Limonita, también conocida como hierro de los pantanos se forma por deposiciones de hierro originadas por el metabolismo de cierto grupo de bacterias.Es una forma muy porosa, con escasa densidad y muy ligera. Es frecuente observar a simple vista restos vegetales (de hecho está formada por multitud de hebras de raicillas).
La respiración anaeróbica es un proceso biológico de oxidorreducción de monosacáridos y otros compuestos en el que el aceptor terminal de electrones es una molécula inorgánica distinta del oxígeno. El ion férrico (Fe3+) puede ser utilizado por varias bacterias como aceptor de electrones, reduciéndolo a ion ferroso (Fe2+) como por ejemplo las bacterias de los géneros Shewanella, Geobacter, Geospirillum y Geovibrio. El ion férrico se halla en el suelo y las rocas, muchas veces formando hidróxido férrico (Fe(OH)3) insoluble; en condiciones anaeróbicas, estas bacterias pueden reducirlo al estado ferroso. El ion ferrosos es mucho más soluble que el férrico, con lo cual el hierro se moviliza, siendo este un primer paso importante en la formación de un tipo de depósito mineral llamado hierro de los pantanos. Estos depósitos se localizan en la zona de drenaje del pantano. Allí se encontraban estas bacterias oxidadoras del ion férrico, adheridas al suelo, aprovechando las corrientes de agua ricas en hierro. Las bacterias iban formando capas ricas en hierro que con el paso de los años iban dando extractos ricos en hierro que han sido exhaustivamente explotados en Europa desde muy antiguo pues las distintas culturas pronto se dieron cuenta de estos yacimientos ricos en hierro, accesibles y de gran pureza.
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