, mezcle bien y deje reposar por 30 minutos.
Tome varias gotas de la solución del tubo y páselos a las cajas de agar, siembre e incube en las
condiciones de temperatura y atmosferas óptimos para la cepa en cuestión.
Espere el tiempo de incubación indicado por el proveedor de la cepa.

Para cepas en medios de transporte
Tome el medio de transporte (hisopo) que contiene la cepa conservada.
Desinfecte la tapa o borde con alcohol al 70%
Pase el hisopo por 3 a 5 cajas de agar, óptimo para el desarrollo de la cepa a recuperar.
Siembre por agotamiento para obtener colonias aisladas.
Incube a la temperatura y atmosfera óptimas para el desarrollo de la cepa. Espere el tiempo de
incubación indicado por el proveedor de la cepa.
Una vez obtenidos los cultivos y antes de trabajar con las cepas para control de calidad o
investigación asegúrese de que están puras, aisladas y cumplen con las características de la
cepa ATCC estudiada.

Nota: Una vez confirmada la pureza y viabilidad de la cepa, podrá conservar en iguales
condiciones varias alícuotas de la cepa para posteriores trabajos. Nunca congele y descongele
el mismo vial
. Solo realice hasta 6 pases del mismo vial para garantizar las características de la
cepa
.

jueves, 17 de noviembre de 2022

Práctica PCR tiempo real

¿En qué consiste la técnica de la RT-PCR?

El video 1 nos explica breve y gráficamente como es el proceso
Video 1 Coronavirus Test: Real time RT-PCR . Fuente: Animation video

El video 2 es excelente para entender la química debajo de esta técnica y la importancia del Ct a la hora de cuantificar el número de virus o de copias de ADN que tenemos en la muestra
Video 2 Real-time polymerase chain reaction (real-time PCR) qPCR - PPT Animation. Fuente: Biology with animations

El umbral de ciclos o cycle threshold (Ct) es el número de ciclos en el que la señal fluorescente representa un incremento estadísticamente significativo respecto al nivel basal. El nivel basal se establece con los primeros ciclos, entre el 3 y el 15, en los que los cambios de la señal fluorescente suelen ser mínimos.


El Ct es un valor semicuantitativo inversamente relacionado con la cantidad de ARN o el ADN de la muestra. Un número bajo de Ct está relacionado con mayor carga viral ya que es una relación inversa. 

Se dice que es un valor semicuantitativo porque se extrapola a partir de unos controles conocidos. No es un valor que se obtiene de manera directa. 

PREGUNTA 1. Discute el porqué existe más mortalidad y riesgo de intubación con menores valores de Ct

PREGUNTA 2. ¿Por qué a medida que hay más ADN molde, el número de ciclos disminuye?

El delta (Δ) Rn se representa en el eje y contra el número de ciclo en el eje x. El ΔRn es la diferencia entre el Rn de cada muestra experimental y el Rn de la línea base. Por lo tanto, solo se trazarán los resultados que estén por encima de la señal de referencia/fondo.

PREGUNTA 3. ¿Debemos de preocuparnos si el Ct de nuestro control negativo (agua) es menor que el que tenemos en nuestras muestras? ¿Y si es mucho mayor el Ct del control negativo que el de las muestras?

En el video 3. Min 3:30 se explican los conceptos de meseta y de fase inicial. Min 4:40 se explica qué significa la eficiencia de la reacción.

Video 3: PCR en tiempo real (qPCR): Conceptos Básicos. Fuente Brandon Ortiz

PREGUNTA 4. En la siguiente gráfica ¿Qué significa la meseta y la fase inicial químicamente?
Fig. Gráfica sigmoidea de una reacción enzimática clásica

PREGUNTA 5. ¿Por qué la eficiencia de la reacción no es exactamente igual a 2? ¿Qué es más eficiente E=1.9 o E=1.95?

Para calcular la eficiencia de una reacción qPCR usamos diluciones seriadas:


PREGUNTA 6: ¿Cómo harías una dilución 1/1000 mediante una dilución seriada?


PREGUNTA 7: Esta es una pregunta muy difícil pero no imposible de responder. Después de ver el video 4 ¿Sabrías responder por qué una eficiencia perfecta en dónde cada ciclo las moléculas se doblan (de 2 pasan a 4 a 8 a 16 a 32...) la pendiente de la recta es -3.3 cuando probamos unas diluciones seriadas en base a 10?

Video 4. Using Standard Curve to Estimate DNA Quantity - Forensic Focus #4. Fuente: Thermo Fisher Scientific

PREGUNTA 8: ¿Por qué la eficiencia de la reacción no es exactamente igual a 2? ¿Qué es más eficiente E=1.9 o E=1.95?

Solución video 3.

PREGUNTA 9: ¿Qué función tiene cada uno de los reactivos de la RT-PCR?
Solución video 2 y 3

PREGUNTA 10: ¿Qué razón de ser tiene la sonda de ADN? ¿Qué significa Q y qué R?


Solución videos 2 y 3. 

PREGUNTA 11: ¿Por qué además de la muestra siempre ponemos tubos con cantidades de ADN conocida cada vez que hacemos una PCR?

Solución videos 2 y 3. 

PROTOCOLO

FastGene® IC Green es un colorante intercalante que solo detecta ADN de doble cadena. Al no inhibir la reacción, el kit FastGene® IC Green puede detectar genes con un valor de CT más bajo, ¡lo que crea una mayor sensibilidad!


Video 5. Amplify Sample with The StepOnePlus™ Real Time System (qPCR step 6). Fuente: Thermo Fisher Scientific

Fig. 1. Pantalla del programa Anydesk que nos permite entrar en la máquina RT-PCR Biorad. En el gráfico se observa la oscilación de temperaturas de las reacciones

Trabajaremos con 6 primers para amplificar genes de las siguientes especies:

ADN:

Primers: Als primer 1: 5´ CTAATGCTGCTACGTATAATT 3´
                                     5´ CCTGAAATTGACATGTAGCA 3´

Paso 1: preparar la master mix

Asegurarnos que todos los reactivos están descongelados y mezclados (vortex)

Componentes

 

 X 4.5

Concentración final

Agua grado PCR

Hasta 20 ml

 

 

2X FastGene IC Green

10 ml

 

1X

Primer 1 (mm)

0.8 ml

 

400 nM

Primer 2 (mm)

0.8 ml

 

400 nM

ADN molde

1 mg de ADN genómico

 

 

 

20 ml

 

 


Paso 2: se preparan las reacciones individuales

Se añade el volumen del master mix al tubo de PCR. A este tubo se le añade el ADN molde. Se mezcla y se cierra el tubo.

Paso 3: correr la PCR

¿ROX es esencial para qPCR?

La respuesta corta es no. No tiene que agregar ROX a su mezcla de qPCR. Sin embargo, agregarlo puede ayudar a reducir las variaciones de los valores fluorescentes en las muestras, lo que finalmente se reflejará en los resultados de la expresión génica.

Otro punto importante es que el uso de ROX depende de la qPCR que esté utilizando. Siempre verifique de antemano si su qPCR es compatible con las mediciones de ROX. Algunas máquinas también prefieren reacciones con ROX alto, mientras que otras prefieren aquellas con ROX bajo.

Si decide utilizar qPCR en su mezcla de reacción, no olvide asegurarse de que la opción para registrar la fluorescencia ROX ya que el tinte pasivo está habilitado. De lo contrario, la máquina no registrará ningún dato para este canal.

Del mismo modo, si no decide usar ROX, no habilite ningún canal que pueda medir ROX. Simplemente, la máquina podría pensar que ROX está presente y registrar el ruido de fondo, lo que puede afectar sus resultados debido a una normalización incorrecta.

Para la máquina que nosotros tenemos no hace falta ROX

Resultado

Fig. 2 muestra

Fig. 3 control negativo (agua)

Para saber más:

Aplicación del valor umbral del número de ciclos (Ct) de PCR en la COVID-19

viernes, 11 de noviembre de 2022

Práctica PCR Lamp

                                 

Colonias de P. gingivalis cultivadas en agar sangre. El hemo del medio es oxidado por las bacterias para producir hemina que se acumula en la superficie celular produciendo un pigmento negro característico después de aproximadamente 7 días de incubación anaeróbica. Fuente

Gen HmuY de Porphyromonas gingivalis 

ATCC 33277, NCBI Reference Sequence: NC_010729.1

>NC_010729.1:c610707-610057 Porphyromonas gingivalis ATCC 33277, complete sequence

ATGAAAAAAATCATTTTCTCCGCACTCTGTGCATTGCCATTGATTGTGTCTCTAACTTCTTGTGGGAAGAAGAAAGACGAGCCGAACCAACCCTCCACACCCGAAGCAGTAACCAAAACCGTAACTATCGATGCTTCGAAATACGAAACGTGGCAGTATTTCTCTTTTTCCAAAGGTGAAGTCGTAAATGTTACCGACTATAAGAACGATTTGAACTGGGACATGGCTCTTCACCGCTATGACGTTCGTCTCAATTGTGGCGAAAGTGGCAAGGGAAAAGGTGGTGCCGTATTCTCCGGCAAGACAGAAATGGATCAGGCTACTTCCGTTCCGACAGACGGATATACCGTAGATGTTCTCGGCCGTATTACAGTCAAGTACGAAATGGGACCTGATGGTCATCAGATGGAATATGAAGAACAGGGCTTCAGCGAAGTGATTACCGGCAAGAAGAACGCACAGGGATTTGCTTCAGGTGGTTGGCTGGAATTCTCTCACGGTCCTGCCGGTCCCACTTACAAGCTGAGCAAAAGAGTCTTCTTCGTTCGTGGTGCTGATGGTAATATTGCCAAAGTGCAGTTCACTGACTATCAGGATGCAGAACTCAAAAAAGGAGTCATCACTTTCACTTATACATACCCCGTTAAATAA

El gen HmuY es una proteína de unión al hierro que es característica de Porphyromonas gingivalis. Por ese motivo, ha sido seleccionada para detectar mediante PCR esta bacteria.

Diagrama de la amplificación isotérmica LAMP. Fuente

Para diseñar primers para una amplificación isoterma usando LAMP la página de NEB.primers nos da el siguiente resultado:

F3_P7 TCCGACAGACGGATATACCG
B3_P7 ACCACGAACGAAGAAGACTC
FIP_P7 TCGCTGAAGCCCTGTTCTTCATTCTCGGCCGTATTACAGTCA
BIP_P7 ACGCACAGGGATTTGCTTCAGGGCTTGTAAGTGGGACCGG

Dado que P. gingivalis es una bacteria anaerobia, podría ser interesante ampliar un fragmento que contenga el gen para utilizarlo como template en las amplificaciones de LAMP

Para ello, escogemos un fragmento del genoma completo de P. gingivalis ATCC 33277 que es la bacteria que tenemos en nuestro laboratorio, ese fragmento va desde la posición 610000 a la 610757

>NC_010729.1:610000-610757 Porphyromonas gingivalis ATCC 33277, complete sequence
AAAGCAGGCCGATGAGGGCCTGCTTTGTTACTACACTTTTCATATTTCCCTCTTAACTTATTTAACGGGGTATGTATAAGTGAAAGTGATGACTCCTTTTTTGAGTTCTGCATCCTGATAGTCAGTGAACTGCACTTTGGCAATATTACCATCAGCACCACGAACGAAGAAGACTCTTTTGCTCAGCTTGTAAGTGGGACCGGCAGGACCGTGAGAGAATTCCAGCCAACCACCTGAAGCAAATCCCTGTGCGTTCTTCTTGCCGGTAATCACTTCGCTGAAGCCCTGTTCTTCATATTCCATCTGATGACCATCAGGTCCCATTTCGTACTTGACTGTAATACGGCCGAGAACATCTACGGTATATCCGTCTGTCGGAACGGAAGTAGCCTGATCCATTTCTGTCTTGCCGGAGAATACGGCACCACCTTTTCCCTTGCCACTTTCGCCACAATTGAGACGAACGTCATAGCGGTGAAGAGCCATGTCCCAGTTCAAATCGTTCTTATAGTCGGTAACATTTACGACTTCACCTTTGGAAAAAGAGAAATACTGCCACGTTTCGTATTTCGAAGCATCGATAGTTACGGTTTTGGTTACTGCTTCGGGTGTGGAGGGTTGGTTCGGCTCGTCTTTCTTCTTCCCA Protocolo LAMP PCR CAAGAAGTTAGAGACACAATCAATGGCAATGCACAGAGTGCGGAGAAAATGATTTTTTTCATAATTATCTGACCTTACTTTTAATAGGTTTCATCCGGCTGCAAAGTTGAGA

Primer forward: 5´GGGCCTGCTTTGTTACTACAC 3´
Primer reverse: 5´TGCAGCCGGATGAAACCTATT 3´

Protocolo LAMP PCR


Nuestra muestra es ADN. Por lo tanto no necesitamos de RNaseOUT, ni Purified RNA sample ni SuperScript Reverse Transcriptase.

Diseña el experimento, la mastermix y cuando tengas el ADN tienes que visualizarlo mediante cromatografía de agarosa.

martes, 1 de noviembre de 2022

Los vivos somos los muertos de vacaciones

                                                                                 Los vivos somos los muertos de vacaciones

                                                                                Maurice  Maeterlinck


Cuando  una bacteria similar a Myxococcus xanthus inventó los primeros cadáveres, que eran células ingenuas que permitían que las egoistas estuviesen elevadas para poder propagarse en esporas, en ese momento, la muerte empezó a ser parte de la vida.

Hoy en día, existe una corriente de pensamiento, el transhumanismo, en el cual se propone que en el futuro, la muerte no sea destino, sino opción. En otras palabras, esta corriente de pensamiento aboga por la inmortalidad, al menos de aquellos que lo puedan pagar. Es un pensamiento muy atractivo entre muchos de los dueños de negocios de alta tecnología. Previamente ya hemos comentado qué problema supondría el tener una población de viejos ricos y poderosos y como el pueblo Yanomami de las selvas amazónicas de Venezuela y Brasil lo han resuelto elegantemente de la manera que ellos saben: con una historia que destila sabiduría.

La muerte ha existido desde el principio de los tiempos. Se morían aquellas mutaciones que no eran capaces de dejar descendencia, o que dejaban tan poca comparada con otros individuos que poco a poco iban siendo relegados en las poblaciones. La selección natural encarna a esa muerte con guadaña que elimina a aquellos genomas que no son demasiado eficientes en según que ambientes. 

Para entender qué significa la selección natural en las clases empleamos una analogía con la selección artificial. La selección artificial funciona igual que la natural solo que en este caso es el granjero el que elimina a aquellos que no tienen la característica morfológica deseada. Por ejemplo, los perros, todas las razas proceden del lobo. El lobo y los perros son genéticamente similares, tanto que podemos cruzar perros con lobos todavía hoy en día y tener descendencia sana. Comparten más del 99.9% de los genes. 

¿Cómo se llega a un pug, a un mastín o a un chihuahua a partir de lobos?

Las tribus actuales, como los Yanomami, siguen utilizando el método de domesticación que voy a describir. Suponemos que este método era utilizado por tribus durante el neolítico que es cuando se domesticó al perro. Las mujeres observaron que era más difícil quedarse embarazadas cuando estaban dando de lactar. De esa manera, cuando su hijo se destetaba es común que pongan a un animalito a mamar de sus pechos para continuar dando leche y de esta manera retrasar su nuevo embarazo. Esos animales crecían considerando a esas mujeres como sus madres naturales. Si en esa tribu, el uso que querían darle a ese perro es el de un animal que come las sobras y que se puede matar fácilmente cuando no hay otra cosa que comer, en cada camada que nace, y de media una perra pare ocho perritos, se mata a todos los perros menos al más pequeño y con menos pelo, a ese se le reserva para que cuando madure sexualmente pueda tener crías. Para una tribu, o una granja actual, es imposible mantener cada año a los ocho perros que nacen cada año. Si lo que quieres seleccionar fuese un perro guardián, en cada camada matarías a todos los perros y te quedarías solo con los más fuertes y robustos. De esa manera, a partir de un lobo se acaba teniendo una raza de mastines.  Por lo tanto, aquellos que mueren son los primeros cadáveres. Su eliminación ayuda a que el genoma de esa especie vaya adaptándose cada vez mejor a la presión selectiva a la que está sometido.

Myxococcus xanthus y el nacimiento del cadáver

En el mundo bacteriano se ensaya la aparición del cadaver. Si partimos de una sóla bacteria de Myxococcus xantus y la dejamos tener, teóricamente toda la descendencia va a ser clónica ya que no existen las ventajas del sexo. ¿Podría haber mucha variabilidad intraespecífica al cabo de unas cuantas generaciones? ¿digamos un día?. Los experimentos de Richard Lenski con cultivos de larga duración de E. coli sugieren que puede haber mucha variabilidad intraespecífica a partir de un solo clon si se le deja tener las suficientes generaciones, estamos hablando de meses. Por esta razón, es poco probable que en 24 hr a partir de un clon la población sea diversa genéticamente. Probablemente para llegar a niveles en que la variabilidad intraespecífica llegue a ser notoria hagan falta más de un día. Si a la descendencia de 24 horas de crecimiento de Myxo se la pone en una placa con escasez de nutrientes entonces la bacteria comienza a formar un cuerpo fructífero. De ser una babosa (una colonia móvil de bacterias, una especie de manada de lobos) en busca de nutrientes pasa a ser una especie de seta. La mayor parte de las células del tallo son consideradas altruistas ya que forman el tallo para que las células egoístas se coloquen en la parte superior de la estructura para poder dispersarse lejos de la zona en la que las bacterias han detectado una falta de recursos. Las células egoístas tienen mayor probabilidad de llegar a un medio favorable. Serán favorecidas por la selección natural. Lo curioso es que estas células egoístas si las dejas crecer a su vez durante 24 h volverán a formar un cuerpo fructífero con células altruistas y células egoístas.

A nivel biológico el mejor y más exitoso ejemplo de mestizaje o de simbiosis es la aparición de la célula eucariota. De eso tratará el siguiente capítulo. Pero antes, tenemos que deleitarnos con un nuevo mecanismo por el cual la vida se organiza. Un mecanismo que fue desarrollado por las bacterias. En concreto, una de esas bacterias sociales, Myxococcus xanthus, es la que los científicos emplean para descifrar un mecanismo que podríamos denominar "El poder de uno necesita la estupidez del otro". Esta frase pertenece al pastor luterano Dietrich Bonhoeffer

Un principio de este mecanismo es la multicelularidad, es decir, que exista un número alto de clones. Esto es novedoso porque para que la evolución basada en la competición ocurra tenemos que tener una población diversa. La diversidad genética es básica, bien por mutaciones, por recombinaciones, por sexo. La selección natural ocurre sobre una población diversa. El mecanismo "El poder de uno necesita la estupidez del otro" se genera a partir de la uniformidad de múltiples individuos.


Evolución por la estupidez del otro. Una célula, a la izquierda, se reproduce hasta formar un conglomerado clónico. De repente, por un mecanismo que todavía se está desentrañando, una de esas células se convierte en él, célula en rojo, y a partir de ese momento, yo y todas las que son como yo, células azules, vamos a trabajar para él.

Este es el mecanismo que desarrolla Myxococcus xanthus en situaciones de estrés alimenticio. El protozoo eucariota Dyctiostelium discoideum, también lo emplea. Lo emplean los insectos sociales de la clase hymenoptera como hormigas, abejas y avispas y los isópteros como las Termitas. Lo emplean las ratas topos. Y lo más asombroso... todos los seres pluricelulares utilizan este mecanismo... sí, los seres humanos también. Lo que voy a contar a continuación va a cambiar la forma en que, estimado lector, te ves a ti mismo.

Como trabajar con monos es complicado, hacerlo con bacterias es más sencillo. La bacteria social Myxococcus xanthus es una bacteria modelo y lo es gracias a su ciclo celular que consta de cuatro estadíos a saber:

Ciclo vital de Myxococcus xanthus. En la etapa 1, la bacteria crece por división binaria como lo hacen todas las bacterias, de una se divide en dos, esas dos en cuatro... Cada bacteria lleva una existencia individual. Este estadío es el que tiene lugar cuando hay abundancia de alimento. Cuando el alimento comienza a escasear, M. xanthus se agrupa en lo que se viene a llamar una "manada de lobos" 2. En este estadío M. xanthus forma un enjambre de células que van perseguir a bacterias de otras especies para rodearlas y eliminarlas mediante enzimas hidrolíticas para luego alimentarse de sus restos. Cuando la comida comienza a escasear de veras y ya no compensa hacer expediciones en busca de comida, las bacterias comienzan a formar un pedestal. En el tope de ese pedestal una serie de bacterias se van a convertir en esporas. Esas esporas se van a dispersar y si por casualidad una de ellas aterriza en un lugar en donde hay abundante alimento, la espora germina, es decir se abre, y de ella surge una nueva célula de Myxococcus (Veiicer et al. 2000)

El suicidio altruista 

Cuando los cultivos de bacterias comienzan a quedarse sin nutrientes, las bacterias dejan de dividirse. Sienten que vienen tiempos difíciles. Cuando la falta de alimento ya afecta a las funciones metabólicas básicas de la población, una parte de la población comete suicidio para alimentar al resto de la población. ¿Qué es lo que hace que unas se suiciden y otras persistan? Esta es una línea de investigación básica activa actualmente. ¿Debemos entender a las bacterias como individuos o como organismos sociales? De lo que resulte de estas investigaciones tendrá impacta en cómo los humanos nos vemos a nosotros mismos.

Las bacterias viven y mueren en compleja comunidades que recuerdan en muchos sentidos a un organismo multicelular. La liberación de feromonas hace que las bacterias de una población respondan de manera concertada cambiando patrones de expresión genética, un fenómeno que se llama percepción de quorum. Quorum es una palabra latina que se refiere a la cantidad necesaria de personas para tomar una decisión. Las bacterias pueden agregarse, unirse formando estructuras como los llamados biofilms, que son comunidades fuertemente unidas de células. Desde este punto de vista el suicidio puede ser beneficiosa para  una comunidad bacteriana multicelular. Es el caso del suicidio cuando hay una infección vírica pero también en el caso de daño por factores tóxicos donde la célula que se suicida dona sus nutrientes y componentes celulares a sus vecinas en lugar de gastar recursos de sus vecinas en intentos inútiles de reparase a sí misma. Es interesante notar que en muchas especies de hormigas, cuando una de ella siente que está infectada por un virus toma el camino opuesto al hormiguero para morir sola alejada de sus congéneres.

Las células egoístas son un remedo de las células reproductivas, espermatozoides y óvulos, mientras que las células altruístas seríamos nosotros sin gónadas: un portador que sólo trata de pasar las células egoístas a la siguiente generación. Como decía el autor teatral Maurice  Maeterlinck "Los vivos somos los muertos de vacaciones". Durante esas vacaciones que es nuestra vida buscamos desesperadamente un background genético (vease pareja) apropiado-a para mezclar genes y darle a nuestra descendencia mayores oportunidades de tener éxito en su vida. Pero... ¿Quién le enseña a las células a ser egoistas?

Si estas hormigas estuviesen huyendo de algo, por ejemplo fuego, o un depredador, la que se queda sola después de haber ayudado a los demás ¿Cómo la definiríamos?

Los virus nos enseñan egoísmo

Hay diferentes mecanismos para que una bacteria se suicide. Uno muy interesante es el de la toxina-antitoxina. Cada uno de estos módulos toxina-antitoxina consiste en dos genes que especifican la producción de dos componentes: una toxina estable y una antitoxina inestable que actúa de antídoto contra la toxina. Estos módulos se descubrieron por primera vez en E. coli y el origen de su existencia son los plásmidos. Los plásmidos son moléculas de ADN extracromosómico que se transmiten independientemente del ADN cromosómico de las bacterias y pueden ser considerados como parásitos. La cuestión es que si la bacteria pierde los plásmidos morirá porque la toxina es más estable, dura más tiempo, mientras que la antitoxina se degrada más rápido. El resultado es que la antitoxina ejecuta a la bacteria. Por eso se llama módulo de adicción porque la bacteria se hace adicta a la antitoxina, necesita la antitoxina para seguir viviendo. También podemos decir que se hace adicta al plásmido que produce ambas de manera que no puede deshacerse del plásmido sin perecer ella también.

Algunos virus bacteriófagos que infectan a las bacterias también producen módulos de adicción  de este tipo que sirven para que la célula no pueda eliminarlos y para impedir las infecciones por otros virus. Si otro virus entra en la célula y hace desaparecer el fago inicial la bacteria completa desaparecerá y así no puede avanzar la infección por el virus competidor. Sistemas toxina-antitoxina similares a los módulos de adicción se han integrado en el cromosoma de las bacterias. El más conocido es el mazEF. 

Otros bacteriófagos han desarrollado defensas antisuicidio, es decir, defensas contra estos sistema toxina-antitoxina. Estos virus tienen genes que producen un antídoto similar a  la antitoxina del módulo de adicción, con lo que evita el suicidio de la bacteria. Pero no sólo eso, estos bacteriófagos son capaces de captura el sistema genético toxina-antitoxina y transferirlo a otras especies de bacterias que carecían de este sistema antifago. Esto parece contraproducente para el fago ya que proporciona a la bacteria un mecanismo de lucha contra ellos, pero si lo pensamos más despacio vemos que tiene lógica porque al transferir un sistema de defensa a otras bacterias -del que ellos tienen la llave-, los fagos se aseguran que esas bacterias sólo van a poder ser infectadas por ellos. 

¿Qué es lo que te hace egoísta?

La confrontación. Interactuar de tú a tú con los demás. Saber que dependes exclusivamente de ti mismo. Que más vale que seas espabilado para distinguir amigos de enemigos. Que tienes que reproducirte rápido. En el caso de los virus es bastante fácil seguir estos preceptos. En el caso de las bacterias es fácil cuando interaccionan bacterias de distintas especies, pero ¿Qué pasa con poblaciones de la misma especie, del mismo clon? Es más sencillo engañarlas para que tengan comportamientos altruistas en favor del grupo. La homogeneidad hace que las bacterias clónicas dejen de ser totalmente individuos independientes para empezar a actuar como organismos sociales, similares a las colonias de hormigas o termitas, en donde los individuos trabajan y se reproducen como un grupo. 

Te olvidas de que eres un individuo cuando hay mandatos de orden superior, como los mecanismos genéticos que hacen que te suicides para que tus moléculas sirvan para alimentar al resto de la colonia. Hemos visto como en el caso de los bacteriófagos de Pseudomonas aeruginosa presentan también comportamientos de suicidio a favor de la especie. El extremo de este comportamiento "altruista" somos los organismos pluricelulares, que no solo vivimos para mantener a las células sexuales hasta que sea el momento de generar nuestra descendencia, sino que, nuestras células son diferenciadas una y otra vez para formar tipos de células distintas: musculares, cardiacas, neuronas, adipocitos... capaces de formar tejidos y un organismo complejo entero. 

Marionetas antes de ser cadáveres

Carlo Collodi (1826-1890), pseudónimo de Carlo Lorenzini, nació en Florencia, donde su padre era cocinero de una familia aristocrática no fue un escritor reconocido con una extensa obra. Sin embargo, su libro Pinocchio es el libro más impreso en el mundo después de los libros religiosos. 

Niños convertidos en burro. Fotograma de la película Pinocho de Disney.

Es inquietante la historia de la Isla de los Juegos, en donde los niños "educados" en el ocio y entretenimiento acaban convertidos en los burros que tiran del carro del amo. Supongo que para un hijo de un cocinero de una familia aristocrática, escapar del destino de ser burro de carga era una cuestión vital. Al fin y al cabo, cuando nuestro padre ha muerto, no tenemos que esperar mucho a verlo en el espejo cuando envejecemos. 

Nos queda claro que somos finitos, y que esto es necesario para que exista la infancia. Esta finitud no significa que seamos insignificantes. Al contrario, le da valor a un tiempo que es escaso. Lo que no debemos es ser esclavos. En el último libro que dio a la imprenta Immanuel Kant "El conflicto de las facultades", propone que, la moral y la ética nace de la libertad; porque solamente en libertad se puede cumplir con el deber, que nace del derecho. Solamente, en libertad, en autonomía, el hombre es capaz de comprometerse. La autonomía es por tanto fundamental para definir la identidad. 

Las células de los seres pluricelulares son marionetas del genoma de la especie. Ese código genético que veíamos al principio, va generando proteínas que se van a unir al ADN activando unos genes, luego otros, esos genes darán proteínas que ordenadas en el espacio y el tiempo generarán seres maravillosos. Esos seres serán más simétricos, más hermosos, más espectaculares... y habrá los que no lo sean tanto, y no tendrán tanta suerte para pasar sus genes a las siguientes generaciones. Habrá quien no deje descendencia pero deje su mensaje, su ideas, sus obras. La cultura de los humanos comienza a perpetuarse de manera independiente a sus creadores, de una manera muy biológica. Este fenómeno de replicación cultural ha servido para que el biólogo Richard Dawkins acuñase el término meme. En las teorías sobre la difusión cultural, un meme es la unidad teórica más pequeña de información cultural​ transmisible de un individuo a otro, de una mente a otra, o de una generación a la siguiente. Igual que la evolución biológica se basa en la reduplicación de unidades de información llamadas «genes», la evolución cultural se basa en la reduplicación de unidades de información llamadas «memes». Pero, volvamos a la biología...

Cuando se forma el zigoto después de la fusión del espermatozoide con el óvulo, este comienza a dividirse, forma una morula, luego una blástula y por último una gástrula

De izquierda a derecha: morula, blástula y por último una gástrula

Los animales se van a dividir en dos grandes grupos: protóstomos y deuteróstomos. Básicamente en los deuteróstomos, la primera abertura del embrión (blastoporo) se convierte en ano. En cambio, en los protóstomos, se convierte en la boca.

A este grupo de células se las va a manejar diferenciándolas a distintos tipos de células. Es interesante observar cómo un grupo de genes, los genes Hox, han servido para diferenciar a los animales que tienen un eje anterior posterior, como es el caso humano. Los genes Hox evolucionaron a partir de uno ancestral gracias a las duplicaciones génicas. Estas duplicaciones acabaron formando los diferentes grupos de genes Hox. Los Hox se encuentran agrupados dentro de un cromosoma siguiendo un determinado orden y este mismo orden es el que siguen al expresarse en el organismo. Es decir, que el orden que muestran en el cromosoma se corresponde con el orden de expresión en el eje anteroposterior del animal. Es decir, los genes del extremo derecho se expresan antes y en la parte anterior del animal, y los del extremo izquierdo después y en la parte posterior. Esta propiedad se conoce como principio de colinearidad temporal y espacial, y se cumple en todos los grupos de genes Hox aun cuando éstos estén dispersos en el genoma.

Con el tiempo se descubrió que estaban presentes incluso en los animales que no mostraban un eje anteroposterior diferenciado, es decir, que no poseían una cabeza ni una cola como tal. Aunque no agrupados, existen homólogos de los genes Hox en las esponjas, medusas o ctenóforos

Vayamos por partes, como sugería Jack el Destripador. Si nos centramos en los genes Hox de los animales bilaterales , que básicamente son todos los animales excepto animales muy primitivos que viven en colonias como las esponjas, cnidarios (medusas y anémonas) y ctenóforos (similares a medusas) podemos construir un árbol filogenético que tenga un ancestro común como punto de partida. Este ancestro común lo se denomina ACB (Ancestro Común de los Bilaterales). Este ACB era un gusano marino de hace -550 ma. Este hipotético organismo ancestral ya era bilateral y mostraba las características propias de los animales bilaterales: un extremo anterior con boca, uno posterior con ano. Sus tejidos y órganos estaban más desarrollados que los grupos animales no bilaterales. Estas características las podéis observar en la siguiente imagen.

El ACB ya tenía tejido muscular (en naranja), un sistema nervioso central con un “protocerebro” (en amarillo), un órgano largo bombeador análogo al corazón (en azul) y órganos sensoriales y apéndices en la boca (en rojo y negro, respectivamente). A partir de este ACB surgirían todos los animales bilaterales que conocemos hoy día: por un lado los protóstomos y por otro los deuteróstomos (Lemons and McGinnis, 2006)

La increible diversificación y expansión de los animales con un eje antero-posterior definido que surgen a partir del ancestro ACB se debe a la evolución diversificadora de su grupo de genes Hox. En concreto nos referimos al grupo de ocho genes que en la siguiente figura se encuentra en la base de la bifurcación en dos grandes ramas del árbol genealógico.

En la base del árbol de la misma se muestra un cnidario con genes Hox dispersos. A continuación en la base de la que se bifurcan las dos ramas principales tenemos la organización del grupo de genes Hox del organismo ACB. La rama izquierda muestra los genes Hox fragmentados de los protóstomos, como el gusano plano Schistoma mansoni, causante de la esquistosomiasis, los nematodos o los insectos representados por la mosca de la fruta. La rama derecha muestra los deuteróstomos, que presentan grupos de genes Hox organizados linealmente en cromosomas (Lemons and McGinnis, 2006)

El número y organización de los genes Hox de un organismo están relacionados con su plan corporal. La evolución ha provocado numerosos cambios en el número de genes Hox, y esto ha contribuido a la evolución morfológica de los distintos grupos de animales. Algunos ejemplos son el complejo plan corporal de los vertebrados reflejo de su extraordinaria regulación, los 7 grupos de genes Hox de los peces (reflejo de su gran variedad morfológica), la escasez de genes Hox en nematodos y platelmintos (correlacionada con su arquitectura corporal tan simple), y un largo etcétera.

Los parásitos que siempre sufren una evolución característica que implica la pérdida de genes que nos les hacen falta. Tiene sentido. Demasiados genes para un ambiente tan constante y determinado como el cuerpo de un hospedador no harían más que interferir con esa solución de compromiso a la que llegan con su hospedador los parásitos muy evolucionados. Si los genes Hox están involucrados en simetría bilateral, extremidades... el parásito Schistosoma mansoni, que produce la enfermedad conocida como esquistosomiasis o bilharzia, tiene solo 4 genes Hox dispersos.

Los genes Hox son interesantes porque nos enseñan como se generan los múltiples patrones corporales de los vertebrados. Por ejemplo, el linaje de las serpientes hace varios millones de años los genes Hox10 perdieron la habilidad de suprimir el desarrollo de vértebras con costillas en la parte torácica y posterior. Este evento mutacional de supresión dio lugar a un esqueleto alargado y sin extremidades. De esta manera, vislumbramos los hilos que mueven a las marionetas pluricelulares.

Para saber más:

Velicer, G., Kroos, L. & Lenski, R. Developmental cheating in the social bacterium Myxococcus xanthus . Nature 404, 598–601 (2000). https://doi.org/10.1038/35007066

Domink Refract et al., Altruism can evolve when relatedness is low: evidence from bacteria committing suicide upon phage infection. 2013 Proc R Soc B 280: 20123035

Derek Lemons y William McGinnis (2006). Genomic evolution of Hox gene clusters. Science, 313 (5795), pp: 1918-1922.

Sistema toxina-antitoxina

El suicidio de las bacterias del blog Evolución y Neurociencias

La evolución de los genes Hox