lunes, 18 de julio de 2022

Amplificación LAMP de ARN de Sars-CoV-2

Fig. 1. LAMP es un tipo de PCR isoterma que utiliza 4 o 6 primers

WarmStart Colorimetric LAMP 2X Master Mix Typical LAMP Protocol (M1800)

Configuración de la reacción: Para simplicidad de la reacción, se recomienda realizar soluciones stock de los primers de LAMP a una concentración de utilidad. Por ejemplo, se sugiere preparar un Primer Mix de concentración 10X con todos los 6 primers de LAMP.

Un Primer Mix 10X de LAMP contiene:

Primer

10X Concentration (Stock)

1X Concentration (Final)

FIP

16 μM

1.6 μM

BIP

16 μM

1.6 μM

F3

2 μM

0.2 μM

B3

2 μM

0.2 μM

LOOP F

4 μM

0.4 μM

LOOP B

4 μM

0.4 μM


Nota: Preparar las soluciones stock en agua de Grado Biología Molecular, en vez de TE u otras soluciones tampón para evadir su interferencia en la reacción de LAMP. Preparar el stock de primers en agua libre de nucleasas y almacenar a –20°C.

1. Dejar descongelar los componentes a temperatura ambiente y colocar en hielo (o gradilla fría). Puede formarse sal en el fondo de los tubos; colocar en el vórtex brevemente o invertir el tubo varias veces para mezclar. Centrifugar para juntar y colocar en el hielo.

2. Preparar el mix de la reacción como se describe en la tabla inferior, usando el Colorimetric LAMP Master Mix, los primers de LAMP y el agua libre de nucleasas. Los volúmenes están definidos para 25 μL de reacción de LAMP, pero pueden utilizarse otros volúmenes (10, 20, 50 μL etc.), ajustar los volúmenes de acuerdo a su necesidad. Se asume que la muestra es de 1 μL, pero para volúmenes mayores de muestra ajustar los componentes y reducir el volumen de agua para compensar. Para reacciones sin muestra, añadir el volumen equivalente de agua.

 

DNA Target

RNA Target

No-Template Control (NTC)

WarmStart Colorimetric LAMP 2X Master Mix

12.5 μL

12.5 μL

12.5 μL

LAMP Primer Mix (10X)

2.5 μL

2.5 μL

2.5 μL

Target DNA

1 μL

-

-

Target RNA

-

1 μL

-

dH2O

9 μL

9 μL

10 μL

Total Volume

25 μL

25 μL

25 μL

3.    Colocar el mix en el vórtex y luego centrifugar.

4.    Tomar con una pipeta 24 μL del mix por reacción a realizar y colocarlos en cada tubo de reacción. Añadir 1 μL muestra al mix. Mezclar los componentes en el vórtex o pipeteando varias veces y centrifugar para juntar de ser necesario. Cerciorarse de que las soluciones de reacción tengan un color rosa brillante, lo cual indica que el pH inicial es el requerido para la reacción de LAMP.

5.    Tapar los tubos de reacción 

6.    Incubar a 65°C por 30 minutos.

7.   Retirar los tubos de la incubación y examinarlos a la vista. Las reacciones positivas se tornarán de color amarillo, mientras que las negativas permanecerán de color rosa. Si el cambio de color no es completo (Ej.: se visualiza un color anaranjado), devolver los tubos a la incubadora a 65°C por otros 10 minutos. Las reacciones pueden ser examinadas más temprano; reacciones de muestras concentradas o de controles positivos pueden exhibir el cambio de color a los 10-15 minutos. El color será visible en los tubos inmediatamente luego de retirarlos de la incubadora, pero puede ser intensificado si se los deja enfriar a temperatura ambiente.

8. El resultado colorimétrico puede ser fotografiado o escaneado para registro, o simplemente almacenado a temperatura ambiente en los tubos de reacción.

Fig. 2. El kit tiene un sistema colorimétrico que nos muestra cuando la amplificación ha sido positiva

Resultados de los alumnos: de izquierda a derecha negativo, negativo, positivo, negativo, intermedio (habría que dejarlo media hora más) y positivo


jueves, 14 de julio de 2022

La manera en la que nos relacionamos evoluciona en el tiempo

“Dale a la gente concursos que puedan ganar recordando las letras de las canciones más populares, o los nombres de las capitales de Estado. Atibórralos de datos no combustibles, lánzales encima tantos "hechos" que se sientan abrumados. Entonces tendrán la sensación de que piensan, tendrán la impresión de que se mueven sin moverse. Y serán felices. No les des Filosofía o Sociología para que empiecen a atar cabos.”

Ray Bradbury, "Fahrenheit 451" (1953)

Completamente de acuerdo con Ray Bradbury. Mucha divulgación científica adolece de este defecto. La explicación de los hechos científicos consumen tantos recursos al divulgador que al final todo se resume en datos, datos y más datos pero que no nos permiten avanzar en el conocimiento. Podemos explicar por qué la semana tiene 7 días, y la explicación del porqué es fascinante, pero el relato de esta explicación no nos permite profundizar en el significado de lo que significa para nosotros el calendario. Un calendario es la manera en la que nosotros tomamos conciencia de la cuarta dimensión, el tiempo. Desgraciadamente los humanos solo manejamos tres dimensiones espaciales y una dimensión temporal. Los matemáticos creen que existen más dimensiones, pero somos incapaces de verlas. Podemos medir las dimensiones espaciales, ancho, largo y alto. Con el calendario medimos el tiempo. El tiempo nos permite percibir la evolución, el cambio de la información guardada en nuestro código genético y las interacciones entre yo y los otros, algo que también se guarda en nuestro código genético. Por ejemplo, nosotros, cuando niños, jugamos despreocupados, es cuando llega la adolesciencia cuando las hormonas alteran la manera qne la que nos relacionamos con los demás. Aquella niña que nos parecía aburrida ahora nos obsesiona porque tiene unos atributos sexuales que nos nublan el sentido; aquel niño con el que nos gustaba jugar despreocupadamente, de repente, lo percibimos como un competidor y necesitamos exhibir dominancia y territorio. 

La manera en la que nos relacionamos con los demás ha evolucionado en el tiempo: competición, parasitismo, simbiosis y por último el sometimiento. Todos conocemos qué significa competición entre iindividuos. El parasitismo empezamos a entenderlo. La simbiosis nos cuesta un poco más. El sometimiento, al que también he denominado estupidizar, es una manera de relacionarte con tus iguales que consiste en anularles su sentido individual para ponerlos a trabajar para ti. Es lo que han hecho los seres pluricelulares que dividen a sus células en dos tipos, las sexuales, es decir, las que van a tener la oportunidad de vivir en la siguiente generación, y las somáticas, que viven para mantener a las células sexuales hasta que generen otro nuevo cuerpo. 

De forma muy esquemática, el calendario geológico se divide en 4 grandes periodos. Cada periodo corresponde con un periodo muy definido de la evolución geológica, que va de la mano de la evolución biológica como veremos. Esos 4 grandes periodos se llaman eones: Hádico, Arcaico, Proterozoico y Fanerozoico. 

En el periodo Hádico, que va desde el enfriamiento de la Tierra recien formada hace 4500 millones de años (ma) hasta hace 4000 ma. En ese periodo de tiempo surgió Luca, el organismo del cual procedemos todos los seres vivos, un organismo hipotético al que se le conoce como Luca, por la sigla en inglés de “último ancestro común universal” (Last Universal Common Ancestor). Ese organismo probablemente era un ribozima que habitaba entre las láminas de filosilicatos que forman las arcillas. Como organismos autorreplicantes trataban de producir el mayor número de copias en competición con otros ribozimas. Estos organismos basados en el ARN pronto fueron capaces de traducir su código genético a proteínas gracias al protoribosoma. Se trataba de los protovirus, los precursores de los virus. Fueron los protovirus los que, a partir del ARN y mediante la enzima retrotranscriptasa, crearon la molécula de ADN de doble cadena.

El periodo Arcaico surge con la aparición del primer organismo cuyo ADN como material genético está confinado en una membrana formada de fosfolípidos. Con la aparición de las primeras arqueobacterias, éstas proliferan acaparando todos las moléculas orgánicas que estaban libres en la sopa biológica. Tanta avaricia dejó los mares transparentes y el interior de esas membranas repletas de lo que antes era de libre acceso. Los protovirus tuvieron que buscar en el interior de las arqueobacterias las moléculas que antes flotaban en la sopa biológica. En el proceso perdieron sus ribosomas por la ventaja que suponía utilizar los de las arqueobacterias. Esa pérdida del ribosoma los convirtió en los virus tal y como los conocemos actualmente.

La aparición de bacterias fotosintéticas marcan el paso del eón Arcaico al Proterozoico. Perdón, las bacterias fotosintéticas oxigénicas. Cuando la Tierra tenía apenas 560 millones de años de edad surgen unas bacterias con capacidad de realizar fotosíntesis anoxigénica, es decir, sin presencia del oxígeno. Este tipo de fotosíntesis tenía lugar en presencia de ácido sulfhídrico (H2S) liberándo azufre molecular en el proceso (S2). También podrían usar arsénico o hidrógeno como donadores de electrones. Tenemos que pensar que hacía solo un 1000 millones de años que se había formado la Tierra. La actividad volcánica era elevada y las bacterias que poblaban el planeta eran similares a las que hoy consideramos extremófilas. Bacterias que viven en fumarolas de agua hirviendo, dentro de hielo a -120ºC, aguas ácidas, lagunas hipersalinas, costras del desierto.  Una de estas bacterias con capacidad de realizar la fotosíntesis, a las que a partir de ahora llamaremos cianobacterias, fueron capaces de realizar una variante de la fotosíntesis que ha llegado a ser la predominante en todo nuestro planeta. Se trata de la fotosíntesis oxigénica. La fotosíntesis necesita un reductor (una fuente de electrones), que en este caso es el agua (H2O). Al tomar el H del agua se libera oxígeno.   

Fig. 1. Fórmula de la fotosíntesis. Las cianobacterias toman del medio agua (H20) y CO2 y gracias a que aprovechan la energía de los fotones de la luz solar, son capaces de formar una molécula de seis carbonos rica en energía como lo es la glucosa. El producto de "deshecho" de esta reacción es el 02 que es liberado a la atmósfera.

Esta reacción tuvo tanto éxito porque partía de dos elementros muy abundantes en la Tierra: luz solar, agua y CO2. La explosión evolutiva y ecológica de las cianobacterias hizo que éstas cubriesen todos los mares, lagos y superficies terrestres. Una de las razones de este éxito fue el hecho de que el oxígeno es tóxico para la mayoría de las bacterias anaerobias o bien aunque lo toleren, no son capaces de competir con las bacterias que utilizan el oxígeno como aceptor final de electrones.  En general la respiración aerobia genera más energía que la anaerobia y mucho más que la fermentación. 

Cuando aparecen las cianobacterias y empezaron a producir 02 como producto de deshecho de la reacción de la fotosíntesis, este elemento comenzó a oxidar el gas más abundante en el planeta por aquel entonces, el metano. A este evento se le conoce como la Gran Oxidación. El metano es un excelente gas de efecto invernadero y su poder de calentamiento es más de 80 veces mayor que el dióxido de carbono. Cuando el 02 eliminó gran parte de ese metano que ayudaba a que el planeta tuviese una temperatura compatible con la vida el planeta se enfrió de manera drástica y repentina dando lugar al periodo glacial huroniano que tuvo lugar hace 2400 millones de años. La concentración de oxígeno se estabilizaron alrededor del 1% atmosférico. Los océanos se congelaron y la vida, que en aquel entonces era exclusivamente acuática, se vió relegada a pequeñas islas alrededor de los volcanes y manantiales de agua caliente. Durante este período se descubrieron fósiles macroscópicos de 2200-2100 millones de años. Se trata del fósil Diskagma, uno de los fósiles eucariotas más antiguos y el grupo fósil francevillense. Se trata de eucariotas similares a los mohos mucilaginosos actuales. 

Estos fósiles son la prueba de que en el eón posterior a la aparición del oxígeno, el eón llamado Proterozoico, es cuando se dan los eventos simbióticos seriados entre las arqueobacterias y bacterias Gram negativas que van a dar lugar a los protozoos. De estos protozoos surgirán con fuerza en el siguiente y último eón, el llamado eón Fanerozoico, los grupos de seres pluricelulares como son las plantas (de ahí el nombre del eón), los hongos y los animales. Por lo tanto, ya en el eón Proterozoico aparecen hongos mucilaginosos. Este dato es interesante porque, al igual que las bacterias Myxococcus xanthus, un hongo mucilaginoso actual, Dyctiostelium discoideum, es capaz de pasar de organismo unicelular a pluricelular cuando se encuentra en estrés, por ejemplo, por falta de alimento, o condiciones ambientales adversas. En ese momento, Dyctiostelium se convierte en un ser pluricelulares con forma de seta. Es en esa seta en donde se produce una división de las células que hasta ese momento erán todas iguales. Las células se dividen en dos grupos: las sexuales y las somáticas. Es en este tipo de hongos mucilaginosos en donde la vida experimenta la cuarta manera de interacción celular: el sometimiento o estupidización, en donde unas células, las sexuales, manipularan a las otras, las somáticas, en su beneficio.

Fig. 2. La vida basada en carbono desde su orígen hace 4500 millones de años a la actualidad se divide en cuatro eónes: Hádico, Arcaico, Proterozoico y Fanerozoico. Cada uno de esos eónes está caracterizado por un tipo de interacción entre entidades, es decir, por una forma de relacionarnos: competición, parasitismo, simbiosis o sometimiento. 

Obviamente, esta explicación de los cuatro eónes del tiempo geológico y cómo se relacionan con la manera en las entidades biológicas interaccionan entre si es de una simplificación exagerada y llena de imprecisiones. En el eón Fanerozoico, que se desarrolla hasta nuestros días, existen bacterias anaerobias, seres pluri y unicelulares. Existe competición, parasitismo, simbiosis y sometimiento. La razón de ser de esta síntesis superabreviada de tiempo y la evolución de los organismos es la de poder argumentar que la manera en la que yo me relaciono con él o con ellos va a determinar quién soy y hacia dónde voy. Hace ahora 4550 millones de años que se formó el planeta Tierra. es ahora cuando la vida basada en carbono y en un código surgido del ARN se enfrenta cara a cara con otro código basado en ceros y unos, apagados y encendidos de un computador. Vida basada en el silicio. Entender que la manera en que el yo se ha relacionado con lo que no era él es fundamental no solo para conocernos a nosotros mismos sino para entender cómo la humanidad ha de entenderse con la inteligencia artificial que ha venido para quedarse con nosotros. 

Fig. 3. Desde el punto de vista del oxígeno sobre el planeta Tierra existen dos eventos importantes: la Gran Oxidación de hace 2200 ma (hay autores que dicen 2400 ma), y el periodo criogénico de hace 600 millones de años. En la Gran Oxidación el oxígeno pasó de inexistente al 1% de la atmósfera. En el periodo criogénico esa concentración subió al 20%, similar al 21% de O2 de la atmósfera actual. Vemos como en el eón Hádico no existían células pero existía vida acytota, es decir sin membrana celular, como son los ribozimas y protovirus. En el periodo Arcaico existían ribozimas y los protovirus evolucionaron a virus con la aparición de las arqueobacterias. El periodo Proterozoico, la vida se expandió a célular eucariotas que procedían de eventos endosimbiontes seriados. Estas células eucariotas comenzaron a ensayar la pluricelularidad. Finalmente, al aumentar el oxígeno en el Fanerozoico, los seres pluricelulares contaron con la energía necesaria para mantener esos consorcios celulares. 

La evolución de los seres vivos y su relación con el oxígenos es algo que se refleja en nosotros. Los seres humanos también seguimos ese patrón: somos organismos aerobios y anaerobios. Pensamos que somos exclusivamente aerobios porque necesitamos respirar. Tomamos aire con oxígeno con nuestros pulmones y exhalamos CO2. No obstante, tenemos partes de nuestro cuerpo que carecen de oxígeno. Sin ir más lejos, nuestros intestinos son anaerobios. No exhalan CO2, exhalan metano. Los intestinos exhalan por donde la espalda pierde su casto nombre. Existen más lugares carentes de oxígeno. Por ejemplo las cavidades recónditas, como el surco gingival en donde se insertan los dientes. Allí viven bacterias como Streptococcus mutans, la causante de las caries o Porphyromonas gingivales, la sospechosa de causar Alzheimer en humanos.


Referencia: 


viernes, 8 de julio de 2022

Glaciaciones, aumento del oxígeno y grandes saltos evolutivos

Respirando piedras

El metabolismo aeróbico podría ser más antiguo de lo que se pensaba. Se ha descubierto recientemente un grupo de bacterias productoras de oxígeno, que evolutivamente podían haber aparecido antes que los organismos fotosintéticos en la Tierra. Estas bacterias consumen el oxígeno que ellas mismas producen. Este hallazgo además tiene importancia para entender otras formas de colonizar habitats poco usuales, como los que encontramos en Marte o Titán

Existe un grupo de microorganismos capaces de respirar el oxígeno que ellas misma generan (Ettwig, 2010), sugiriendo que esto microorganismos podían haber existido en la Tierra consumiendo oxígeno antes de que las cianobacterias y las plantas lo produjeran. El mecanismo utilizado por estas bacterias muestra que, hace mucho tiempo, estos microorganismos emplearon el metano (fuente de carbono y energía que existe también en lunas de otros planetas del sistema solar) produciendo un oxígeno que era empleado para respirar por ellos mismos.

Esta bacteria productora de oxígeno, llamada provisionalmente Methylomirabilis oxyfera vive en lodos lacustres pobres en oxígeno y ricos en metano. Los compuestos que esta bacteria oxida son metano, nitrato y nitrito. Hasta el momento de este descubrimiento sólo se habían identificado tres mecanismos de producción de oxígeno: la fotosíntesis, la reducción de cloratos y la conversión enzimática de especies reactivas de oxígeno.

Las bacterias anaerobias vivían solas en la Tierra hace 2500 millones de años sin oxígeno, por eso tenían que encontrar otros elementos a los que ceder electrones, por eso utilizaban minerales ricos en hierro (Fe) y el manganeso (Mn), es decir, eran capaces de respirar piedras.

El Profesor David Richardson, de la Universidad de East Anglia, descubrió que las bacterias emiten los electrones sobrantes fuera de su cuerpo a través de la pared bacteriana, para que sean aceptados por piedras ricas en estos compuestos, o sea, emiten descargas eléctricas al exterior. Según este investigador estas bacterias anaerobias utilizan petróleo como alimento y "piedras" para respirar, es decir, como aceptoras de electrones.

La Shewanella, prima de nuestra E. coli es una bacteria capaz de reducir metales pesados. La respiración celular de estas bacterias no se limita a los metales pesados​​; dicha bacteria también puede usar sulfatos, nitratos y cromatos cuando crece anaeróbicamente.

Limonita, también conocida como hierro de los pantanos se forma por deposiciones de hierro originadas por el metabolismo de cierto grupo de bacterias.Es una forma muy porosa, con escasa densidad y muy ligera. Es frecuente observar a simple vista restos vegetales (de hecho está formada por multitud de hebras de raicillas).

La vida estaba presente durante todo el Arcaico limitada a los organismos procariotas.

Hace unos 3500 millones de años, durante la Era Paleoarcaica, las bacterias comienzan con la fotosíntesis, que inicialmente era anoxigénica, por lo que no desprende oxígeno. En la actualidad, las bacterias verdes del azufre y no del azufre, y las bacterias púrpura realizan este tipo de fotosíntesis. No sería hasta hace unos 2800 millones de años, durante la Era Neoarcaica, cuando surjan los primeros organismos capaces de realizar la fotosíntesis oxigénica (como las cianobacterias) y comiencen a liberar oxígeno molecular al medio ambiente.

Uno de los eventos más importantes del Proterozoico fue el aumento de la concentración de oxígeno en la atmósfera de la Tierra. Aunque el oxígeno producido como sustancia de desecho por la fotosíntesis comenzó a producirse ya hace 2800 millones de años, en el Eón Arcaico, el porcentaje de oxígeno en la atmósfera se mantuvo probablemente a sólo un 1% al 2% de su nivel actual hasta que los sumideros químicos (oxidación de azufre y hierro) se saturaron hace aproximadamente 2450 millones de años, cuando comienza la Gran Oxidación. Las formaciones de hierro bandeado, que proporcionan la mayor parte de mineral de hierro del mundo son el resultado de estos sumideros químicos de oxígeno. La formación de estas estructuras cesó hace 1.900 millones de años.

Durante el proterozoico es cuando aparece la primera célula eucariótica, a partir de la simbiosis de varias bacterias. Este grupo de seres vivos se les conoce como el nombre de protozoos. Cuando los protozoos comienzan a formar los primeros seres pluricelulares es cuando empiezan a aparecer los primeros fósiles. De este tipo de fósiles se conservan innumerables ejemplos en el yacimiento de Ediacara. A partir de entonces ocurre una explosión de formas pluricelulares. Es en ese momento cuando entramos en el eón Fanerozoico, que comienza hace 542 millones de años y que dura hasta nuestros días. El periódo más antiguo del Fanerozoico es el periódo Cámbrico.

Las glaciaciones como motor de la evolución

Glaciaciones-Tierra helada (Miracle Planet II). Fuente: Director Hideki Tazuke. Oliver Julien. Producido por NHK

Min 20. Las bacterias metanogénicas hace 2000 millones de años vivían en todos los océanos del planeta liberando metano. El metano es un gas invernadero mucho más potente que el CO2

Si el metano en la atmósfera terrestre era capaz de mantener la temperatura de la Tierra por encima de los 0ºC (por debajo de esa temperatura el agua se congela)

Min 20:50 la atmósfera hace 2000 millones de años era rojiza debida al metano. Las metanobacterias liberaban metano sin parar. Es entonces cuando aparecen las cianobacterias. Al producirse 02 en grandes cantidades el metano se redujo

La reducción del metano fue drástica por lo que privada de su metano la Tierra comenzó una glaciación masiva conocida como  Glaciación euroniana  

Min 36:25 Tras el segundo periodo de glaciación ocurrido hace 600 millones de años la concentración del oxígeno en la atmósfera pasó del 1% a 20% ¿Cómo ocurrió esto? Min 37:25: A pesar del hielo, los volcanes seguían siendo muy activos y producían CO2 que se acumulaba en la atmósfera, no disuelto en el agua como ocurre ahora. Esto era así porque no había agua líquida. Se encontraba toda en forma de hielo. Al aumentar el CO2 aumentó el efecto invernadero provocando que el hielo se fundiese. El calor continuó, al llegar el agua de mar a 45ºC se produjeron grandes ciclones de 10.000 km/hr. El fosforo y otros nutrientes que se encontraban en el fondo del océano durante la gran glaciación surgieron de los fondos gracias a las tormentas. Ello provocó un rico caldo que fue aprovechado por las cianobacterias para producir una cantidad ingente de oxígeno que pasó del 1% de la atmósfera a 20%, similar al 21% de hoy en día.

Esto generó dos grandes saltos en la evolución: el primero el paso de las células procariotas a las eucariotas, el segundo paso, el de los organismos unicelulares a los multicelulares.


La relación entre las glaciaciones y los saltos evolutivos quedaría así:


Cuando se representa el tiempo geológico se suele representar en eones. Un Eón es el mayor de los períodos en que se considera dividida la historia de la Tierra desde el punto de vista geológico y paleontológico. Hay solamente cuatro eones: Hádico, Arcaico, Proterozoico y Fanerozoico. Los tres primeros se agrupan en un único supereón, el Precámbrico.


La vida aparece en el eón Arcaico, hace 4000 millones de años. De este periodo nos quedan los fósiles llamados estromatolitos que se comienzan a formar hace 3.500 millones de años, con una abundancia máxima hace 1250 millones de años. Posteriormente se redujo su abundancia y diversidad, si bien actualmente continúan formándose en algunos lugares. Sin embargo, debe tenerse en cuenta que los primeros estromatolitos con origen microbiano confirmado son de hace 2724 millones de años

Estromatolitos como estos se pueden observar en Australia. Fuente

Las dos grandes glaciaciones, del periodo huroniano (hace 2200 ma) y criogénico (hace 600 ma) fueron responsables de la aparición de la célula eucariota y de los seres multicelulares

Para saber más: 

Ettwig, K. F. et al. Nitrite-driven anaerobic methane oxidation by oxygenic bacteria. Nature 464, 543-548 (25 March 2010).

miércoles, 6 de julio de 2022

Colibactinas presentes en la carne roja y procesada provocan cáncer colorectal

La colibactina es un metabolito genotóxico producido por Escherichia coli y otras bacterias entéricas, es decir, que viven en el intestino humano. Las colibactinas causan mutaciones que conducen al cáncer colorrectal y la progresión del cáncer colorrectal. La colibactina es un péptido poliquétido que puede formar enlaces cruzados entre hebras en el ADN.

Fig. 1. Colibactina. Fuente

La colibactina solo es producida por cepas bacterianas que contienen una isla genómica de policétido sintasa (pks) o un grupo de genes biosintéticos clb. Alrededor del 20 % de los humanos están colonizados con E. coli que alberga la isla pks.

Fig. 2 E. coli (pks+) genera aductos de DNA potencialmente mutagénicos implicados en la
carcinogénesis, (Adaptado de Garrett 2019)

La colibactina forma enlaces cruzados entre cadenas de ADN mediante la alquilación de fracciones de adenina en cadenas de ADN opuestas. Induce el desarrollo lítico en ciertas bacterias que contienen profagos.

 Un trabajo publicado recientemente respalda el papel cancerígeno de Escherichia coli que lleva la isla de patogenicidad de policétido sintasa (pks) que codifica enzimas para la biosíntesis de colibactina. La asociación de la dieta de estilo occidental (rica en carne roja y procesada) con la incidencia de cáncer colorrectal podría ser más fuerte para los tumores que contienen cantidades más altas de pks + E. coli.

Fig. 3. Maridaje entre cáncer de colon y la tabla de embutidos.

La OMS considera carne procesada cualquier tipo de carne que ha sido transformada con salazón, curado, fermentación, ahumado u otros procesos para mejorar el sabor y preservar el alimento. Esto incluiría beicon,  salchichas, hamburguesas y también embutidos. Aunque la mayoría de ellos son de carne de vaca o cerdo, este grupo también incluye embutidos hechos con sangre, carne picada de ave o vísceras.

Bibliografía

Garrett, Wendy S. 2019. «The gut microbiota and colon cancer». Science 364 (6446): 1133-36.https://doi.org/10.1126/science.aaw2367.

Arthur JC (2020). "Microbiota and colorectal cancer: colibactin makes its mark". Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology. 17 (6): 317–318. doi:10.1038/s41575-020-0303-y. PMID 32317778. S2CID 216033220.

 Zhou T, Hirayama Y, Watanabe K (2021). "Isolation of New Colibactin Metabolites from Wild-Type Escherichia coli and In Situ Trapping of a Mature Colibactin Derivative". Journal of the American Chemical Society. 143 (14): 5526–5533. doi:10.1021/jacs.1c01495. PMID 33787233.

 Helmink BA, Khan M, Wargo JA (2019). "The microbiome, cancer, and cancer therapy". Nature Medicine. 25 (3): 377–388. doi:10.1038/s41591-019-0377-7. PMID 30842679. S2CID 71145949.

 Wernke KM, Xue M, Herzon SB (2020). "Structure and bioactivity of colibactin". Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters. 30 (15): 127280. doi:10.1016/j.bmcl.2020.127280. PMC 7309967. PMID 32527463.

 Balskus EP (2015). "Colibactin: understanding an elusive gut bacterial genotoxin". Natural Product Reports. 32 (11): 1534–40. doi:10.1039/c5np00091b. PMID 26390983.

 Silpe, Justin E.; Wong, Joel W. H.; Owen, Siân V.; Baym, Michael; Balskus, Emily P. (2022-02-23). "The bacterial toxin colibactin triggers prophage induction". Nature: 1–6. doi:10.1038/s41586-022-04444-3. ISSN 1476-4687. PMID 35197633.

Plasmodium falciparum produce un precursor isoprenoide que atrae a los mosquitos

Las personas infectadas por el parásito que causa la malaria, Plasmodium falciparum, resultan más atractivas que los individuos sanos para los mosquitos Anopheles gambiae. Este mosquito es el vector de la enfermedad, es decir, que Plasmodium falcifarum "utiliza" a este mosquito para saltar de una persona a otra.

Fig. 1 Anopheles gambiae. Fuente

Plasmodium falciparum produce un precursor isoprenoide, llamado (E)-4-hidroxi-3-metil-but2-enil pirofosfato (HMBPP), que afecta a los comportamientos de búsqueda y alimentación de sangre del mosquito.

Fig. 2.  (E)-4-hidroxi-3-metil-but2-enil pirofosfato (HMBPP)

El HMBPP activa los glóbulos rojos humanos para aumentar la liberación de CO₂, aldehídos y monoterpenos, que juntos atraen con al mosquito. Añadiendo HMBPP a muestras de sangre, aumenta significativamente la atracción que despierta en otras especies de mosquitos, como Anopheles coluzzii, Anopheles arabiensis, Aedes aegypti y especies del complejo Culex pipiens/Culex torrentium.

viernes, 1 de julio de 2022

Fabricación de un cuchillo a partir de óxido férrico bacteriano

Las bacterias del hierro son bacterias comunes en todo el mundo que obtienen la energía que necesitan para vivir y multiplicarse por oxidación del óxido ferroso disuelto. 

Fig. 1. Oxidación del hierro II

Oxidación del hierro (II) a hierro (III) y formación de óxido de hierro (III), Fe2O3, que en realidad se forma el compuesto n-hidratado, es decir, precipita con cierta cantidad no homogénea de moléculas de agua y su fórmula se representa como Fe2O3·nH2O. El óxido de hierro (III) es un compuesto insoluble y precipita en forma de herrumbre sobre la superficie del metal.

Fig. 2. Óxido férrico, una molécula insoluble en agua

Es este óxido de hierro (III) el que conocemos habitualmente como óxido y tiene color rojizo o anaranjado, el óxido de hierro que conocemos todos.

Fig. 3. Roca de hierro bandeado. Fuente

El hierro bandeado se encuentra en rocas procedentes de la oxidación del hierro presente en el océano durante un periodo geológico conocido como la Gran Oxidación. Cuando las cianobacterias produjeron un exceso de oxígeno gaseoso, hace 2400 millones de años, es decir, que el planeta tenía en ese momento una edad de 2100 millones de años, el hierro se oxidó a óxido ferroso y luego a férrico. Este hierro bandeado procedente de ese periodo forma parte de los principales yacimientos de hierro explotados actualmente. Una hipótesis sugiere que los depósitos de hierro bandeado se produjeron por la oxidación de las bacterias del hierro.

Fig. 4. Limonita, también conocida como hierro de los pantanos se forma por deposiciones de hierro originadas por el metabolismo de cierto grupo de bacterias.Es una forma muy porosa, con escasa densidad y muy ligera. Es frecuente observar a simple vista restos vegetales (de hecho está formada por multitud de hebras de raicillas).

jueves, 30 de junio de 2022

Los siete reinos de los seres vivos ¿Incluimos a los virus y a las computadoras?

Los siete reinos de los seres vivos ¿Incluimos a los virus y a las computadoras?

La clasificación más reciente de los seres vivos data del 2015 y presenta 7 reinos que iré nombrando empezando por los que primero aparecierons sobre la Tierra: Archaebacteria, Eubacteria, Protozoa, Chromista como grupos unicelulares. Dentro de los pluricelulares tenemos tres grupos Fungi, Animalia y Plantae. En la figura 1 estos 7 reinos están en negrilla


Fig. 1. Clasificación de la vida. La línea de tiempo va desde la izquierda a la derecha, siendo la izquierda hace 4500 millones de años y la derecha el momento actual. Las interacciones competitivas tienen lugar al comienzo de los tiempos. Cuando coexisten virus y bacterias las relaciones parasíticas fueron un autentico motor de evolución. Durante la aparición de la célula eucariota las relaciones simbióticas cobraron gran relevancia. La aparición de los organismos pluricelulares, como hongos, animales y plantas implicaron el desarrollos de una nueva estrategia que se basó en alienar células idénticas para que trabajasen en beneficio de las únicas células con la posibilidad de vivir: las células sexuales. Autor: Esteban Fernández 

Más abajo podéis leer sobre los cromista, que es un reino creado en 1998 y que agrupa a las algas unicelulares. De los otros seis reinos contamos con innumerables ejemplos con los que estamos familiarizados. En la figura 1 he querido incluir a los organismos sin una membrana celular, los virus, a los que considero organismos vivos como ya he argumentado en este blog. 

He introducido a los robots, computadores, inteligencias artificiales, como entidades vivas que no dependen de una código basado en ácidos nucleicos sino en un código binario basado en apagados, los ceros, y encendidos, los unos. 

¿Cómo interpretamos esta clasificación de la vida?

Hace 4500 millones de años, cuando aparecen los primeros ribozimas, la competencia era, presumiblemente, la relación entre individuos más importante. La competencia por dejar más descendencia en esa sopa de moléculas que era la Tierra por aquel entonces. Cuando aparecieron las primeras células, las arqueobacterias, los virus comenzaron a parasitarlas. El parasitismo se unió a la competencia como un mecanismo de relación de los virus con las células, de los virus respecto a otros virus y de las bacterias frente a otras bacterias. En el próximo capítulo veremos como la bacteria X (se llama así, no es broma) cuando se cultiva con amebas acaba viviendo en el interior de estos protozoos y si se eliminan con un antibiótico la ameba se muere, probando de esta manera que han llegado a establecer una relación de dependencia mutua. La simbiosis es un tipo de relación entre individuos de distintas especies. Es una relación complicada como veremos. Vamos a ver brevemente el caso de los líquenes como un ejemplo de simbiosis. 

Los líquenes son una cooperativa de hongo, algas y recientemente se ha descubierto que también de bacterias. Los hongos construyen la casa y las algas viven dentro como si fuesen la mortadela de un bocadillo. Muchos amantes del altruísmo han visto en esta asociación la prueba que valida al altruísmo como un motor de la evolución (Kropotkin, Margulis...). Pero ¿Qué hay detrás de esta imagen bucólica de comuna hippy?

Un grupo de investigadores españoles y alemanes han publicado un artículo muy interesante sobre el líquen Cetraria aculeata. Este líquen puede vivir en sitios muy muy distintos tales como las costas del Mediterraneo, las llanuras heladas de la Antártida, regiones áridas del Asia Central o la Patagonia. La mayor parte de los organismos que viven en la Antártida son incapaces de vivir en sitios calidos y soleados como el Mediterraneo.

Esta capacidad sorprendente de adaptación se debe a la habilidad del líquen para secuestrar o para reclutar a nuevos simbiontes que les permitan vivir en los nuevos hábitats. Muchos líquenes son capaces de crear estructuras para mantener distintas cianobacterias aisladas porque quizás juntas no se lleven bien. Para ello crean unas estructuras llamadas cefalodios. En este sentido el líquen más que funcionar como una comuna funcionaría como una pensión en donde cada huesped tendría su propia habitación. Estos investigadores descubrieron que C. aculeata cambia de simbiontes según el área geográfica en donde viva. No hay fidelidad sino puras relaciones de conveniencia.

La habilidad de los líquenes para eliminar bacterias simbióticas como compañeras de viaje e incorporar a otras bacterias recuerda la habilidad del Mr Potato para cambiar de piezas. Esto le permite al líquen conquistar ambientes muy distintos. Este tipo de interacciones ha animado a algunos investigadores a crear una nueva teoría sintética: la Teoría Hologenómica de la Evolución.

Finalmente, llegamos a la cuarta forma de interacción que denomino "estupidizar" que consiste en que una célula crea copias de si misma y hace que esas copias trabajen para el beneficio de unas pocas. Este es el caso de los humanos, como veremos más adelante. Y por último... tenemos la suerte de que en nuestra generación hemos sido testigos de la aparición de la inteligencia artificial. ¿Podrá ser considerada un organismo vivo?

¿Existen bacterias que parasiten a otras bacterias? La teoría endosimbiótica de Mereschkowski

La mitocondria surgió como orgánulo hace 2000 millones de años (pensemos que la Tierra surge hace 4540 millones de años). Poco es lo que sabemos sobre la conversión de una bacteria de vida libre a un simple orgánulo celular de una célula mayor: la célula eucariota que es la célula de los animales, las plantas y los hongos.

Un trabajo publicado por Martín Wu, biólogo de la Universidad de Virginia, plantea el siguiente escenario: las mitocondrias fueron bacterias parásitas y sólo se convirtieron en organismos simbióticos y por tanto beneficiosos cuando cambiaron de "chupar" el ATP a producirlo para el consorcio simbiótico. Es decir, las bacterias Gram negativas que luego dieron lugar a las mitocondrias hacían en un origen exactamente lo contrario que hacen las mitocondrias hoy en día.

La teoría endosimbiótica explica la aparición de la célula eucariota, es decir, con el material hereditario dentro de un núcleo. 


Fig. 2. Teoría endosimbiótica. Modificado de un dibujo original de lynn Margulis

La "teoría endosimbiótica" ya había sido propuesta por Konstantin Mereschkowski. La hipótesis de que el cloroplasto de los vegetales procede de la unión de una bacteria se remonta a 1883 (Schimper). Y respecto a las mitocondrias, uno de sus descubridores (Richard Altmann) ya las consideraba por esas fechas estructuras autónomas con vida propia, microorganismos. Por desgracia, la parte de la "teoría endosimbiótica" que es más original de Margulis es precisamente la más endeble y controvertida, mientras que las hipótesis pre-margulianas del origen bacteriano de la mitocondria y el cloroplasto están abrumadoramente probadas y se consideran hoy en día hechos científicos.

Los protozoos son el producto de una simbiosis de una arqueobacteria y una bacteria Gram -

Los protozoos son un grupo de organismos eucariotas unicelulares que, generalmente son heterótrofos y se alimentan de otros seres vivos mediante un proceso de fagocitosis. Todos los protozoos están formados por una única célula. A excepción del grupo de las Euglenas, que realizan la fotosíntesis en distintos hábitats de agua dulce, prácticamente todos los protozoos son heterótrofos. Es decir, por regla general, los protozoos obtienen la materia y la energía que necesitan para vivir de la degradación de la materia orgánica, como los animales y los hongos. Se alimentan por fagocitosis, normalmente se alimentan de otros organismos unicelulares, especialmente bacterias, cromistas e incluso otros protozoos. 

El metabolismo de los protozoos es exclusivamente aerobio. A excepción de dos grupos (Metamonada y Archamoebae), que son anaerobios (no toleran el oxígeno), la mayoría de protozoos realizan la respiración aerobia, es decir, requieren de oxígeno para llevar a cabo sus reacciones metabólicas de obtención de energía. No tienen una cobertura celular rígida.  A diferencia de los cromistas, que tienen una cobertura rígida los protozoos están desnudos. Gracias a que están "desnudos" pueden realizar la fagocitosis.

Los protozoos también pueden comportarse como patógenos. De hecho, hay importantes parásitos para el ser humano que son protozoos, como por ejemplo Naegleria fowleri, conocida como la ameba comecerebros, Plasmodium, que se alimenta de los glóbulos rojos humanos que causa la malaria, Leishmania, Giardia, Trypanosoma cruzi que causa el mal de Chagas. Los protozoos como reino surge hace 2.500 millones de años. Los protozoos fueron los primeros organismos eucariotas de la Tierra. 

Aparecieron hace entre 2.500 y 2.300 millones de años, una época en la que se estaba produciendo la Gran Oxidación, es decir, la oxigenación de la atmósfera terrestre gracias a la acción de las cianobacterias. Por lo tanto, todos los otros organismos eucariotas tienen su origen en estos protozoos. 

No forman colonias. A diferencia de los cromistas, que, como las algas, pueden formar agregaciones de células hasta dar lugar a cuerpos visibles a simple vista, los protozoos nunca forman colonias. Siempre viven de forma individual y, pese a que pueden formar comunidades, nunca llegan a agregarse en cuerpos que simulan a un organismo pluricelular. 

A pesar de que el sexo tal y como lo conocemos fue inventado por los protozoos, la mayoría se reproducen de forma asexual. Es decir, la célula replica su material genético y simplemente se divide en dos aunque también puede hacerlo por gemación, generando así dos clones. La reproducción sexual por fusión de gametos es poco frecuente, pero hay especies que la realizan. Se puede decir por tanto que los protozoos desarrollaron el sexo tal y como lo conocemos los humanos. En estas páginas ya me he referido que de cierta manera, la parte viva de los humanos, es decir, nuestras células sexuales siguen siendo protozoos. Somos protozoos con una dotación cromosómica haploide que viven en un ambiente pluricelular que somos nosotros

Los protozoos son capaces de moverse activamente. Según la Teoría Endosimbiótica Seriada, tal como la proponía Lynn Margulis, los protozoos son eucariotas que proceden de una endosimbiosis adicional con una bacteria Gram negativa similar a las espiroquetas. Al no haber ADN extracromosómico en los protozoos relacionado con estas posibles espiroquetas esta hipótesis no ha sido probada. El movimiento de los protozoos puede ser por flagelos, cilios, o movimimientos ameboides. 

El otro gran grupo de eucariotas unicelulares es el de los cromistas

Los cromistas proceden de los protozoos y las cianobacterias y dan origen a las plantas

Los cromistas constituyen un grupo de organismos unicelulares que surgen a partir de los protozoos a resultas de un evento endosimbiótico entre ese protozoo ancestral y una cianobacteria hace aproximadamente 1.700 millones de años. Se estima que los primeros cromistas fueron algas verdes y rojas (las responsables de las mareas rojas) que surgieron hace entre 1.700 y 1.500 millones de años. Por ese motivo, como grupo tienen tendencia clara a la fotosíntesis, aunque hay especies heterótrofas e incluso parasitarias, que cuentan con un exoesqueleto y que suelen encontrarse en ecosistemas acuáticos.

Fig. 2. Microalga. Autor Esteban Fernández

Debido a su enorme diversidad como grupo, es difícil establecer unas características comunes a todos los cromistas

Fig. 3. Microalga. Autor Esteban Fernández
 
Los cromistas son unicelulares y también pueden formar colonias. De ahí que las algas tengan tamaños macroscópicos. Y es que distintos cromistas pueden agregarse para formar estructuras visibles a simple vista. Pero como no hay especialización en tejidos, no se trata de un organismo pluricelular. Pese a estar unidas, cada célula es independiente. La mayoría de las especies de cromistas son fotosínteticas. Sus células disponen de las enzimas y pigmentos necesarios para, por una parte, convertir la energía lumínica en energía química y, por otro lado, consumir este combustible para sintetizar materia orgánica a partir de la captación del dióxido de carbono.

Una de las principales características de los cromistas ya que es compartida por todas las especies de este grupo, es la presencia de una cubierta rígida, una especie de exoesqueleto que puede adquirir formas y tamaños muy variados que hace que, bajo el microscopio, resulten asombrosos. Esta armadura les ofrece tanto rigidez como protección. Además, al igual que las plantas, que tienen en los cromistas a sus antepasados, tienen pared celular por en el exterior de la membrana plasmática y por debajo del exoesqueleto. Esta pared celular es rica en celulosa y les otorga, además de rigidez, la posibilidad de comunicarse con el exterior. Por tanto, las plantas proceden de los cromistas. De las algas que vivían a las orillas de los lagos, hace 540 millones de año

Aunque los cromistas son precursores de las plantas, como células unicelulares disponen de sistemas de movilidad. Poseen flagelos o cilios que se prolongan a través del exoesqueleto y que les permiten moverse. ¿Puede que esta movilidad sea resultado de otro evento simbiótico con una bacteria Gram negativa móvil como puede ser una especie de espiroqueta?  Esta era una de las hipótesis de trabajo de Lynn Margulis que no ha sido todavía demostrada.

 Al igual que las arqueobacterias no existe ninguna especie de cromista patógena para el ser humano si exceptuamos las intoxicaciones alimentarias por toxinas producidas por estas algas. Los afloramientos de algas tóxicas pueden ser perjudiciales para los asentamientos humanos, como ocurrió con los antiguos Mayas y provocar una catástrofe ecológica.

La reproducción es muy diversa entre los cromistas. La mayoría optan por la reproducción asexual, que permite generar muchos invididuos, aunque algunas especies de cromistas, además de esta vía asexual, pueden optar por la reproducción sexual, generando gametos.

Bibliografía


«Mereschkowski (Merezhkowsky), Konstantin Sergejewicz (Constantin) (1854-1921)». JSTOR Global Plants. Consultado el 3 de enero de 2021.

The Endosymbiotic Hypothesis - A Biological Experience - History». Universidad de Colorado en Denver (en inglés). 15 de noviembre de 2012. Consultado el 6 de enero de 2021.

The evolutionary history of symbiotic associations among bacteria and their animal hosts: a model
Margulis, L. (2002). Planeta Simbiótico. Un nuevo punto de vista sobre evolución. España: A&M Grafics.