martes, 6 de abril de 2021

El investigador y las técnicas que maneja

 Me gradué en la Universidad de Santiago de Compostela en Bioquímica y Biología Molecular. Realicé mi doctorado en la Universidad Autónoma de Madrid estudiando las topoisomerasas de Streptococcus pneumoniae, unas enzimas que relajan y enrrollan el ADN y que son el blanco de una clase de antibióticos llamados fluoroquinolonas. 

Durante ese periodo de mi formación manejé técnicas de PCR, clonación en vectores de expresión, transformación de células bacterianas, extracción de ADN mediante ultracentrifugación de cloruro de cesio, purificación de proteínas nativas por cromatografía y también de proteínas de fusión. Se realizaron ensayos enzimáticos para superenrollar ADN y para liberar ADN concatenado.  Aprendí a cuantificar proteínas y a marcarlas con isótopos radioactivos. Hice experimentos de unión de proteínas a ADN y También secuenciamos manualmente el gen GyrA de Streptococcus pneumoniae y caracterizamos su inicio de transcripción y su la unión de la GyrA a su promotor. 

Posteriormente me mudé a Ann Arbor, Michigan, para estudiar durante cinco años como la membrana de Legionella pneumophila por si misma puede bloquear la actividad de los macrófagos. 

En este trabajo me familiaricé con la microscopía electrónica, de fluorescencia y confocal. Básicamente aislé mediante ultracentrifugación vesículas de membrana externa de Legionella, Caractericé los distintos estados de la membrana externa con lectinas y anticuerpos unidos a fluoróforos. Generamos mutantes para distintos genes que afectaban a la composición de la membrana externa. El objetivo final fue demostrar que esfera de latex rodeados de membrana externa procedente de un estadío infeccioso de Legionella eran capaces de inhibir la maduración del fagosoma de macrófagos humanos y de ratón. Para ello trabajé con macrófagos que extraíamos del fémur de ratones. Mediante anticuerpos monoclonales pudimos comprobar cómo el lipopolisacárido cambiaba dependiendo de si la membrana de Legionella estaba en una fase infectiva o no infectiva y que este lipopolisacárido inhibía la maduración del fagosoma, este trabajo lo realicé en el laboratorio del Dr. Helbig en Dresden Alemania. 

De vuelta en España, realicé un segundo postdoc en el INIBIC (Instituto de investigaciones biomédicas de La Coruña) en donde demostré que Acinetobacter baumannii liberaba vesículas de membrana y que estas vesículas portaban plásmidos y que, sorprendentemente, estas vesículas funcionaban como vehículos para la transformación horizontal entre especies de plásmidos virulentos. Asimismo, vimos como una porina de esta bacteria activaba la autofagia en células humanas.

Para realizar este trabajo manejé citómetría de flujo, cell-sorter y Maldi-tof tof, así como cultivos celulares de líneas celulares defectivas para rutas de autofagia y apoptosis. Manejé microscopía de fluorescencia para demostrar cómo una porina de la membrana externa de Acinetobacter baumanii causaba apoptosis y autofagia, siendo este trabajo unas de las primeras citas de una proteína bacteriana causante de autofagia en células humanas. Del trabajo que más me siento orgulloso fue demostrar que las vesículas de membrana externa eran portadoras de ADN circular y servían como un nuevo mecanismo de transmisión horizontal entre especies bacterianas. 

En Ecuador he realizado experimentos en los que se establecían biofilms de C. albicans y S haemolyticus y se trataban con antibióticos y antifúngicos. He aislado y caracterizado bacteriófagos contra E. coli enteropatogénicos, He caracterizado E. coli enteropatogénica atípica, E. coli multirresistente en heces de perros, en pollos y carcasas de pollo. Para ello hemos tenido que aislar ADN, mandar a secuenciar, realizar estudios filogenéticos, estudios de transformación de plásmidos. He estudiado la citotoxicidad y actividad antitumoral de un compuesto orgánico sobre líneas celulares humanas. He manejado el equipo MX3000 de Stratagene para detección de SarsCov2, también conozco el RT-PCR CFX96 de Biorad. Extraje ARN mediante columnas de sílice de Bionee e Invitrogen. Por último, he realizado dos artículos sobre percepción de Covid19 en estudiantes y un trabajo sobre 4000 pacientes de Covid19 en el Hospital Sur de Quito

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