jueves, 25 de enero de 2024

Hitos de la terapia con fagos


1. En la República caucásica de Georgia se pueden comprar fagos sin receta en algunas farmacias del país.

2. Para 2050, al menos diez millones de personas podrían morir cada año a causa de infecciones resistentes a los antibióticos. La gran mayoría de estas muertes (hasta el 90%) ocurrirán en África y Asia, donde el uso de antibióticos está aumentando y el acceso a alternativas es deficiente. Los fagos podrían usarse para atacar microbios resistentes a los antibióticos y matarlos. Pero...

3. Ningún tratamiento basado en fagos ha llegado a las últimas etapas del proceso de ensayos clínicos.

4. Se estima que hay alrededor de 100 millones de especies diferentes de fagos, y cada una de ellas es increíblemente selectiva respecto a qué bacteria infectará. Los fagos son el "agente biológico más abundante en la tierra".

5. El pionero de la terapia con fagos, un científico francés autodidacta llamado Felix d'Herelle, intentó desertar a la Unión Soviética porque estaban invirtiendo mucho dinero en la investigación de la terapia con fagos. Pero su plan se vio frustrado cuando Stalin hizo ejecutar a su socio científico georgiano. Prudentemente decidió quedarse en Francia.

6. Las nuevas herramientas de Inteligencia Artificial pueden predecir si un fago en particular matará a un microbio en particular con tasas de "descubrimiento falso" de menos del 10%.

7. Es posible producir fagos completamente sintéticos utilizando sistemas libres de células; no se requieren bacterias. El ADN del fago primero se sintetiza químicamente y luego las "tripas" de una célula se utilizan para producir y ensamblar las partes proteicas de los bacteriófagos. Es similar a una “impresora o máquina de café expreso” para virus, y la primera terapia con un fago sintetizado mediante este método se probará en un paciente en los próximos meses.

8. Una empresa llamada LocusBio pueden agregar genes a sus fagos que no solo ayudan a modificar su rango de huéspedes, sino que también les confieren un poder adicional para matar bacterias. En un ensayo de una mezcla de fagos dirigidos a E. coli en infecciones del tracto urinario, la empresa logró una reducción de 6 log en el número de bacterias en los pacientes (lo que significa que el número de células bacterianas presentes se ha reducido un millón de veces), lo que llevó a “100 porcentaje de curación clínica” de 31 pacientes.

9. Los productos de fagos hechos a medida para la infección bacteriana de un paciente probablemente costarían alrededor de 20.000 dólares por tratamiento. Una dosis de antibióticos, por contexto, cuesta uno o dos dólares.

10. La terapia combinada, que utiliza fagos y antibióticos juntos, hace que las bacterias resistentes a los medicamentos se concentren tanto en repeler los fagos que se vuelvan sensibles a los antibióticos. 

lunes, 22 de enero de 2024

Tomacco

 

Hay una transición entre el parasitismo y el mutualismo que depende del grado de libertad en las interacciones. El tomaco, un híbrido entre el tabaco y el tomate, inventado por Homer Simpson, haría que, en lo que a salsas de tomate se refiere, el tipo de interacción se volviese parasítica. Si al tomaco le quitásemos la nicotina entonces, debido a que tiene mal sabor, las personas se moverían a otras opciones y el mercado de las salsas ganaría en riqueza de interacciones. 

viernes, 19 de enero de 2024

IAs útiles para investigación

 Este tipo de herramientas sirven, sobre todo, para tener con qué meter paja cuando nos piden informes, trabajos que te importan bien poco etc. Muy útil para aquellos que publican un artículo científico cada dos días. También puede ser útil para hacer de referee de artículos en temas que no son estrictamente tu tema de especialización. Me recuerda al boom que supuso powerpoint... charlas sobresaturadas de imágenes, gráficos, letras, mensajes... Ya cuando introdujeron los títulos que aparecían y desaparecían fue el acabose. Cientos de horas viendo presentaciones de powerpoint en las que no aprendí nada. 

Herramienta

Propósito

Enlace

Elicit

Asistente de Investigación con IA para automatizar flujos de trabajo de investigación1234.

Elicit

Scite

Plataforma para descubrir y evaluar artículos científicos a través de Citas Inteligentes5678.

Scite

R Discovery

Herramienta con IA para simplificar la búsqueda de literatura y recomendar los principales artículos académicos9101112.

R Discovery

Research Rabbit

Herramienta inteligente con IA para descubrir y organizar los artículos más relevantes para tus intereses de investigación13141516.

ResearchRabbit

Consensus

Herramienta nueva, hay versión gratuíta. Sirve para encontrar papers en referencia a una pregunta de investigación. Es parecido a Elicit. Es útil para generar las bibliografías a la hora de confeccionar un paper consensus.app

Zotero

Herramienta de gestión de referencias para recolectar, organizar y citar materiales de investigación17181920.

Zotero

Paperpal

Asistente de escritura con IA que proporciona sugerencias en tiempo real para mejorar la escritura académica21222324. Es el Grammarly para investigadores. Hay versión gratuita.

Paperpal

Scispace

Herramienta con IA para revisión de literatura que ayuda a los investigadores a buscar y comprender fácilmente los artículos de investigación25262728. Sirve para reformatear un paper del formato previo que se hizo para mandar a una revista para el formato de la revista a la que se quiere enviar. https://typeset.io/ Es de pago

Scispace

Gamma

Herramienta con IA para crear presentaciones y contenido con mínimo trabajo de formato y diseño29303132.

Gamma

ChatGPT, Dall-E   & Browse with Bing

Integración de Bing Search en el servicio AI ChatGPT, mejora las capacidades de acceso a la información más reciente en la web33343536.

OpenAI

ChatGPT Advanced Data Analysis

Función dentro de ChatGPT’s GPT-4 que permite a los usuarios subir datos, escribir, probar y ejecutar código directamente en ChatGPT37383940.

OpenAI

GPTs

Función dentro de ChatGPT’s GPT-4 que permite a los usuarios automatizar funciones específicas creando sus propios GPTs.

OpenAI

miércoles, 3 de enero de 2024

Los biofilms son asquerosos

Tubería de desagüe
Y este es el biofilm que obstruía la luz de la tubería.

La clasificación de microorganismos recién descubiertos como patógenos verdaderos y oportunistas siempre ha sido un desafío para los microbiólogos desde el siglo XIX. Sin embargo, el estudio de la simbiosis entre microorganismos y las consecuencias nocivas de tales relaciones para el bienestar humano es un campo de investigación relativamente reciente [1]. Desde una perspectiva cronológica, los microorganismos forman parte de nuestro entorno desde el nacimiento, con miles de millones de bacterias alojadas que siempre permanecen silenciosas a lo largo de la vida. Los microorganismos existen en dos estados principales: a) bacterias libres o flotantes y b) bacterias que forman biopelículas como microorganismos sésiles [2]. Las estimaciones actuales sugieren que hasta el 80% de las células bacterianas y de arqueas residen en biopelículas [3]. Aunque los microorganismos en su forma planctónica han sido investigados extensamente desde la época de Robert Koch, la investigación de los microorganismos formadores de biopelículas aún está en sus inicios debido a la complejidad simbiótica de estos conglomerados microbianos. Una biopelícula se define como un mosaico tridimensional en el que los microorganismos coexisten, se acumulan y se organizan en las superficies del glucocáliz [4]. Estos conglomerados bacterianos son las principales causas de morbilidad y mortalidad en pacientes hospitalizados (aproximadamente del 5% al ​​15%). En este sentido, cabe mencionar que una selección racional y adecuada de antibióticos podría reducir sus tasas de morbimortalidad.

Referencias: 
1. Solano C, Echeverz M and Lasa I. Biofilm dispersion and quorum sensing. Current Opinion in Microbiology. 2014, 18:96–104. doi.org/10.1016/j.mib.2014.02.008
2. Sharma S, Mohler J, Mahajan SD, Schwartz SA, Bruggemann L, Aalinkeel R. Microbial Biofilm: A Review on Formation, Infection, Antibiotic Resistance, Control Measures, and Innovative Treatment. Microorganisms. 2023; 11(6):1614. doi.org/10.3390/microorganisms11061614
3. Penesyan A, Paulsen IT, Kjelleberg S and Gillings MR. Three faces of biofilms: a microbial lifestyle, a nascent multicellular organism, and an incubator for diversity. NPJ Biofilms Microbiomes. 2021, 7: 80. doi.org/10.1038/s41522-021-00251-2
4. Omar A, Wright JB, Schultz G, Burrell R, Nadworny P. Microbial Biofilms and Chronic Wounds. Microorganisms. 2017. 5(1):9. doi: 10.3390/microorganisms5010009. 


 

sábado, 23 de diciembre de 2023

Charla en Yachay

 
Me divertí en esta charla. Relacioné los experimentos de Richard Lenski y los de Calhoun. 

martes, 19 de diciembre de 2023

Colaboradores

 


Dr. Manuel Gómez del Moral
Dr. Alexis Debut


Dr. Yonathan Parra
Dra. Hégira Ramírez
Ivette Castillo
Holger Quiñónez


Dr. Jaime Charris


jueves, 2 de noviembre de 2023

El origen de la muerte

 El origen de la muerte surge 2500 millones después de la aparición de la vida. Un ser pluricelular es una organización coercitiva en la que las células somáticas mueren al cabo de un periodo de tiempo. ¿Cuál es su función en la línea de tiempo? pasar a las células sexuales a la próxima generación. Durante 2500 millones de años las células se dividían por fisión, de una a dos células hijas, sin dejar cadáver.

El cadáver es el desecho de una organización coercitiva

Las células humanas surgen por diferenciación a partir del óvulo fecundado. El proceso de crecimiento dura 9 meses de desarrollo en el interior de la madre y los meses posteriores en los que sigue alimentándose del pecho materno. Los padres se desviven por los hijos que tienen la obligación de separarse de los padres para comenzar su nueva vida, que biológicamente, solo tiene sentido si logran encontrar el background genético apropiado para a su vez reproducirse. 

Los individuos somos organizaciones coercitivas de células, el cáncer no es otra cosa que células que han escapado a esa coacción, que sirven para que protozoos, las células sexuales, intercambien material genético. Lo que conocemos como hijos son el 50% de ADN en un background genético del 50%, lo que viene a ser la pareja con la cual los concebimos. Cuando se produce la migración de nuestro ADN a la siguiente generación, esa organización coercitiva de células que es nuestro cuerpo formado por células somáticas no reproductoras va dejando de tener sentido. 

Cuando un milmillonario sueña con alcanzar la vida eterna, en el fondo está subvirtiendo este plan. A nivel social sería un cáncer, lo mismo que una célula somática que no sabe cuando debe dejar de dividirse es un cáncer para un cuerpo humano.

Cuándo los humanos nos resignamos a la muerte, nos estamos comportando como buenos elementos (integrantes, adeptos, iniciados, miembros) de una sociedad coercitiva. Somos esclavos de la biología. Revelarnos a ese destino es algo que dejamos para los dioses. 

En el camino a Emaús

"Lucas 24:13-35

13 Aquel mismo día, dos de los discípulos se dirigían a un pueblo llamado Emaús, a unos once kilómetros de Jerusalén. 14 Iban hablando de todo lo que había pasado. 15 Mientras conversaban y discutían, Jesús mismo se acercó y comenzó a caminar con ellos. 16 Pero aunque lo veían, algo les impedía darse cuenta de quién era. 17 Jesús les preguntó:

—¿De qué van hablando ustedes por el camino?

Se detuvieron tristes, 18 y uno de ellos, que se llamaba Cleofás, contestó:

—¿Eres tú el único que ha estado alojado en Jerusalén y que no sabe lo que ha pasado allí en estos días?

19 Él les preguntó:

—¿Qué ha pasado?

Le dijeron:

—Lo de Jesús de Nazaret, que era un profeta poderoso en hechos y en palabras delante de Dios y de todo el pueblo; 20 y cómo los jefes de los sacerdotes y nuestras autoridades lo entregaron para que lo condenaran a muerte y lo crucificaran. 21 Nosotros teníamos la esperanza de que él sería el que había de libertar a la nación de Israel. Pero ya hace tres días que pasó todo eso. 22 Aunque algunas de las mujeres que están con nosotros nos han asustado, pues fueron de madrugada al sepulcro, 23 y como no encontraron el cuerpo, volvieron a casa. Y cuentan que unos ángeles se les han aparecido y les han dicho que Jesús vive. 24 Algunos de nuestros compañeros fueron después al sepulcro y lo encontraron tal como las mujeres habían dicho, pero a Jesús no lo vieron.

25 Entonces Jesús les dijo:

—¡Qué faltos de comprensión son ustedes y qué lentos para creer todo lo que dijeron los profetas! 26 ¿Acaso no tenía que sufrir el Mesías estas cosas antes de ser glorificado?

27 Luego se puso a explicarles todos los pasajes de las Escrituras que hablaban de él, comenzando por los libros de Moisés y siguiendo por todos los libros de los profetas.

28 Al llegar al pueblo adonde se dirigían, Jesús hizo como que iba a seguir adelante. 29 Pero ellos lo obligaron a quedarse, diciendo:

—Quédate con nosotros, porque ya es tarde. Se está haciendo de noche.

Jesús entró, pues, para quedarse con ellos. 30 Cuando ya estaban sentados a la mesa, tomó en sus manos el pan, y habiendo dado gracias a Dios, lo partió y se lo dio. 31 En ese momento se les abrieron los ojos y reconocieron a Jesús; pero él desapareció. 32 Y se dijeron el uno al otro:

—¿No es verdad que el corazón nos ardía en el pecho cuando nos venía hablando por el camino y nos explicaba las Escrituras?

33 Sin esperar más, se pusieron en camino y volvieron a Jerusalén, donde encontraron reunidos a los once apóstoles y a sus compañeros, 34 que les dijeron:

—De veras ha resucitado el Señor, y se le ha aparecido a Simón.

35 Entonces ellos dos les contaron lo que les había pasado en el camino, y cómo reconocieron a Jesús cuando partió el pan".

En este fragmento de Lucas se nos muestra como un ser humano abandona su destino natural para reintegrarse al reino de lo extraterrenal. Es una manera de mostrarnos como la vida no es solo la transmisión de información genética sino también otro tipo de información. No es solo información cultural, relato. Va más allá. La vida que se asocia a la muerta, la vida de ese ser pluricelular que deja cadáver, intuye que necesita otro soplo de vida. Y cuando digo "intuye" podría sustituir este verbo por aprende, entiende, necesita... 

La muerte social y espiritual, otro tipo de muerte

La muerte va más allá de la desaparición física. Para una bacteria, encontrarse con un depredador tipo Bdellovibrio significa la muerte. La bacteria no necesita a otros para vivir. Sin embargo, los organismos basados en la coerción celular, en donde las células sexuales necesitamos que las somáticas trabajen para lograr que ellas se puedan emparentar con otras células sexuales, necesitamos de otros, lo que viene siendo una pareja, para poder pasar a la siguiente generación. El famoso "background" de los genetistas.

La necesidad de otros hace de nosotros individuos con cierto grado de sociabilidad. La vida social implica la aparición de la muerte social. He leído este artículo de Luis Santamaría del Río, un teólogo experto en sectas, sobre las recomendaciones de un exhorcista para evitar cinco brechas que las personas abren al demonio. Vendrían a ser: 1 vivir en pecado mortal 2 la relación con el ocultismo 3 el rencor 4 heridas en el vientre materno 5 maleficios recibidos. Estas lista de cinco brechas se puede invertir por las cinco soluciones para evitar el mal: 1 Poder hablar 2 el poder de la razón 3 la práctica del perdón 4 el poder de la bendición 5 evitar ser víctima de otros. Estas cinco soluciones se pueden resumir en dos pilares: razón y respeto por los demás. Respeto por los hijos, por otros colectivos, poder evitar el rencor a través de entender las causas del comportamiento del que te ha ofendido, ¡Ojo! que perdonar es entender no permitir el abuso, para eso están los límites. Respeto por uno mismo, por eso es tan importante hablar, validarse, escucharse. El otro pilar, la razón, es fundamental para evitar la invocación de criterios de autoridad no consensuados. 

Las organizaciones coercitivas son aquellas que generan cadáveres. Un cadáver es un cuerpo que ha muerto dos veces, por un lado físicamente y por otro lado, ha sufrido un necesario olvido social y espiritual. Por ese motivo, Francisco de Quevedo escribió: 

"Cerrar podrá mis ojos la postrera
sombra, que me llevaré el blanco día;
y podrá desatar esta alma mía
hora, a su afán ansioso linsojera;

mas no de esotra parte en la ribera
dejará la memoria en donde ardía;
nadar sabe mi llama la agua fría,
y perder el respeto a ley severa:

Alma a quien todo un Dios prisión ha sido,
venas que humor a tanto fuego han dado,
medulas que han gloriosamente ardido,

su cuerpo dejarán, no su cuidado;
serán ceniza, mas tendrán sentido.
Polvo serán, mas polvo enamorado".

Cuándo Sófocles escribe Antígona hace que su heroína anteponga la ley natural o divina, de enterrar a los muertos, a la ley de los hombres, encarnada en la prohibición del rey de enterrar a su hermano. Con exquisita sensibilidad, Antígona se expone a una muerte segura cumpliendo con una ley superior y acepta las consecuencias.