Hoy voy a explicar un artículo científico

Hoy voy a explicar un artículo científico

International Journal of Antimicrobial Agents. Vol. 41, (1) , Pages 11-19, 2013
Global evolution of multidrug-resistant Acinetobacter baumannii clonal lineages
Raffaele Zarrilliemail address, Spyros Pournaras, Maria Giannouli, Athanassios Tsakris

Este artículo corrige lo que ayer dije sobre la sobreproducción de artículos sobre resistencia a antibióticos en Acinetobacter baumannii (Ab)que no dejan de ser trabajos descriptivos bastante repetitivos y similares entre si. Este artículo da una visión global al asunto. Vamos allá.

El artículo comienza hablando de los trabajos existentes que caracterizan los distintos clones existentes de Ab. Los primeros trabajos que cita son aquellos que se han hecho utilizando las técnicas más baratas y habituales que lo que hacen es obtener un "código de barras" de ADN de las bacterias bien extrayendo el ADN y cortándolo con una enzima de restricción lo que nos da un patrón de bandas en un gel de agarosa o bien amplificando mediante PCR regiones del ADN que se encuentran repetidas por todo el cromosoma. L

Y empieza a enumerar los datos disponibles de la técnica de secuenciación WGS que son las siglas en ingléas para la secuenciación completa del genoma. Aquí los datos son más concluyentes porque lo sabemos TODO del genoma de la bacteria. Las conclusiones son apabullantes: Ab es capaz de volverse resistente a la Tigeciclina después de una sola semana de tratamiento. En un estudio con varias cepas de un hospital vieron que entre ellas habían intercambiado el 20% de su genoma. EL 20%!!!. La conclusión de los autores es que la técnica WGS se va a convertir en la técnica estandar para estudios de epidemiología.

Epidemiología global de los linajes clonales de Ab:

Vamos a explicar esta gráfica tan complicada. Tanto A como B son dos gráficas, dos instantáneas de las distintas poblaciones de Acinetobacter baumannii tanto si sus secuencias (los puntos) están unidas por parentesco (las líneas entre puntos) o no. Si las secuencias emparentadas forman un grupo (lo que vendría a ser un complejo clonal epidémico) entonces están rodeadas por un círculo. Hemos dicho que cada punto forma una secuencia tipo (ST) pues los puntos rojos son, además de secuencias tipo, secuencias epidémicas y el tamaño del punto da noticia del tamaño del número de aislados. La gráfica A se elaboró a partir de 287 STs de la PubMLST y la B de 176 STs de la Pasteur´s MLST Database. MLST son las siglas en inglés para "multilocus sequence typing". El algoritmo que se utilizó para hallar este parentesco se llama eBURST. Lo que hace es identificar grupos distintos de genotipos (recordad que el típico MLST son las secuencias de siete genes de manteniento típicos) y agrupándolos según similitud.

Ahora recordad mi entrada sobre la venganza de Moctezuma. Aparecía esta gráfica. Esta gráfica muestra cómo cada genotipo, es decir una bacteria porque una bacteria determinada tiene un genotipo determinado, tiende a mejorar su fitness, es decir su capacidad reproductiva, hasta alcanzar un máximo. Cada pico es la adaptación de un genotipo determinado a un ambiente determinado. ¿No os recuerda a los gráficos que hemos visto arriba?. Los gráficos de arriba serían un paisaje de montañas visto desde arriba y el gráfico de fitness adaptativas sería el perfil de las montañas, como cuando vemos el Tour de Francia. Dos gráficas distintas pero que nos hablan de lo mismo. En las gráficas de eBURST vemos que la cepa que origina un brote con muchos individuos afectados está en el centro del complejo clonal epidémico, es el clon que más pacientes ha contaminado. Suponemos que es la bacteria que en un ambiente hospitalario es capaz, no ya de reproducirse más, sino de infectar más. Suponemos que si infecta más es porque se reproduce más (esto es una licencia para poder hacer el paralelismo).

Paisaje de fitness adaptativas