Escribo para mí, para recordar algunas ideas que me interesan. Con el tiempo he descubierto que existe más o menos un nexo común en esas ideas. Aviso: Este blog no es un consultorio de salud.
En esta época de pandemis aprender a alinear secuencias de ADN es una herramienta básica para saber de qué virus se trata el que está aquejando a nuestra comunidad y si está mutando, si la nueva mutación está cubierta por la inmunidad inducida por las vacunas que se han suministrado. Por eso vamos a aprender a distinguir las distintas secuencias, nucleotídicas o aminoacídicas, determinar si tienen un origen común...
Las secuencias biológicas pueden estar en nt o en aminoácidos
1 PREGUNTA: Encuentra un ORF (marco abierto de lectura) si lo hubiere, transcríbelo a mRNA y tradúcelo a su secuencia de aminoácidos
2 PREGUNTA: En esta secuencia existen dos ORFs mayores de 30 nt (normalmente por debajo de esta longitud no se consideran los posibles ORFs, es decir, no suelen llevar secuencias reguladoras, como la caja TATAA, RBS ect y por lo tanto no son ORFs que se transcriban). Uno en la secuencia que ves y el otro en su complementaria. Localízalos y tradúcelos a su secuencia de aminoácidos
ATG ATA CGA CGT CA G TCC ACA CGT CCA CGT ACA CGA CAC CAA TAT CCG ATA CAC TGA
Se traduce como: MIRRQSTRPRTRHQYPIH
Y otro ORF en la secuencia complementaria 3’-->5´. El truco para encontrar estas secuencias sin necesidad de hacer la secuencia complementaria es encontrar primero un CAT de derecha a izquierda y luego, buscando de tres en tres, encontrar un triplete CTA, TTA o un TCA, como se puede ver abajo resaltado en azul.
ORF2: 5'ATGCTCGTATCGCCGGTCGTCTGGCGGTCGTCTTTGTCGGTCCCCCTTTA G 3'
4 PREGUNTA: Busca los ORFs en esta secuencia utilizando el programa https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/ (Ojo los ORFs tienen que ser mayores de 30 nt). Poner en las opciones: Minimal ORF length (nt): 30
6 PREGUNTA: Encuentra el ORF, tradúcelo y di cuáles son las propiedades químicas de sus aminoácidos 5’ TTATTGTCGTATGCGACGTACATGTTTCAT 3’ Solución:
7 PREGUNTA: en la secuencia que se encuentra en la pregunta anterior se observan dos aminoácidos que están codificados por dos codones distintos ¿Por qué ocurre esto? Solución: Pincha aquí
¿Por qué una secuencia genética comienza a generar distintas secuencias?
8 PREGUNTA: ¿Por qué aparece en la 3 generación una secuencia diferente? ¿Por adaptación?
No todas las diferencias en secuencias tienen la misma importancia
9 PREGUNTA: Supongamos que la secuencia A es la secuencia ancestral de donde parten B, C, D y E. a) Ordena estas secuencias de mayor a menor diferencias genéticas b) Ordénalas ahora de mayor a menor diferencias aminoacídicas. Enlace al código genético. Programa para traducir DNA en proteínas.
A 5´ATGCAAGCTTGGCGTAATCATGACTACTAA 3´
B 5´ATGCAGGCTTGGCGTAATCATGACTACTAA 3
C 5´ATGCATGCGTGACGTAATCATGACTACTAA 3
D 5´ATGCAAGCTTGGCGCTAATCATGACTACTAA 3
E 5´ATGCATGTGTTACATAACCACGATTACTAA 3
Solución:
A MQAWRNHDY
B MQAWRNHDY Similitud 9/9
100%
C MHA-RNHDY Similitud 2/9
D MQAWR-S-LL Similitud 4/9
E MHVLHNHDY- Similitud 5/9
A 5´ATG
CAA GCT TGG CGT AAT CAT GAC TACTAA
3´
B 5´ATG
CAG GCT TGG CGT AAT
CAT GAC TACTAA 3
C 5´ATG
CAT GCGTGA CGT AAT CAT GAC TAC TAA 3´
D 5´ATG
CAA GCT TGG CGC TAATCA TGA CTA CTA A 3´
E 5´ATG
CAT GTG TTA CATAAC CAC GAT
TACTAA 3´
En ambos casos, nt y aminoácidos, la B es la secuencia más similar, seguida de la E, la D y por último la C
¿Cómo se puede ordenar las secuencias para ver si tienen un antepasado común?
12 PREGUNTA: Con el genoma del plásmido pUC19 encuentra el gen de la betalactamasa, el que le da resistencia a la ampicilina, y haz un blast con su secuencia. ¿Existe ese gen en otros plásmidos, bacterias?
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