lunes, 29 de septiembre de 2014

Una nueva clase de antibióticos

http://www.bbc.com/news/health-29306807

Sinceramente creo que estamos delante de un caso de mala divulgación científica. No se trata de una nueva clase de antibióticos. El artículo científico en el que se basa este artículo periodístico es un buen trabajo, pero sus conclusiones son muy muy pero que muy ambiciosas. El sistema que han probado sólo disminuye tres logaritmos "in vitro" la concentración de bacterias. ¿Se le puede llamar a eso antibiótico? bueno... matar las mata, pero no con la eficiencia de un antibiótico normal. Además, un fago lítico tiene la misma efectividad y no hace falta más que purificarlo.

He leído el artículo original y cuando el autor hace un ensayo "in vivo" inyectando E. coli EHEC enterotoxigénica en unos gusanos (G. mellonella) puede ver que con el tratamiento basado en el sistema CRISPR-Cas (curva correspondiente a fRGNeae) obtiene una más que discreta disminución de la mortalidad de las larvas por la bacteria. Bacteria que es resistente al cloramfenicol por eso el tratamiento con este antibiótico no le afecta, pero E. coli EHEC si es sensible a la carbanicilina. Si os fijáis en la curva veréis que sobreviven todas los gusanos. ESTO ES COMO FUNCIONA UN ANTIBIÓTICO. Detalle importante, esta figura no viene en el artículo, hay que ir a buscarla a materiales suplementarios. Por lo menos ha tenido la deferencia de hacer el ensayo. Conclusión: un buen trabajo, publicado en Nature Biotechnology, pero va a ser que se quedará en un excelente trabajo de laboratorio sin ninguna utilidad para la clínica.


28 de septiembre: Día de la Rabia

viernes, 26 de septiembre de 2014

En mi opinión Santiago F. Elena es el mejor microbiólogo de España

Santiago F. Elena, investigador del Instituto de Biología Molecular y Celular de Plantas (UPV-CSIC), 
Os dejo este fantástico artículo de Carl Zimmer sobre el trabajo de Santiago F. Elena. Santiago ha trabajado con Richard Lenski en evolución bacteriana aunque mayormente ha trabajado en evolución de virus. Las conclusiones de Santiago en este trabajo publicado en Annual Reviews of Microbiology, muestran cómo los viriones podrían haber sido perfectamente las primeras entidades biológicas en un mundo primigenio en donde la única molécula autorreplicante fuese el ARN.

http://www.nytimes.com/2014/09/25/science/a-tiny-emissary-from-the-ancient-past.html?smid=tw-share&_r=0

En los próximos días traduciré este artículo para aquellos que no lean inglés

12 despilfarros más importantes que mantener el presupuesto de ciencia (en España)

En 2013 el director científico de la Ciudad de las Artes y las Ciencias, Manuel Toharia, se pronuncio sobre las huelgas convocadas por la comunidad científica; "En España sobran científicos y faltan fontaneros". Este señor tiene su despacho en un complejo que ha costado 1102 millones de euros. ¿No será que lo que sobran son políticos que derrochan el dinero público en obras faraónicas con evidente sobrecoste y estómagos agradecidos que hacen de palmeros riéndole las gracias a esos mismos políticos?

Tener científicos con contratos temporales por obra y servicio es normal. Despedir científicos ha sido una necesidad en tiempos de crisis. ¿Y la responsabilidad por este derroche?


1. Centro de Creación de las Artes de Alcorcón (CREAA). 90 millones de euros hasta la fecha. Sin terminar y paralizado.
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© Luis Sevillano
2. Setas de la Encarnación de Sevilla. 102 millones de euros.
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© Ángeles Lucas
3. Tranvía de Parla. 255 millones de euros, 134 por la obra y todo lo demás por los intereses.
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© Paula Villar
4. Aeropuerto de Castellón. 170 millones de euros. Por estrenar.
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© Ángel Sánchez
5. Caja Mágica de Madrid. 300 millones de euros.
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© Claudio Álvarez
6. Ciudad de la Cultura de Galicia. Más de 300 millones de euros. Finalizado sin terminar el proyecto original.
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© Andrés Fraga
7. Palacio de Congresos Ciudad de Oviedo. Algo más de 360 millones de euros.
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© G. Azumendi
8. Terra Mítica. 400 millones de euros. Vendido por 65.
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© EFE
9. Reforma del Palacio de Cibeles, nueva sede del Ayuntamiento de Madrid.500 millones.
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© Álvaro García
10. Aeropuerto de Ciudad Real. 1.000 millones de euros. En venta.
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© Luis Sevillano
11. Ciudad de las Artes y las Ciencias de Valencia. 1.102 millones de euros. 20 veces el coste de enviar una sonda a Marte.
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12.- Puente de Talavera de la Reina. 90 millones. Un puente a ninguna parte. Sin inaugurar. 

El fundador de Invitrogen es de origen gallego

Joe Fernández en 1987, con 27 años, co-fundó Invitrogen, una compañía que producía kits de clonación molecular y solo tres años después ya le había hecho millonario. Aunque ahora vive en California, es de origen gallego y cuenta que el día de acción de gracias combina el pavo con la queimada. Hoy hablara en la feria Biospain en Santiago

http://asebio.5avd.tv/live/?channel=1

jueves, 25 de septiembre de 2014

Espectrofotometía

La concentración de DNA se puede estimar utilizando un espectrofotómetro de
luz ultravioleta (UV)a una longitud de onda de 260 nm, debido a que las bases púricas y pirimidínicas del ADN tienen la propiedadde absorber la luz UV a esta longitud de onda. Es importante tener en cuenta que, dado el emparejamiento desus bases (puentes de hidrógeno), el ADN bicatenario absorbe menos que el monocatenario. Una unidad dedensidad óptica (DO) a 260 nm equivale a 50 μg/ml de ADN de doble cadena, a 40 μg/ml de ARN y ADN decadena simple, y a 33 μg de oligonucleótidos.

La determinación de la pureza de ADN se establece mediante la lectura de las absorbancias a 260,280 y 230 nm. En las preparaciones de ácidos nucléicos, son frecuentes las impurezas de naturaleza proteica.Dado que los aminoácidos aromáticos (Phe, Tyr, Trp) absorben luz UV, la presencia de proteínas lleva asobreestimaciones de la concentración de ácidos nucléicos. La concentración de proteína puede ser evaluada a una absorbancia de 280 nm, por lo que es posible estimar el grado de impurezas de origen proteico a partir del cociente A260/A280. La presencia de proteínas en la muestra hará que el cociente A260 nm/A280 sea menor que el esperado para ácidos nucléicos puros.


Una muestra pura debe presentar un radio de absorbancia a 260/280 nm que exceda el valor de 1.75 para propósitos analíticos (para ADN de doble hebra en soluciones de alta pureza se espera A260/A280 ≥ 1.8). Si la muestra es impura deberán repetirse extracciones con fenol para eliminar impurezas.

El Nanodrop es un espectrofotómetro habitual en los laboratorios que trastean con ADN

miércoles, 24 de septiembre de 2014

Pintar los huevos con bacterias


 Las abubillas recubren sus huevos con una grasa que ellas mismas segregan, cargada de bacterias mutualistas, y que protege a los embriones de infecciones por patógenos. Este comportamiento, que sólo se ha encontrado en esta especie, también favorece la eclosión de los huevos.
   En un experimento, publicado en la revista 'Journal of Animal Ecology', científicos de la Universidad de Granada (UGR) y del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), impidieron a varias hembras de abubilla impregnar sus huevos con esta sustancia, que ellas mismas cultivan en el interior de una glándula denominada uropigial.
   Comprobaron así que la cantidad de bacterias patógenas que se encontraba en el interior de los huevos que fracasaron en la eclosión, fue mayor en aquellos nidos en los que experimentalmente habían impedido a las hembras usar su secreción, informa en un comunicado la Universidad de Granada.
   En este proceso, los científicos comprobaron también que la secreción de las aves produce enterococos, bacterias que producen bacteriocinas (pequeñas proteínas antimicrobianas), que resultan beneficiosas para los embriones en desarrollo.
   Como explica uno de los autores de este estudio, el profesor de Zoología de la UGR Manuel Martín-Vivaldi, en los últimos años se ha puesto de manifiesto en el campo de la ecología evolutiva "el importante papel que cumplen las bacterias, no sólo como agentes infecciosos capaces de producir enfermedades, sino como aliados de los animales y otros seres vivos en su lucha frente a las enfermedades, por su extraordinaria capacidad de sintetizar compuestos con propiedades antimicrobianas".
   En el caso de la glándula uropigial de la abubilla, los científicos han comprobado que la composición de la secreción que genera es muy diferente de la de las otras aves y, en gran medida, es debido a la acción de las bacterias que viven en su glándula.
   En este trabajo, también han descubierto que las abubillas han desarrollado en sus huevos un rasgo excepcional (hasta ahora no encontrado en ninguna otra especie de ave) consistente en la presencia en su superficie de innumerables pequeñas depresiones que no atraviesan la cáscara por completo, y que parecen servir específicamente para retener la secreción con bacterias recubriendo el huevo.

BACTERIAS EN LA CÁSCARA

   "Con el experimento hemos comprobado que, si las hembras pueden usar su secreción, al final de la incubación esos cráteres se encuentran rellenos de una sustancia en la que se pueden apreciar bacterias embebidas, mientras que si impedimos el uso de la secreción, los cráteres terminan la incubación vacíos", ha destacado Martín-Vivaldi.
   Todos estos resultados muestran que, en esta especie de ave, "la estrategia reproductora ha evolucionado estrechamente ligada al uso de bacterias que pueden resultarle beneficiosas por la producción de sustancias antimicrobianas, y que cultivan en su glándula y aplican sobre huevos especialmente preparados para retenerlas".
   Actualmente, los científicos trabajan para determinar la composición completa de la comunidad de bacterias que vive en la glándula, el modo de adquisición de esos simbiontes y los tipos de compuestos antimicrobianos que sintetizan estas bacterias capaces de proteger a los embriones en desarrollo.
   Los avances en esta línea permitirán entender mejor la manera en la que funcionan las interacciones mutualistas entre animales y bacterias beneficiosas, y también detectar nuevas sustancias antimicrobianas potencialmente utilizables en medicina o para la conservación de alimentos.



En inglés:


It’s spring. A female hoopoe—a bird that looks like a pickaxe painted in a tiger’s colours—lays her eggs in a hole within a tree. The eggs come out milky blue, but they soon change colour to a mucky brown. That’s not just because the nests are dirty, as Wikipedia currently claims. It’s also because of a liquid that the female produces.
Look under the tail feathers of any bird and you’ll find the uropygial gland, or preen gland. It secretes oils and waxes that birds use to clean and waterproof their feathers. But during breeding season, a female hoopoe’s uropygial gland becomes exceptionally large, and it makes a weird dark brown fluid that smells of rotting meat. This is the stuff that discolours the eggs.
The nature of this pungent secretion became clearer a decade ago, when scientists injected the hoopoe’s gland with antibiotics. Suddenly, it produced fluids that were similar to those made by other birds—lighter in colour, thinner in consistency, and weaker in smell. The gland turned out to be full of bacteria—mostly Enterococcus, but other species too.
Manuel Martin-Vivaldi and Juan Soler from the University of Granada have been studying the hoopoe’s bacteria for many years. They found that the microbes produce powerful antibiotics, and that hoopoes uses these chemicals to keep feather-eating bacteria from destroying its pristine plumes.
Now, they’ve found evidence that these birds use the same bacteria to protect their young before they’re even born. By filming nesting females, they confirmed that the birds actively paint their eggs with their uropygial secretions.
That’s unusual in itself: bird eggs usually have smooth shells, and preening oils wouldn’t normally stick to them. But when Martin-Vivaldi and Soler looked at freshly laid hoopoe eggs under a powerful microscope, they found a multitude of tiny pits. These are new—no one has ever seen anything like them on bird eggs before. By the time the chicks hatch, almost 90 percent of these pits have been filled with a doughy material that’s loaded with Enterococcus bacteria.
Left: Pits in a hoopoe's eggshell. Right: Close up of the pits, with bacteria lining them.
Left: Pits in a hoopoe’s eggshell. Right: Close up of the pits, with bacteria lining them.
It’s the female who fills the pits. When Martin-Vivaldi and Soler stuck catheters into the hoopoes’ uropygial glands to stop them from reaching their own secretions, the birds couldn’t fill the pits in their eggs, which ended up with fewer bacteria on their surfaces. The eggs, however, had more bacteria inside them. It seems that the microbes in the pits, and the antibiotics they produce, act as a living shield. They stop harmful bacteria from colonising the eggs, and from travelling through pores in the shell to reach the chicks inside.
How does that benefit the chicks? Here, the researchers’ results become a bit more ambiguous. They found that normally, when females had more bacteria in their glands, their eggs had more bacteria in their pits and were more likely to hatch. When the females couldn’t reach their glands, these correlations disappeared. However, the two groups of females—the normal ones and those that couldn’t reach their glands—were just as likely to raise successfully hatching eggs.
The team think that if the gland bacteria really are protecting the chicks, it might take a larger study to detect any benefits. It’s possible that these bacteria only matter depending on the levels of other disease-causing microbes in the hoopoes’ nests. It’s also possible that harmful microbes that manage to travel into the eggs doesn’t change the odds that the chicks will hatch, but affects them later in life.
For now, we know that the hoopoes are painting their eggs in bacteria. Why? That’s still not fully clear. And why are hoopoes the only birds that have these pits on their eggs? Martin-Vivaldi and Soler suspect that it’s because of their unusually dirty nests.
Hoopoe nestlings can defend themselves by squirting streams of faeces at intruders and, unlike other birds, they don’t clean their waste from their nests. Their slovenliness might save their lives but it also comes with a high risk of infection. Perhaps they have evolved to cope with this extra risk by forming partnerships with defensive microbes, and laying eggs that are full of bacterial condos.
Hoopoes might be the only birds with such structures, but they’re far from the only animals with them. Leafcutter ants keep Streptomyces bacteria in special chambers on their bodies that kill parasitic fungi. Rove beetles carry Pseudomonas bacteria that make pederin—a toxin that deters spiders and can even irritate human skin. We typically think of bacteria as ‘germs’ that cause illness. They’re just as likely to be guardians that protect us from disease.
Reference: Martin-Vivaldi, Soler, Peralta-Sanchez, Arco, Martin-Platero, Martinez-Bueno, Ruiz-Rodriguez & Valdivi. 2014. Special structures of hoopoe eggshells enhance the adhesion of symbiont-carrying uropygial secretion that increase hatching success. http://dx.doi.org/10.1111/1365-2656.1224

Task force, un concepto estraño para os países latinos.

Sí, hoy la entrada está escrita en galego:


Cando un goberno dun país con pouca tradición en investigación quere apostar pola mesma sempre comete o mesmo erro: crear una estructura administrativa que coloca no escalón máis baixo o investigador, tan baixo que normalmente nin sequera está de todo dentro da estructura. Me refiro a eses investigadores con contratos por obra e servizo moitas veces nen tan sequera con correo electrónico da institución.


Unha estructura jerárquica mantense polo algoritmo “Quen obedece non se equivoca”. Esta premisa é nociva para un bo ambente de investigación que require: liberdade, responsabilidade e creatividade. A liberdade e a creatividade é algo que nin sequera fai faia explicar, é algo intuitivo, pero ¿Responsabilidade?, pois si, o burócrata non quere responsabilidade, quere acatar órdenes que o liberen da posibilidade de equivocación. Se ademáis, a estructura jerárquica administrativa se pon a si mesma por riba no organigrama ¿Quén toma as decisións? ¿O científico reputado con capacidade de liderazgo ou o burócrata?. Obviamente o burócrata que impón o seu estilo, que obriga a que as tarefas de investigación se preguen as necesidades burocráticas. Ninguén pensa no obxetivo final, todo o mundo se adapta a cumprir cos mecanismos de control “finamente” burocráticos.


Unha das maiores contribucións da cultura anglosaxona o mundo é o “Task Force”. Este xeito de organización baseado en grupos pequenos, temporáis, ben cohesionados, dirixidos por alguén con moita experiencia que ten total liberdade e autonomía operativa é estudada por moitos pensadores como un exemplo de éxito organizativo, entre eles o psicoanalista Jaques Lacán, que alababa as suas virtudes.


Exemplos de task forces:


A Raíña de África é un bo exemplo de “task force”: un mariñeiro de auga doce bébedo e unha misioneira propoñense e consiguen afundir un barco de guerra alemán que domina un lago de África.
Bletchley Park e outro exemplo de “task force”. Os ingleses conscintes de que tiñan que descifrar a poderosa máquina de encriptado alemana Enigma durante a Segunda Guerra Mundial déronlle liberdade total os expertos para lograr o seu obxetivo. Podían contratar a quen quixeran, mesmo se fosen persoas sen coñecemento matemático, pero que fosen boas resolvendo crucigramas. En Bletchley Park non so consiguiron descifrar a máquina Enigma acelerando o fin da guerra en dous anos senon que se puxo os baseamentos para o desenrolo da informática.

Eu fun contratado do programa Isidro Parga Pondal da Xunta de Galicia e agora estou contratado polo programa Prometeo do Goberno Ecuatoriano. Os dous programas coxean nos mesmo puntos. O déficit non é o diñeiro, as instalacións ou os aparatos. O principal déficit é non poñer aos investigadores no punto central da organización. Se construen estructuras administrativas, constituídas, normalmente, por funcionarios, e os investigadores se integran nesas estructuras de xeito temporal e con contratos de obra e servicio. Por exemplo, os contratos Prometeo non contemplan vacacións, cotización para a xubilación e por suposto nen falar de seguro de desemprego. Son programas que pagan o soldo do investigador pero non proporcionan os medios económicos para que éste desenvolva a sua investigación. O investigador queda exposto a unha situación estrana e dependente de outro científico senior que o final vai ser o beneficiado real deste tipo de contratos. Para desenvolver unha investigación, alomenos no eido da biomedicina necesítanse o soldo do investigador, diñeiro para reactivos e aparatos, e ademáis un ambente propicio, permitir que o traballo do investigador sexa avaliado por pares e non por un baremos ríxido preconcebido. Unha das contradiccións neste tipo de contratos é que te animan a que pidas proxectos pero a duración dos proxectos son maiores que a do teu contrato, co cual o que acabas é conseguindo diñeiro público para un científico senior que de outro xeito non podería concurrir a esas axudas.


Cómo poderíamos facelo mellor? din os expertos que en Europa non temos un “Silicon Valley” non porque non teñamos talento ou financiación que a temos senon que falta unha auténtica cultura que propicie a aparición dunha comunidade deste tipo. A cultura é a do task force: xuntar temporalmente talento e dotarlles de autonomía operativa e deixar que sexan os expertos os que tomen as decisións. E se non entregamos productos unha patada no cu. Queremos correr o risco, non somos quen de pensar “quen obedece non se equivoca”. Estes expertos sinalan que debemos de admitir o fracaso como parte da aprendizaxe ou o que é o mesmo: non debemos de ter medo de equivocarnos e atrevernos a innovar e a crear. Polo pronto debemos de cambiar o noso xeito de tratar o capital humano, e xa despois...




La ciencia puede ser una perversión en si misma


lunes, 22 de septiembre de 2014

El trabajo os hará libres: mentiras en la carrera de biomedicina



No engañemos a los becarios y démosles a leer esto:

http://www.npr.org/blogs/health/2014/09/16/343539024/too-few-university-jobs-for-americas-young-scientists?utm_medium=RSS&utm_campaign=shotshealthnews

Uno de los comentarios en el artículo es bastante preclaro:

The middle class lifeboats are sinking too! Things are moving so quickly economically that by the time you engage in a course of study and finish 10 years later, you've invested $100K in a skill set that is obsolete. They advised us all very poorly. The people who do control these things- promised that if we gave them tax breaks and fewer regulations that they'd create jobs and instead they took their money and left for Asia. The ones that didn't leave are petitioning the US government for 50K EXTRA H1B visas so they can bring in more foreign PhD's whose educational debt doesn't need to be paid back- they can work for peanuts. We've been lied to. We've been lied to since the 80's and we put ourselves out there, we believed their promises and we're now reluctant to force them to make good on it. Why?

Task Force y la autonomía operativa

En la administración la estrategia es "quién obedece no se equivoca" y lo normal es tener alergia a tomar iniciativas y responsabilizarse de algo. El exponente mayor de esta forma de ser es la ministra de Salud, Ana Mato, que no se da por enterada de que ella es "la responsable" de la cadena de errores en la gestión de la crisis del ébola
Los anglosajones han creado un concepto, el task force, que permite escapar de los algoritmos “quien obedece no se equivoca” y "Balones fuera". El task force es una unidad de organización en la que los expertos tienen toda la libertad y toda la responsabilidad. Se les juzga en función de los resultados. Un ejemplo de task force son los comandos militares: grupos pequeños, bien cohesionados, dirigidos por alguien capaz al que se le da toda la autonomía operativa para que el lider juzgue y tome decisiones por si mismo en función de su experiencia y de su contacto directo con el campo.

La victoria de Alejandro Magno sobre Darío el persa es un ejemplo de como una fuerza militar menor puede vencer a una mayor si está bien cohesionada. Esta victoria es un ejemplo de la supremacía militar de "ciudadanos" frente a "subditos", la victoria de la responsabilidad personal frente al "quien obedece no se equivoca". Alejandro puso a sus soldados en cuña y se dirigieron a galope hacia Dario que iba engalanado en un carro y era fácilmente distinguible en medio de sus tropas. Las tropas de Darío cuando vieron que los griegos avanzaban a galope fueron discretamente echándose a un lado de manera que abrieron un pasillo hacia donde estaba Darío. Darío cuando vio que los griegos se echaban encima de dió a la fuga. Los subditos de Darío, aquellos que sólo estaban acostumbrados a recibir órdenes, cuando vieron que su lider se daba a la fuga también ellos se dieron a la fuga. Resultado: Alejandro con una fuerza menor desbarató todo un imperio.
Un ejemplo de task force es la película “La Reina de África” de Humphrey Bogart y Katharine Hepburn. Un marinero de agua dulce borracho y una misionera solterona logran hundir un barco de guerra alemán en un lago de África. A primera vista es una misión suicida, pero los protagonistas son capaces de tomar las decisiones pertinentes para hundir exitosamente al barco alemán.
Un ejemplo de task force es la película “La Reina de África” de Humphrey Bogart y Katharine Hepburn.
Otro ejemplo de task force es Bletchey Park. Conscientes de que tenían que descifrar la poderosa máquina de encriptado Enigma alemana, los ingleses crearon de la nada un formidable equipo de matemáticos que en su empeño por resolver el encriptado de Enigma crearon uno de los primeros computadores de la historia basado en código binario. De nada le sirvió a Erwin Rommel su genio militar porque sus comunicaciones eran interceptadas y desencriptadas por aquellos genios de Bletchey Park y por tanto sus estrategias eran desveladas en tiempo real. Fueron los genios que trabajaron el Bletchey los que organizaron la estructura a placer, a demanda de sus necesidades y el resultado fue espectacular dándole a los anglosajones una ventaja considerable en el mundo de la computación que todavía hoy detentan.
En Blechley Park los ingleses desarrollaron en un tiempo record el primer computador basado en código binario que ahorró dos años de duración de la II Guerra Mundial. La organización en Bletchley Park corrió a cargo de expertos sin intervención de mandos del ejército o de políticos.
Para que una empresa científica funciones necesitamos una estructura de task force. Las decisiones las debe de tomar un científico con experiencia y capacidad de liderato. Los funcionarios, los administrativos deben ser personal de apoyo. Al proyecto se le debe de juzgar no mes a mes, sino por producto logrado. Las decisiones sobre en qué se debe de gastar el dinero deben recaer sobre la persona a cargo del proyecto y no debe de haber compartimentos estancos del tipo: tanto dinero para este concepto, tanto para este otro. El dinero debe ser administrado por el líder del proyecto.
Cuando un político quiere crear ciencia en donde antes no la había lo primero que se crea es una estructura administrativa. Esta estructura se arroga todo el poder y es aquí en donde empiezan a ir las cosas mal. Una estructura de poder propicia la máxima de “quien obedece no se equivoca”. En vez de darle la libertad y la responsabilidad al investigador principal y dejar que su trabajo sea juzgado por pares lo que se hace es controlarlo, darle el dinero en compartimentos estancos, temporales, para que la investigación se ajuste al sistema administrativo y no al revés. Pero no hace falta que me extienda. Ya está el chiste de los remeros para explicar de manera graciosa este desatino: http://www.todohumor.com/humor/chistes/competicionderemodeempresas/

La situación de la ciencia y el chiste alcanza el mayor paralelismo al final del mismo cuando se decide que el remero sería de contratación externa. Los trabajadores de la estructura administrativa suelen ser personal de plantilla fija, cuando no funcionarios. Esto contrasta con el régimen laboral del investigador que suele estar contratado por “obra y servicio”.

En 1982 durante la guerra de las Malvinas los argentinos enviaron un comando a poner bombas lapa bajo los barcos de la Royal Navy en Gibraltar. Pudieron haber hundido dos barcos, pero finalmente no hundieron ninguno y acabaron detenidos. Esta anecdota militar se cuenta en el documental de TVE "Operación Algeciras". El lider del comando explica porqué fallo la operación: no contaban con autonomía operativa.
Os dejo con el chiste:

Cuentan las crónicas que en 1.994 se celebró una competición de remo entre dos equipos, uno compuesto por trabajadores de una compañía española, y el otro por sus colegas de otra empresa similar japonesa. Se dio la salida y los remeros japoneses se empezaron a destacar desde el primer momento. Llegaron a la meta y el equipo español lo hizo con una hora de retraso sobre los nipones. De vuelta a casa, la Dirección se reunió para analizar las causas de tan bochornosa actuación y llegaron a la siguiente conclusión:...

- Se ha podido observar que en el equipo japonés había un jefe de equipo y diez remeros, mientras que en el español había un remero y diez jefes de equipo. Por lo que para el año próximo se tomarán las medidas adecuadas.

En el año 95, se dio de nuevo la salida y nuevamente el equipo japonés se empezó a distanciar desde la primera remada. El equipo español llegó esta vez con dos horas y media de retraso sobre el nipón. Dirección se volvió a reunir después del sonado rapapolvo de Gerencia para estudiar lo acaecido, y vieron que este año el equipo japonés se compuso nuevamente de un jefe de equipo y diez remeros, mientras que el español, tras la eficaces medidas adoptadas el año anterior, se compuso de un jefe de equipo, dos asesores de gerencia, siete jefes de sección y un remero. Por lo que tras un minucioso análisis, se llega a la siguiente conclusión:
- EL REMERO ES UN INCOMPETENTE.

En el año 96, como no podía ser diferente, el equipo japonés escapó nada más darse la salida. La trainera que este año se había encargado al departamento de nuevas tecnologías, llegó con cuatro horas de retraso. Tras la regata y, a fin de evaluar los resultados, se celebró una reunión de alto nivel en la cuarta planta del edificio de la central, llegándose a la siguiente evaluación:
- Este año, el equipo nipón optó una vez más por una tripulación tradicional, formada por un jefe de equipo y diez remeros. El español, tras una auditoría externa y el asesoramiento especial del departamento de organización, optó por una formación mucho más vanguardista, que se compuso de un jefe de equipo, tres jefes de sección con plus de productividad, dos auditores de Arthur Andersen, cuatro vigilantes jurado que no quitaban ojo a un único remero, al que habían amonestado y castigado quitándole todos los pluses e incentivos por el fracaso del año anterior.

Tras varias horas de reuniones, se acordó que:
- En la regata del 97, el remero sería de contratación externa.
No obstante, a partir de la vigesimoquinta milla marina, se ha venido observando cierta dejadez en el remero de plantilla, que roza el pasotismo en la línea de meta.

viernes, 19 de septiembre de 2014

Wanda Sykes se burla del programa espacial y de la vida en Marte

Según Nicolai Tesla: "La ciencia no es sino una perversión de si misma a menos que tenga como objetivo final el mejoramiento de la humanidad". La humorista americana Wanda Sykes le da la vuelta al concepto y hace burla del programa espacial. ¿Para qué vale? ¿Para desarrollar un colchón de dormir en el que puedes dar botes? ¿Sabía Ud que existe agua en Marte?... Para Wanda todo eso está lejos muy lejos y además le parece un chiste


miércoles, 17 de septiembre de 2014

Legionella: ¿Parásito o depredador?


Según la Real Academia de la lengua española: parasitar1. tr. Biol. Dicho de un ser vivo: Utilizar como alimento a otro ser vivo sin llegar a matarlo.

En mi opinión su estrategia es netamente depredadora. Claro está que cuando pensamos en un depredador se nos viene a la cabeza un león. En el caso de Legionella su estrategia sería como si una gacela se dejase devorar viva por el león y dentro de él se sacase la piel de gacela y surgiese una especie de Alien que comenzase a dividirse a expensas de los jugos gástricos del león. El estómago del león iría digiriendo al león por dentro proporcionando más y más nutrientes para la descendencia del alien. Cuando llegasen a un buen número, por ejemplo 200 ejemplares, los aliens cambiarían de nuevo de piel, volviéndose gacelas y reventando al león desde dentro. Ahora en esa sabana imaginaria habría 200 nuevas inocentes gacelas esperando pacientemente que el león las devorase.

A esta estrategia de cambiarse la piel Michele Swanson y yo la designamos "Pregnant Pause" que no es otra cosa que una alternancia de estados dentro del "estómago" de la ameba, o del fagocito humano (como por ejemplo los macrófagos). La piel de gacela inhibe la digestión del animal. Esto hace que el estómago cambie un poco, es ahí cuando una vez en estado alien, Legionella aprovecha los recursos de la ameba para crecer y dividirse. Acaba agotando los recursos de la célula y cuando ya no hay más que aprovechar la rompe desde dentro y sale en busca de otra ameba (o de un fagocito humano) ¿No es lo más parecido a un depredador?



sábado, 13 de septiembre de 2014

la bacteria vaginal Lactobacillus gasseri produce un nuevo antibiótico

Reproduzco un artículo de esmateria escrito por Nuño Domínguez

Cultivos de bacterias
Una investigadora sostiene dos cultivos de bacterias / Thompson Rivers University

Desde el punto de vista estadístico, este mundo pertenece a las bacterias. En dos vasos de chupito llenos de agua hay tantas como seres humanos habitan la Tierra. En el interior de nuestro cuerpo, la proporción es de nueve bacterias por cada célula humana. Así las cosas, es de cajón que nos conviene llevarnos bien con estas compañeras. Pero no siempre es así.
Desde hace años combatimos una guerra contra bacterias que, a lo largo de décadas de evolución, se han hecho inmunes a los antibióticos que usamos para combatirlas. El resultado es que infecciones que dejaron de ser problemáticas hace más de medio siglo, como la gonorrea o la neumonía, vuelven a causar complicaciones graves e incluso la muerte de miles de pacientes cada año. La peor noticia sobre esta guerra es que se está acabando la munición: no hay apenas nuevos antibióticos en desarrollo. Ahora más que nunca, es urgente encontrar nuevas sustancias capaces de combatir a las llamadas “superbacterias”.
Un estudio publicado hoy abre una nueva vía para encontrar esos nuevos antibióticos tan necesarios. Su método parece sencillo: buscarlos en los microbios que viven en el cuerpo humano sin provocar ningún daño, el llamado microbioma. Estas comunidades bacterianas que habitan en los intestinos, la boca o los órganos sexuales pertenecen a cientos de especies distintas y dentro de cada una de ellas hay miles de tipos de bacterias con propiedades diferentes. Todas ellas generan a su vez miles de productos químicos potencialmente interesantes. Es importante saber dónde buscar para no perderse en esta inmensidad microscópica.

Miles de pequeñas moléculas

El equipo que ha liderado el estudio ya ha logrado un primer éxito. Se trata de un nuevo antibiótico producido de forma natural por una bacteria que habita en la vagina. Investigadores de varias instituciones estadounidenses, incluidas las universidades de California y la de Harvard, han identificado la bacteria responsable, los genes que usa para fabricar la nueva sustancia y además han comprobado que el compuesto aniquila varios tipos de patógenos que provocan infecciones vaginales.
El potencial de esta nueva técnica es “increíble”,  según un bioquímico ajeno al estudio
Los autores del estudio, publicado en la revista Cellresaltan que esto puede ser solo el principio. “Nuestro análisis muestra que el microbioma produce miles de pequeñas moléculas y, por ahora, solo hemos empezado a arañar la superficie en la tarea de caracterizarlas”, explica a Materia Mohamed Donia, investigador de la Universidad de California en San Francisco y primer autor del estudio.
El trabajo ha sido posible gracias a iniciativas como el Proyecto Microbioma Humano, cuyo objetivo es secuenciar el ADN de las comunidades bacterianas que viven en el cuerpo. Cada persona tiene un microbioma único y estudios recientes apuntan a que hay microbiomas “sanos” y otros correlacionados con obesidad, cáncer y otras dolencias.
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Los intestinos, los órganos sexuales o la cavidad bucal contienen bacterias que producen potenciales fármacos. / Mohamed Donia/UCSF
El equipo de Donia ha aplicado al microbioma de varios pacientes un programa informático que busca de forma sistemática genes con los que algunas bacterias producen moléculas que podrían ser usadas como fármacos. El sistema les ha permitido identificar más de 1.800 grupos en el intestino, otros tantos en la boca, más de 500 en la piel y casi otros tantos en la vagina. Probablemente solo una minoría de ellos produzcan antibióticos interesantes, advierte Donia, pero su equipo ya ha demostrado el potencial de los que sí lo hacen. Para demostrar ese potencial los investigadores han aislado una de esas moléculas, la lactocilina. El compuesto lo fabrica la bacteria vaginal Lactobacillus gasseri. La sustancia es altamente selectiva, mata a las bacterias “malas” y deja vivir a las “buenas”, comenta Donia. “Con este tipo de trabajo lo que podemos hacer es obtener antibióticos altamente especializados”, resalta, algo que “es muy difícil de conseguir con antibióticos sintéticos”, es decir, producidos con métodos convencionales.
El potencial de esta nueva técnica es “increíble”, opina el bioquímico Lluis Ribas, un investigador del Instituto de Investigación Biomédica de Barcelona que no ha participado en el estudio, pero trabaja en el descubrimiento de nuevos antibióticos. “Actualmente no hay nuevos antibióticos desde el punto de vista de la estructura química y su mecanismo de acción, en cambio, este equipo no para de encontrarlos”, resalta.
La técnica además puede ser extensible a otros ambientes. Si se busca un antibiótico contra el bacilo del ántrax, ¿por qué no buscarlo en el propio suelo en el que vive? Si se trata de evitar que aparezcan nuevas superbacterias, ¿por qué no buscar  en las granjas de cerdos en las que se originan? Por primera vez en 150 años de investigación, el análisis del microbioma abre esta posibilidad.


REFERENCIA
'A Systematic Analysis of Biosynthetic Gene Clusters in the Human Microbiome Reveals a Common Family of Antibiotics' doi:10.1016/j.cell.2014.08.032

jueves, 11 de septiembre de 2014

Sífilis Vs Gonorrea

¿Quién puede más la sífilis o la gonorrrea?. Esta es una pregunta estúpida. Recuerda al sketch de Faemino y Cansado: ¿Quién puede más un charcutero o un neurocirujano?.


Evolución de las enfermedades de transmisión sexuales en Gran Bretaña.

Las diez bacterias más resistentes a los antibióticos

Voilà:


Y en este grupo tan selecto habría que incluir a Clostridium difficile, una bacteria que coloniza el intestino delgado después de tratamientos prolongados con antibióticos y que como veis puede causar la muerte. Es precisamente sobre esta bacteria que se está realizando el primer ensayo clínico (pagado con dinero público europeo) de terapia con fagos.

miércoles, 10 de septiembre de 2014

"40 años de avances científicos increíbles. Pero esos hallazgos, por ahora, no han servido para ayudar a ni un solo paciente"

"40 años de avances científicos increíbles. Pero esos hallazgos, por ahora, no han servido para ayudar a ni un solo paciente"

Esta frase está extraída de esta entrevista a Allen Frances, psiquiatra, publicada en EsMateria. Obviamente es una exageración, propia de aquel que está acostumbrado a proporcionar titulares a los periodistas. Sin embargo en líneas generales es cierto. Antibióticos, analgésicos, antidepresivos, antihistamínicos y poco más. Se ha hablado de la farmacogenómica y cuando eso empezaba a andar se descubre la epigenética, los RNAs interferentes, el empaquetado diferencial del DNA. Durante estos 40 años de increíbles avances se ha generado una "ilusión" "expectativa" de que esos avances iban a ir de la mano de la aparición de una industria muy lucrativa que haría que toda la inversión se recuperase con creces. Todo el mundo que tenía capital quería estar en la "pool position" para esa carrera que empezaba. Pero el comienzo de la carrera se ha aplazado durante tanto tiempo que países como EEUU, España... sacudidos por la crisis han decidido suspender las ayudas con la casi certeza de que "Total, no va a pasar nada". En EEUU que durante años vieron el espacio dedicado a ciencias biomédicas duplicarse hoy en día se leen este tipo de testimonios en distintos medios.

Un caso de carrera científica truncada es la de Ian Glomsky, microbiólogo especialista en antrax,  que era assistant professor en la Univ. de Virginia hasta que cansado de pedir fondos decidió dejar la universidad para comenzar un negocio de destilación de licores.
Si leéis este artículo merece la pena leer los comentarios. Hay quien dice que Ian Glomsky es un afortunado por tener ahorros que le han permitido empezar su propio negocio, quien escribía esto era un virólogo molecular que estaba en paro y sin ahorros.

La traslación desde la ciencia básica a la práctica clínica es un problema en toda la medicina. Y el problema reside en que la biología es complicada, depende de muchos factores. Muchos de los avances se deben a que el método científico, regulando las variables en el laboratorio, es decir, reduciendo esas variables es capaz de llegar a descubrimientos asombrosos. La pena es que la vida es todas esas variables, por eso, lo que se descubre en laboratorio, con todas las variables reducidas al mínimo es difícil trasladarlo a la clínica, un mundo donde la variable es la norma.

Pero hay personas que son capaces de hacer un avance científico con capacidad de trasladarlo al mundo real. Lo que ocurre es que estas personas crean una mejora que no es patentable y por lo tanto no interesa a la industria. Cuando hablan de traslación de la ciencia a la práctica clínica lo más importante es cómo "monetizar" ese descubrimiento. Si no se puede comercializar no interesa y sin embargo son descubrimientos que salvan vidas. 

Laura Guerrero se propuso mejorar los filtros de barro artesano para purificar agua, que hasta aquel entonces sólo filtraban bacterias. Finalmente consiguió unos filtros que disminuían 1000 veces la concentración de virus en el agua filtrada. En países sin acceso a agua potable son innumerables los niños que se mueren por diarreas provocadas por rotavirus. Gracias al trabajo de Laura ahora en esos países tienen a su alcance una tecnología para prevenir estas muertes. Una tecnología neolítica, accesible a todo el mundo que sepa cocinar barro.

El trabajo de Laura desmiente afortunadamente el título de esta entrada.

sábado, 6 de septiembre de 2014

Campaña contra el uso de antibióticos en ganadería

En Estados Unidos ya existen organizaciones que luchan contra el abuso de antibióticos por la industria ganadera. En 2011 en EEUU se vendieron 13.5 milllones de kg de antibióticos para granjas mientras que el consumo humano fue de 3.5 millones de kg.

http://www.pewtrusts.org/en/projects/campaign-on-human-health-and-industrial-farming

 La Organización Mundial de la Salud (OMS) ha declarado en abril de 2014 que la humanidad ha entrado en la era postantibiótica, un periodo en el que la medicina no estará segura al 100% de la eficacia de los antibióticos. Necesitamos urgentemente alternativas a los antibióticos. Una de las causas más importantes en la aparición de resistencias a los antibióticos ha sido su abuso en ganadería, como suplemento alimenticio para prevenir la aparición de enfermedades. El consumo de antibióticos en ganadería es casi cuatro veces más grande que su consumo para uso humano.

viernes, 5 de septiembre de 2014

Rotores SS34 y GSA: piezas fundamentales en microbiología molecular

¿Puede haber un laboratorio que haga microbiología molecular sin estos dos rotores?. Cuando no se tienen como se les echa de menos.

Rotor GSA, el equivalente al bajo en un grupo de rock

Rotor SS34, la guitarra electríca. Luego se le puede poner adaptadores para tubos Corex de 30 ml, esto ya serían los pedales de distorsión :)

La OMS advierte que el mundo avanza hacia una peligrosa era postantibiótica

Esta amenaza ha dejado de ser una previsión para el futuro, ya que las bacterias cambian y se tornan resistentes a estos medicamentos, que a su vez se vuelven inefectivos a la hora de combatir esas infecciones, advierte el informe 'Resistencia a los antimicrobianos' publicado por la OMS.

A menos que se tomen medidas urgentes "el mundo avanza hacia una era posantibióticos en la que infecciones comunes y lesiones menores que han sido tratables durante decenios volverán a ser potencialmente mortales", dijo el doctor Keiji Fukuda, uno de los directores generales adjuntos del organismo.

"Los antibióticos eficaces han sido uno de los pilares que nos ha permitido vivir más tiempo con más salud junto con otros beneficios de la medicina moderna. Si no tomamos medidas importantes para mejorar la prevención de las infecciones y no cambiamos nuestra forma de producir, prescribir y utilizar los antibióticos, el mundo sufrirá una pérdida progresiva de estos bienes de salud pública cuyas repercusiones serán devastadoras", agregó Fukuda.

El informe señala que este fenómeno está afectando a muchos agentes infecciosos, pero se centra en la resistencia a los antibióticos en siete bacterias responsables de infecciones comunes graves, como la septicemia, la diarrea, la neumonía, las infecciones urinarias o la gonorrea.

"Los datos son motivo de gran preocupación y demuestran la existencia de resistencia a los antibióticos, especialmente a los utilizados como último recurso en todas las regiones del mundo", subrayó la OMS.

En general, la resistencia a los antibióticos se ha convertido en una realidad que puede afectar a cualquier persona, independientemente de su edad y del país en el que reside, según el informe.

Texto completo en: http://actualidad.rt.com/ciencias/view/126814-salud-bacterias-antibioticos-medicamentos-enfermendades

miércoles, 3 de septiembre de 2014

Un escudo protector frente a Escherichia coli O157:H7




EcoShield™, es un cocktail producido por la empresa americana Intralityx, que se pulveriza sobre la carne roja antes de picarla para convertirla en hamburguesa. El objeto de este tratamiento es eliminar la famosa Escherichia coli O157:H7, que causa ella sola 62000 envenenamientos en los Estados Unidos1. La carne se pica de distintos animales y se mezcla, esto hace que las bacterias de un solo animal lleguen a infectar grandes partidas de carne. En estudios llevados a cabo independientemente por investigadores gubernamentales han demostrado que EcoShield mata entre el 95-100% de Escherichia coli O157:H7 en cinco minutos.
Jitu Patel y Manan Sharma, investigadores de la USDA en Beltsville, Maryland, han probado el efecto de EcoShield en lechugas y melones contaminados experimentalmente con Escherichia coli O157:H7. Esta bacteria puede establecer colonias persistentes en forma de biofilms. Estas bacterias en biofilm pueden resistir concentraciones altas de cloro. En los experimentos llevados a cabo por la USDA, EcoShield redujo la concentración de patógenos 100 veces en un solo día9.
Este product no tiene olor, ni gusto. Los fagos están presentes en un 0.001% en un espray líquido. Según la compañía los fagos ya han desaparecido cuando llega el producto a los consumidores.

Referencias:

1.- Scallan E, et al. Foodborne illness acquired in the United States—major pathogens. Emerg Infect Dis 17(1):7–17 (2011); http://dx.doi.org/10.3201/eid1701.P11101.
2. Abuladze T, et al. Bacteriophages reduce experimental contamination on hard surfaces, tomato, spinach, broccoli, and ground beef by Escherichia coli O157:H7. Appl Environ Microbiol 74(20):6230–6238 (2008); http://dx.doi.org/10.1128/AEM.01465-08.
9. Sharma M, et al. Effectiveness of bacteriophages in reducing Escherichia coli O157:H7 on fresh-cut cantaloupes and lettuce. J Food Prot 72(7):1481–1485 (2009); http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19681274.