lunes, 23 de octubre de 2023

Revistas sobre aceites esenciales de plantas

Los aceites esenciales de plantas medicinales están enriquecidos de moléculas que pueden tener propiedades antimicrobianas y anticancerígenas. Sobre todo tienen terpenos, como por ejemplo: 

que tienen en común un núcleo terpenoide como el siguiente: 
Hay varias revistas científicas que se dedican a publicar trabajos sobre las propiedades de estos aceites: 

Journal of Essential Oil Research. Ed Taylor and Francis ltd. H-index 57. Q2.There are no submission fees, publication fees or page charges for this journal.
Q2 para Web of Science  

Journal of Essential Oil-Bearing Plants. Ed Taylor and Francis Ltd. H-index 33. Q2. Coste publicación 1500$. Son pesaditos con el formato. Cobran el formateo a 125$

Molecules. MDPI. H-index 199. Q1. Coste publicación 2600$

Journal of Applied Pharmaceutical Science. Medipoeia. H-index 49. Q2. Coste publicación 280$

Planta Medica. Verlag. H-index 129. Q1. Coste publicación: Planta Medica is free of charge

He visto artículos sobre aceites de esenciales de plantas con actividades anticancerígenas o antimicrobianas en J. Food Protect, Plos ONE, J. Food Protect, Lett. Appl. Microbiol, 

Antimicrobial Activity of Basil, Oregano, and Thyme Essential Oils.
Sakkas H, Papadopoulou C.
J Microbiol Biotechnol. 2017 Mar 28;27(3):429-438. doi: 10.4014/jmb.1608.08024.

J Microbiol Biotechnol es una revista de la Sociedad Coreana de Microbiología. No es predatory. Es un Q2

Chemistry of Natural Compounds, de la editorial Springer. Sin coste para la UCM. Q3 en Scimago, Q2 en Scopus Q4 en Web of Science

Fitoterapia. Q2 Scimago y Q2 Web of Science. Sin coste para la UCM. Lo que veo peor de esta revista es que el tiempo medio de espera para recibir la primera decisión editorial es de aproximadamente 72 días

Journal of Food Quality and Hazards Control es Q4 y está indexada en Scopus. Tiene coste cero de publicación. 


Revistas cubiertas por los acuerdos transformativos de la UCM 

Springer Nature

Journal of Natural Medicines

Link en SJR: https://www.scimagojr.com/journalsearch.php?q=20010&tip=sid&clean=0
Q1
Submission to first decision (median): 16 días
Indexada a SCOPUS: Sí

Natural Products and Bioprospecting
Link en SJR: https://www.scimagojr.com/journalsearch.php?q=21100924771&tip=sid&clean=0
Q1 Nivel
Submission to first decision (median): 16 días
Indexada en SCOPUS: Sí
No charge

Planta
Link en SJR: https://www.scimagojr.com/journalsearch.php?q=16646&tip=sid&clean=0
Q1. Nivel
Submission to first decision (median): 5 días
Indexada en SCOPUS: Sí

Chemistry of Natural Compounds. Springer Q3 en Scimago, Q2 en Scopus Q4 en Web of Science

ELSEVIER


Journal of Ethnopharmacology
Link en SJR: https://www.scimagojr.com/journalsearch.php?q=23015&tip=sid&clean=0
Q1 Tiene nivel
Submission to first decision (median): 8 días
Indexada en SCOPUS: Sí

Phytomedicine
Link en SJR: https://www.scimagojr.com/journalsearch.php?q=17067&tip=sid&clean=0
Q1 Nivel
Submission to first decision (median): 23 días
Indexada en SCOPUS: Sí

Fitoterapia. Q2 Scimago y Q2 Web of science
El tiempo medio de espera para recibir la primera decisión editorial es de aproximadamente 72 días
Enfoque: Composición química y bioactividad de productos naturales.
Encaje: Ideal si profundizas en la caracterización química y comparas con otros estudios de aceites esenciales.
Submission to first decision (median): 72 días

European Journal of Pharmacology. Q1
Submission to first decision (median): 23 días

Phytochemistry Letters Q3

ACS Journals

ACS Medicinal Chemistry Letters

Q2 Web of Science. Nivel

Wiley

Phytotherapy Research. Es un Q1. Tiene nivel

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1. Revistas con alta afinidad temática y buena probabilidad de aceptación
Estas revistas publican con frecuencia estudios de aceites esenciales, actividad antibacteriana y MDR en líneas celulares.

Industrial Crops & Products (Elsevier)
Fuerte enfoque en productos naturales y aceites esenciales.

Publica estudios químicos + bioactividad.

Factor de impacto medio-alto.

South African Journal of Botany (Elsevier)
Acepta estudios de composición química y bioactividad de plantas medicinales.

Buen historial con aceites esenciales.

Natural Product Research (Taylor & Francis)
Muy alineada con química de productos naturales y bioactividad.

Revisión rápida y tasa de aceptación razonable.

Natural Product Communications
Especializada en aceites esenciales, metabolitos secundarios y bioactividad.

Muy adecuada para tu artículo.

2. Revistas de farmacognosia y productos naturales (encaje sólido)
Journal of Applied Research on Medicinal and Aromatic Plants (Elsevier)
Excelente para aceites esenciales y estudios comparativos.

Buen encaje por la parte química + actividad biológica.

Pharmacognosy Magazine / Pharmacognosy Research
Publican estudios de aceites esenciales, actividad antimicrobiana y MDR.

Revisión razonablemente rápida.

Revista Brasileira de Farmacognosia (Springer)
Muy receptiva a estudios de Piperaceae y aceites esenciales.

Alto volumen de artículos similares.

3. Revistas centradas en microbiología aplicada
Microbial Pathogenesis (Elsevier)
Acepta estudios de actividad antimicrobiana y mecanismos de resistencia.

Tu sección de MDR encaja muy bien.

Journal of King Saud University – Science
Publica estudios de aceites esenciales y actividad antimicrobiana.

Buen equilibrio entre calidad y probabilidad de aceptación.

4. Revistas de espectro más amplio pero compatibles
BMC Complementary Medicine and Therapies (Springer Nature)
Muy abierta a estudios de plantas medicinales + bioactividad.

Open access.

Plants (MDPI)
Acepta estudios de aceites esenciales, química y bioactividad.

Revisión rápida.

Molecules (MDPI) – sección Natural Products
Publica muchos estudios de aceites esenciales y MDR.

Revisión rápida, pero exige claridad metodológica.

Recomendación final (las 3 mejores opciones para enviar YA)
Industrial Crops & Products

Natural Product Research

Journal of Applied Research on Medicinal and Aromatic Plants

Son las que mejor equilibran encaje temático, probabilidad de aceptación y visibilidad científica.

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Journal of Ethnopharmacology
Fitoterapia
Journal of Essential Oil Research
Phytochemistry Letters
Natural Products and Bioprospecting

viernes, 20 de octubre de 2023

La membrana como barrera para los antibióticos en G-

Las bacterias gramnegativas son intrínsecamente resistentes a muchos antibióticos, debido en gran parte a la barrera de permeabilidad formada por su envoltura celular. La interacción compleja y sinérgica de las dos membranas Gram-negativas y el eflujo activo previene la acumulación de una amplia gama de compuestos que son eficaces contra las bacterias Gram-positivas. 

La falta de información detallada sobre cómo los componentes de la envoltura celular contribuyen a esto se ha identificado como una barrera clave para el desarrollo racional de nuevos antibióticos con eficacia contra especies gramnegativas. Esta revisión describe el conocimiento actual del papel de los diferentes componentes de la envoltura de las células Gram negativas en la prevención de la acumulación de compuestos y el estado de los esfuerzos para describir propiedades que permitan a los compuestos superar esta barrera y aplicarlas al desarrollo de nuevos compuestos de amplio espectro. antibióticos.

Referencia

jueves, 19 de octubre de 2023

Oficina de integridad de la investigación

 En 2010 escribí una entrada sobre el chiste de los remeros españoles, que ilustra uno de los males que lastra a la ciencia en España y también en los países latinos: pensar que necesitamos quien nos controle, que de esa manera nos vamos a corregir y a entrar en el buen camino. Desde los distintos gobiernos se piensan que el problema de que la ciencia no llegue a niveles de excelencia de otros países estriba en que los científicos están poco supervisados. En vez de encargarle a científicos que lideren proyectos se les encarga a gestores de todo pelaje. Pensar que un baremo, por muy sofisticado que sea, es el criterio de elección correcto -para evitar el enchufismo- también es un error. Cualquiera que haya dirigido personas sabe que es necesario tener en tu equipo a personas con distintas habilidades. Cuando se escoge bajo un criterio estricto se acaba escogiendo a personas muy homogeneas y esto complica la interacción de esas personas, todas cortadas por el mismo patrón. 

¿Y qué vamos a hacer para acabar con la mala ciencia?

Exacto, crear una oficina de integridad de la investigación. No aprendemos


Os repito el chiste por tercera vez:

Cuentan las crónicas que en 1.994 se celebró una competición de remo entre dos equipos, uno compuesto por trabajadores de una compañía española, y el otro por sus colegas de otra empresa similar japonesa. Se dio la salida y los remeros japoneses se empezaron a destacar desde el primer momento. Llegaron a la meta y el equipo español lo hizo con una hora de retraso sobre los nipones. De vuelta a casa, la Dirección se reunió para analizar las causas de tan bochornosa actuación y llegaron a la siguiente conclusión:...

- Se ha podido observar que en el equipo japonés había un jefe de equipo y diez remeros, mientras que en el español había un remero y diez jefes de equipo. Por lo que para el año próximo se tomarán las medidas adecuadas.

En el año 95, se dio de nuevo la salida y nuevamente el equipo japonés se empezó a distanciar desde la primera remada. El equipo español llegó esta vez con dos horas y media de retraso sobre el nipón. Dirección se volvió a reunir después del sonado rapapolvo de Gerencia para estudiar lo acaecido, y vieron que este año el equipo japonés se compuso nuevamente de un jefe de equipo y diez remeros, mientras que el español, tras la eficaces medidas adoptadas el año anterior, se compuso de un jefe de equipo, dos asesores de gerencia, siete jefes de sección y un remero. Por lo que tras un minucioso análisis, se llega a la siguiente conclusión:
- EL REMERO ES UN INCOMPETENTE.

En el año 96, como no podía ser diferente, el equipo japonés escapó nada más darse la salida. La trainera que este año se había encargado al departamento de nuevas tecnologías, llegó con cuatro horas de retraso. Tras la regata y, a fin de evaluar los resultados, se celebró una reunión de alto nivel en la cuarta planta del edificio de la central, llegándose a la siguiente evaluación:
- Este año, el equipo nipón optó una vez más por una tripulación tradicional, formada por un jefe de equipo y diez remeros. El español, tras una auditoría externa y el asesoramiento especial del departamento de organización, optó por una formación mucho más vanguardista, que se compuso de un jefe de equipo, tres jefes de sección con plus de productividad, dos auditores de Arthur Andersen, cuatro vigilantes jurado que no quitaban ojo a un único remero, al que habían amonestado y castigado quitándole todos los pluses e incentivos por el fracaso del año anterior.

Tras varias horas de reuniones, se acordó que:
- En la regata del 97, el remero sería de contratación externa.
No obstante, a partir de la vigesimoquinta milla marina, se ha venido observando cierta dejadez en el remero de plantilla, que roza el pasotismo en la línea de meta.

domingo, 17 de septiembre de 2023

Cómo trabaja cada sección de un artículo científico

 

Resumen: "La pregunta es..." "qué es lo que hemos encontrado" "¿Por qué importa?"

Muchas revistas requieren el "abstract structured" por lo que hay que utilizar este formato: 

Objective

Previous research has documented... This study aims to investigate the effects of ...

Methods

Using data from the...

Results

The results reveal that...

Conclusion

The findings indicate a positive relationship between...

Cuando el artículo está listo hay que mandarlo a la revista. Se manda el texto en word con las lineas numeradas para que los revisores puedan referirse a donde se encuentran los fallos o las inconsistencias. Las figuras se mandan aparte en formato TIFF. Se suele añadir una coverletter tal que así:

Dear NOMBRE DE LA REVISTA Editorial Office,

Enclosed, please find the revision of the manuscript entitled “TITULO DEL ARTÍCULO” by NOMBRES DE LOS AUTORES, submitted for consideration in NOMBRE DE LA REVISTA. The article is the first ... JUSTIFICACIÓN DEL ARTÍCULO EN UNA O DOS FRASES, which might be useful for managing future PROBLEMAS.

The authors have read the Guidelines on publishing ethics and good publication practices for manuscripts submitted to NOMBRE DE LA REVISTA. We affirm that the submission represents an original work, that there is no closely related paper, and is not currently being considered or submitted to another journal, in whole or in part. Also, we confirm that all the authors have approved the final version of the manuscript to be published and are responsible for its content. The authors declare no competing financial and/or competing non-financial interests in relation to the work described in the present manuscript. Finally, the article includes figures in color.

Thanks in advance for your thoughtful consideration.

Yours Faithfully,

Prof. TU NOMBRE AQUÍ, PhD

TU UNIVERSIDAD.

DIRECCIÓN

Email: 

Phone: 

ORCID ID:



sábado, 9 de septiembre de 2023

Baraja de inmunoglobulinas

Vamos a utilizar las barajas española y francesa para explicar cómo funcionan las vacunas. Los exones que conforman las inmunoglobulinas serán representados por las cartas de la baraja española y la baraja francesa. Una curiosidad: la baraja más antigua es la española y su origen musulmán queda demostrado con la aparición de cimitarras en sus ilustraciones. 

Figura 1: Con la reconquista española, monedas, copas, cimitarras y bastones, se convirtieron en oros, copas, espadas y bastos, tal y como las conocemos hoy día. Posteriormente, las espadas se convirtieron en picas, los oros en diamantes, los bastos en tréboles y las copas en corazones en la baraja francesa.

En este juego, las cartas de la baraja española serán los exones de las cadenas pesadas y las de la baraja francesa las de las cadenas ligeras.




Figura 2: Organización de los genes de las inmunoglobulinas (Ig) antes de su reordenamiento (línea germinal). Existen múltiples versiones de los segmentos génicos que codifican para las regiones V, D y J que forman la región variable de las cadenas pesadas y ligeras. El segmento D solo existe en las cadenas pesadas. El locus de la cadena pesada, además de la región variable que es única, contiene los exones que codifican los genes de los nueve isotipos de Ig (CH, en verde). Los dominios constantes de las cadenas ligeras están codificados por un solo exón, aunque existen al menos seis copias funcionalmente equivalentes de Cl. 

Las diferentes secuencias de aminoácidos de la región constante de la cadena pesada caracterizan a las diferentes clases de anticuerpos o isotipos (Figura 2): IgD (cadena pesada δ delta), IgM (cadena pesada μ, mu), IgG (cadena pesada γ, gamma), IgA (cadena pesada α, alfa) e IgE (cadena pesada ε, épsilon). Las IgM son secretadas como pentámeros y las IgA como dímeros secretores.La diversidad potencial [6.210 × (200 + 210)] supera los 2,5 millones de Ig posibles (excluyendo los nueve genes CH, que determinan el isotipo, no la especificidad).

 Rojo     

 Amarillo

 Azul 

  Verde

 H  45 espadas

  23 oros 

 6 bastos

 9 copas

 K  40 Picas

 

 5 treboles

 

 D  30 diamantes

 

 7 corazones

 

Figura 3: los exones de cadenas pesadas y ligeras. En total 83 cartas de baraja española modificada. Los exones de las cadenas ligeras están representados por 82 cartas de baraja francesa modificada. El tamaño de las cartas será 61X95 mm 




Figura 4: Los diseños de las cartas. Las copas se modificarón como se verá en la figura 5. 

Figura 5: las copas

Figura 6: Santo da saude representa la carta comodín que puede valer cualquier carta. 

¿Cómo se juega?

El juego es similar al chinchón. Se reparten de dos barajas, 4 cartas de la española y 3 cartas de la francesa. Los mazos se dejan sobre la mesa con una carta boca arriba, de manera parecida al "chinchón". Como hay dos mazos, se dejan los dos mazos sobre la mesa. Cada jugador coge una y se deshace de una para tener siempre 7 cartas en la mano.

Se puede cerrar la mano con un menos 30 que será cuando se tenga espadas, bastos, oros y picas y tréboles, o bien, espadas, bastos, oros y diamantes y corazones. Los otros jugadores sumarán aquellas cartas que no estén en parejas o en tríos. Cuando se llegue a -90 se gana. También se puede ganar cuando logremos hacer un anticuerpo con espadas, bastos oros, copas y además o bien diamantes y corazones o picas y tréboles. Se hace inmunoglobulina cuando se tenga esa misma serie y copas.

Figura 7: estas son las combinaciones ganadoras: A y B ejemplifican cómo se puede cerrar una mano con -30 puntos. C y D ejemplifican cómo se haría "chinchón" aunque en este juego se sustituye el chinchón por "anticuerpo". 

Bibliografía:




https://www.biofilms.ac.uk/microbattle-card-game/ este es un juego de cartas sobre biofilms




martes, 8 de agosto de 2023

La contaminación atmosférica provoca el aumento de resistencias a los antibióticos

 La contaminación atmosférica es un cóctel de muchos componentes tóxicos y el término PM -siglas en inglés de Particulate Matter- se usa para describir una mezcla de pequeñas partículas sólidas y líquidas que se encuentran en el aire. Estas partículas se dividen en categorías según su tamaño y las especialmente finas -como las PM2,5 y las PM0,1- son las más preocupantes en cuanto a los efectos perjudiciales para la salud.

En este estudio se analiza el papel de las PM2,5 (2,5 micrometros), provocadas por procesos industriales, transporte por carretera y combustión doméstica de carbón y madera.

7.300 millones de personas en todo el mundo están expuestas directamente a niveles medios anuales de PM2,5 que no son seguros y el 80% de ellas vive en países de renta baja y media, según datos recogidos en un comunicado de la revista.

Los autores crearon un amplio conjunto de datos para explorar si las PM2,5 son un factor clave que impulsa la resistencia global a los antibióticos, utilizando información de 116 países desde 2000 hasta 2018.

En total, incluyeron datos que abarcan nueve patógenos bacterianos y 43 tipos de antibióticos. Además, utilizaron información sobre los servicios de saneamiento, la economía, el gasto sanitario, la población, la educación, el clima y la contaminación atmosférica.

Los resultados indican que la resistencia a los antibióticos aumenta con las PM2,5, y que cada incremento del 1 % en la contaminación atmosférica está vinculado a aumentos en la resistencia a los antibióticos de entre el 0,5 y el 1,9 %, dependiendo del patógeno.

La asociación se ha reforzado con el tiempo, y los cambios en los niveles de PM2,5 han provocado mayores aumentos de la resistencia a los antibióticos en los últimos años.

Los niveles más altos -por esta causa- se registran en el norte de África, Oriente Medio y el sur de Asia, mientras que en Europa y Norteamérica son bajos. Debido a su gran población, se cree que China y la India son los países en los que los cambios en las PM2,5 tienen un mayor impacto en el número de muertes prematuras por resistencia a los antibióticos.

martes, 1 de agosto de 2023

Como los fagos persiguen a sus presas

http://www.pnas.org/content/early/2015/10/14/1508355112.abstract?sid=f29ab533-942d-441e-a367-718acf26503c

Fronteras químicas

 

El encuentro de un hongo Rhizopus (negro) con un hongo Penicillium (verde)

El hongo negro crece más rápido que el verde y lo va rodeando. El hongo verde se defiende impidiendo que el hongo negro le pase por encima.

El encuentro de un hongo Rhizopus (negro) con una colonia bacteriana (naranja)



A medida que pasan los días ambos van librando una guerra química para definir un territorio


Recomiento leer sobre Proteus, la bacteria formadora de fronteras, para saber más sobre este fenómeno

Cuando un microorganismo pelea es porque está en una relación de competencia. No hay simbiosis, no hay parasitismo. Tampoco está subyugado en una organización coercitiva. Pelea e individualidad son dos conceptos que van unidos. Sin embargo, la guerra química que establecen contra otras especies, define un "ellos y nosotros". Por ejemplo, varias especies de Aspergillus y Penicillium, producen una a micotoxina (ocratoxina A) que contamina en todo el mundo alimentos como los cereales y sus productos, los granos de café, las pasas, el vino y el jugo de uva, las especias y el regaliz. Esto lo hacen para que otras especies no crezcan sobre los alimentos que ellas van a descomponer. 

¿Qué es mejor comer almendras con cáscara que hay que partir o almendras ya peladas en bolsa? mejor las que vienen con cáscara, aunque sea menos práctico para comerlas. La razón está en que cuando abrimos una bolsa de frutos secos entran hongos que comienzan a secretar toxinas para evitar que otros hongos colonicen su comida. Por ejemplo, las aflatoxinas se sintetizan por la especie de moho Aspergillus, en concreto por A. flavus, A. parasiticus y A. nominus. Las aflatoxinas se encuentran en frutos secos como las nueces, los cacahuetes, los pistachos o los higos secos envasados. Por eso debemos de comer esos frutos recien sacados de su cáscara. La cáscara previene que tengan hongos y por tanto micotoxinas. Estas micotoxinas son tóxicas como su nombre indica y algunas de ellas altamente carcinogénicas para el ser humano.

 Selección de parentesco en una población natural de la bacteria Bacillus subtilis