domingo, 11 de noviembre de 2012

Galaxy

https://main.g2.bx.psu.edu/

Vamos a trabajar con un gen bacteriano. El gen que codifica para la subunidad GyrA de la proteína gyrasa de Streptococcus pneumoniae.



La secuenciación de este gen se publicó en el siguiente artículo, del que soy coautor. Para acceder a la secuencia de este gen podemos estar en la base de datos Genbank y se accede con este identificador: AF053121.

Aquí podemos ver la secuencia de aminoácidos que codifica este gen:


MQDKNLVNVNLTKEMKASFIDYAMSVIVARALPDVRDGLKPVHRRILYGMNELGVTPDKP
HKKSARITGDVMGKYHPHGDSSIYEAMVRMAQWWSYRYMLVDGHGNFGSMDGDSAAAQRY
TEARMSKIALEMLRDINKNTVDFVDNYDANEREPLVLPARFPNLLVNGATGIAVGMATNI
PPHNLGETIDAVKLVMDNPEVTTKDLMEVLPGPDFPTGALVMGKSGIHKAYETGKGSIVL
RSRTEIETTKTGRERIVVTEFPYMVNKTKVHEHIVRLVQEKRIEGITAVRDESNREGVRF
VIEVKRDASANVILNNLFKMTQMQTNFGFNMLAIQNGIPKILSLRQILDAYIEHQKEVVV
RRTRFDKEKAEARAHILEGLLIALDHIDEVIRIIRASETDAEAQAELMSKFKLSERQSQA
ILDMRLRRLTGLERDKIQSEYDDLLALIADLADILAKPERVSQIIKDELDEVKRKFSDKR
RTELMVGQVLSLEDEDLIEESDVLITLSNRGYIKRLDQDEFTAQKRGGRGVQGTGVEDDD
FVRELVSTSTHDHLLFFTNKGRVYRLKGYEIPEYGRTAKGLPVVNLLKLDEDESIQTVIN
VESDRSDDAYLFFTTRHVLLKRTSVKEFANIRQNGLKALNLKDEDELINVLLAEGDMDII
IGTKFGYAVRFNQSAVRGMSRIATGVKGVNLREGDTVVGASLITDQDEVLIITEKGYGKR
TVATEYPTKGRGGKGMQTAKITEKNGLLAGLMTVQGDEDLMIITDTGVMIRTNLANISQT
GRATMGVKVMRLDQDAQIVTFTTVAVAEKEEVGTENETEGEA

y también la secuencia nucleotídica:

 1   ttttaaaaaa  ctttgtcacg  aatatgcctt  atagttctcg  atgtaaacgt  tttagtggtt

  61   tagaggctga  aatagacggg  aatttatggt  ataatgttgt  tacttactaa  ttgtgaaatg

 121   aggcatttat  taatgcagga  taaaaattta  gtgaatgtca  atctgacaaa  ggagatgaag

 181   gcaagtttta  tcgactacgc  catgagtgtt  atcgtagcgc  gagctcttcc  tgatgttcga

 241   gatggcttaa  aacctgttca  ccgtcgcatt  ctctacggaa  tgaatgaatt  gggtgtgacc

 301   ccagacaaac  cccataaaaa  atctgctcgt  attacagggg  atgtcatggg  taaataccac

 361   ccacacgggg  attcctctat  ttatgaagcc  atggtccgta  tggctcaatg  gtggagctac

 421   cgttacatgc  ttgtagatgg  tcatgggaat  tttggttcca  tggatggaga  tagtgctgcc

 481   gctcaacgtt  ataccgaggc  acgtatgagc  aagattgctc  tggaaatgct  tcgtgatatc

 541   aacaaaaata  cagttgattt  cgttgataac  tatgatgcca  atgaacggga  acccttggtc

 601   ttgccagcgc  gttttccaaa  ccttttggtt  aatggagcaa  ctggtatcgc  ggttgggatg

 661   gcaaccaata  ttccacctca  taatctgggt  gaaaccattg  atgcagtgaa  gttggtcatg

 721   gataatcctg  aagtgactac  caaggacttg  atggaagtct  tgcctggacc  agattttcca

 781   actggtgctc  ttgtcatggg  gaaatcaggt  atccataagg  cttatgaaac  aggtaaaggt

 841   tcgattgtcc  tacgttctcg  tacagagatt  gaaacgacta  agactggtcg  tgagcgtatc

 901   gttgtaacag  aatttcctta  catggtcaat  aaaaccaagg  tgcatgagca  tattgttcgc

 961   ttggttcagg  aaaaacgcat  tgagggtatc  acagcagtac  gtgatgagtc  aaaccgtgaa

1021   ggtgttcgat  ttgttattga  agtcaagcgc  gacgcctcag  ccaatgttat  tctcaataac

1081   ctcttcaaaa  tgacccaaat  gcaaaccaat  tttggtttca  atatgctcgc  tatccaaaat

1141   ggtataccga  aaattttgtc  tcttcgtcag  attttggatg  cttatattga  gcaccaaaaa

1201   gaagtggttg  ttcgtcgtac  acgttttgat  aaggaaaaag  cggaagcgcg  cgctcatatc

1261   ttagaaggtc  tcttgattgc  gctagaccat  atcgacgaag  tgattcgtat  catccgtgct

1321   agtgaaacgg  atgcggaagc  tcaagctgag  ttgatgagca  agtttaagct  ttctgaacgt

1381   caaagtcaag  ctatccttga  tatgcgtctt  cgccgtttga  caggtttgga  acgcgataag

1441   attcaatctg  agtatgatga  cctcttggct  ctgattgcgg  atttagcaga  tattcttgct

1501   aagcctgaac  gtgtttctca  aattatcaaa  gacgaattgg  atgaagttaa  acgtaaattt

1561   tctgataaac  gccgtacaga  gttgatggtt  ggacaggtct  tgagtctcga  ggatgaggac

1621   ttgattgaag  aatcggatgt  cttgattacc  ctttctaaca  gaggctacat  taagcgtttg

1681   gatcaggacg  agttcactgc  tcaaaaacgt  gggggtcgtg  gtgtccaagg  aacgggagta

1741   gaagatgatg  actttgttcg  tgagttagtg  tcaactagta  cccatgatca  tctgctcttc

1801   ttcacaaaca  agggacgtgt  ctatcgtctt  aaaggttatg  aaattcctga  gtatggtcgg

1861   actgccaaag  ggctaccagt  agtcaatctc  ttgaaattgg  atgaagacga  aagtattcag

1921   acggttatca  atgttgagtc  tgatcgcagt  gatgatgctt  atctcttctt  tacaacccgt

1981   cacgtattgt  tgaagagaac  cagtgttaag  gagtttgcca  atattcgtca  aaatggtctc

2041   aaagcgctga  atttaaagga  tgaagatgag  ttaatcaatg  tcttgttggc  agaaggagat

2101   atggatatta  tcattggtac  caagtttggt  tatgcagttc  gctttaatca  atcagccgtt

2161   cgtggtatga  gccgtatcgc  cactggtgtg  aaaggtgtta  accttcgtga  aggagacaca

2221   gttgttggtg  ccagcttgat  tactgatcaa  gatgaggttc  ttattatcac  agaaaaagga

2281   tatggtaagc  gtacagtcgc  tactgaatac  ccaacaaaag  gtcgtggtgg  taagggaatg

2341   cagacagcta  aaattaccga  aaaaaatggc  ttgctggccg  gtcttatgac  tgttcaaggg

2401   gatgaggatt  tgatgattat  cactgataca  ggtgtcatga  ttcgaaccaa  tcttgccaat

2461   atttcacaaa  caggacgtgc  aactatggga  gttaaagtaa  tgcgcctgga  tcaagatgct

2521   cagatagtga  ctttcacaac  ggttgcggtg  gcagaaaaag  aagaagttgg  gacagaaaac

2581   gaaacagaag  gtgaagcata  atgtctcaaa  aaaataataa  aaagaaaaac  aagcgaaaaa

2641   atctgctgac  aaatatccta  gcaggatttc  tgatattact  gtcac  

La proteína que codifica este gen es la GyrA, una subunidad de la enzima gyrasa. Esta enzima lo que hace es enrrollar el ADN cuando este está relajado.




No hay comentarios:

Publicar un comentario

Cada vez que lees un artículo y no dejas un comentario, alguien mata a un gatito en alguna parte del mundo...