jueves, 22 de febrero de 2024

Diferencia entre microbiota y microbioma

 

La microbiota debería de incluir también virus, pero bueno... siempre podemos decir "flora intestinal" y volver loco a un microbiólogo

lunes, 12 de febrero de 2024

Capnocytophaga canis, otra bacteria comecarne

En 2018, Greg Manteufel estuvo en una fiesta de cumpleaños donde jugó con muchos perros. Unos días después, experimentó fiebre y debilidad en las extremidades, por lo que acudió al consultorio del médico.

Su condición se deterioró rápidamente y los médicos descubrieron que Manteufel había contraído una infección sanguínea causada por Capnocytophaga canis, una bacteria que se encuentra en la boca de los perros. Su situación era tan grave que los médicos le dijeron que su recuento de plaquetas era tan bajo que sólo le quedaban tres horas de vida. Normalmente, la infección provoca fiebre, diarrea, dolores de cabeza y vómitos. Pero en casos más extremos puede provocar sepsis grave, shock séptico mortal y gangrena de las extremidades. 

Manteufel tuvo que sufrir numerosas amputaciones para salvar su vida, que le dejaron sin antebrazos, piernas y partes de la nariz. Pero afortunadamente sobrevivió a la infección.


jueves, 25 de enero de 2024

Hitos de la terapia con fagos


1. En la República caucásica de Georgia se pueden comprar fagos sin receta en algunas farmacias del país.

2. Para 2050, al menos diez millones de personas podrían morir cada año a causa de infecciones resistentes a los antibióticos. La gran mayoría de estas muertes (hasta el 90%) ocurrirán en África y Asia, donde el uso de antibióticos está aumentando y el acceso a alternativas es deficiente. Los fagos podrían usarse para atacar microbios resistentes a los antibióticos y matarlos. Pero...

3. Ningún tratamiento basado en fagos ha llegado a las últimas etapas del proceso de ensayos clínicos.

4. Se estima que hay alrededor de 100 millones de especies diferentes de fagos, y cada una de ellas es increíblemente selectiva respecto a qué bacteria infectará. Los fagos son el "agente biológico más abundante en la tierra".

5. El pionero de la terapia con fagos, un científico francés autodidacta llamado Felix d'Herelle, intentó desertar a la Unión Soviética porque estaban invirtiendo mucho dinero en la investigación de la terapia con fagos. Pero su plan se vio frustrado cuando Stalin hizo ejecutar a su socio científico georgiano. Prudentemente decidió quedarse en Francia.

6. Las nuevas herramientas de Inteligencia Artificial pueden predecir si un fago en particular matará a un microbio en particular con tasas de "descubrimiento falso" de menos del 10%.

7. Es posible producir fagos completamente sintéticos utilizando sistemas libres de células; no se requieren bacterias. El ADN del fago primero se sintetiza químicamente y luego las "tripas" de una célula se utilizan para producir y ensamblar las partes proteicas de los bacteriófagos. Es similar a una “impresora o máquina de café expreso” para virus, y la primera terapia con un fago sintetizado mediante este método se probará en un paciente en los próximos meses.

8. Una empresa llamada LocusBio pueden agregar genes a sus fagos que no solo ayudan a modificar su rango de huéspedes, sino que también les confieren un poder adicional para matar bacterias. En un ensayo de una mezcla de fagos dirigidos a E. coli en infecciones del tracto urinario, la empresa logró una reducción de 6 log en el número de bacterias en los pacientes (lo que significa que el número de células bacterianas presentes se ha reducido un millón de veces), lo que llevó a “100 porcentaje de curación clínica” de 31 pacientes.

9. Los productos de fagos hechos a medida para la infección bacteriana de un paciente probablemente costarían alrededor de 20.000 dólares por tratamiento. Una dosis de antibióticos, por contexto, cuesta uno o dos dólares.

10. La terapia combinada, que utiliza fagos y antibióticos juntos, hace que las bacterias resistentes a los medicamentos se concentren tanto en repeler los fagos que se vuelvan sensibles a los antibióticos. 

lunes, 22 de enero de 2024

Tomacco

 

Hay una transición entre el parasitismo y el mutualismo que depende del grado de libertad en las interacciones. El tomaco, un híbrido entre el tabaco y el tomate, inventado por Homer Simpson, haría que, en lo que a salsas de tomate se refiere, el tipo de interacción se volviese parasítica. Si al tomaco le quitásemos la nicotina entonces, debido a que tiene mal sabor, las personas se moverían a otras opciones y el mercado de las salsas ganaría en riqueza de interacciones. 

viernes, 19 de enero de 2024

IAs útiles para investigación

 Este tipo de herramientas sirven, sobre todo, para tener con qué meter paja cuando nos piden informes, trabajos que te importan bien poco etc. Muy útil para aquellos que publican un artículo científico cada dos días. También puede ser útil para hacer de referee de artículos en temas que no son estrictamente tu tema de especialización. Me recuerda al boom que supuso powerpoint... charlas sobresaturadas de imágenes, gráficos, letras, mensajes... Ya cuando introdujeron los títulos que aparecían y desaparecían fue el acabose. Cientos de horas viendo presentaciones de powerpoint en las que no aprendí nada. 

Herramienta

Propósito

Enlace

Elicit

Asistente de Investigación con IA para automatizar flujos de trabajo de investigación1234.

Elicit

Scite

Plataforma para descubrir y evaluar artículos científicos a través de Citas Inteligentes5678.

Scite

R Discovery

Herramienta con IA para simplificar la búsqueda de literatura y recomendar los principales artículos académicos9101112.

R Discovery

Research Rabbit

Herramienta inteligente con IA para descubrir y organizar los artículos más relevantes para tus intereses de investigación13141516.

ResearchRabbit

Consensus

Herramienta nueva, hay versión gratuíta. Sirve para encontrar papers en referencia a una pregunta de investigación. Es parecido a Elicit. Es útil para generar las bibliografías a la hora de confeccionar un paper consensus.app

Zotero

Herramienta de gestión de referencias para recolectar, organizar y citar materiales de investigación17181920.

Zotero

Paperpal

Asistente de escritura con IA que proporciona sugerencias en tiempo real para mejorar la escritura académica21222324. Es el Grammarly para investigadores. Hay versión gratuita.

Paperpal

Scispace

Herramienta con IA para revisión de literatura que ayuda a los investigadores a buscar y comprender fácilmente los artículos de investigación25262728. Sirve para reformatear un paper del formato previo que se hizo para mandar a una revista para el formato de la revista a la que se quiere enviar. https://typeset.io/ Es de pago

Scispace

Gamma

Herramienta con IA para crear presentaciones y contenido con mínimo trabajo de formato y diseño29303132.

Gamma

ChatGPT, Dall-E   & Browse with Bing

Integración de Bing Search en el servicio AI ChatGPT, mejora las capacidades de acceso a la información más reciente en la web33343536.

OpenAI

ChatGPT Advanced Data Analysis

Función dentro de ChatGPT’s GPT-4 que permite a los usuarios subir datos, escribir, probar y ejecutar código directamente en ChatGPT37383940.

OpenAI

GPTs

Función dentro de ChatGPT’s GPT-4 que permite a los usuarios automatizar funciones específicas creando sus propios GPTs.

OpenAI

miércoles, 3 de enero de 2024

Los biofilms son asquerosos

Tubería de desagüe
Y este es el biofilm que obstruía la luz de la tubería.

La clasificación de microorganismos recién descubiertos como patógenos verdaderos y oportunistas siempre ha sido un desafío para los microbiólogos desde el siglo XIX. Sin embargo, el estudio de la simbiosis entre microorganismos y las consecuencias nocivas de tales relaciones para el bienestar humano es un campo de investigación relativamente reciente [1]. Desde una perspectiva cronológica, los microorganismos forman parte de nuestro entorno desde el nacimiento, con miles de millones de bacterias alojadas que siempre permanecen silenciosas a lo largo de la vida. Los microorganismos existen en dos estados principales: a) bacterias libres o flotantes y b) bacterias que forman biopelículas como microorganismos sésiles [2]. Las estimaciones actuales sugieren que hasta el 80% de las células bacterianas y de arqueas residen en biopelículas [3]. Aunque los microorganismos en su forma planctónica han sido investigados extensamente desde la época de Robert Koch, la investigación de los microorganismos formadores de biopelículas aún está en sus inicios debido a la complejidad simbiótica de estos conglomerados microbianos. Una biopelícula se define como un mosaico tridimensional en el que los microorganismos coexisten, se acumulan y se organizan en las superficies del glucocáliz [4]. Estos conglomerados bacterianos son las principales causas de morbilidad y mortalidad en pacientes hospitalizados (aproximadamente del 5% al ​​15%). En este sentido, cabe mencionar que una selección racional y adecuada de antibióticos podría reducir sus tasas de morbimortalidad.

Referencias: 
1. Solano C, Echeverz M and Lasa I. Biofilm dispersion and quorum sensing. Current Opinion in Microbiology. 2014, 18:96–104. doi.org/10.1016/j.mib.2014.02.008
2. Sharma S, Mohler J, Mahajan SD, Schwartz SA, Bruggemann L, Aalinkeel R. Microbial Biofilm: A Review on Formation, Infection, Antibiotic Resistance, Control Measures, and Innovative Treatment. Microorganisms. 2023; 11(6):1614. doi.org/10.3390/microorganisms11061614
3. Penesyan A, Paulsen IT, Kjelleberg S and Gillings MR. Three faces of biofilms: a microbial lifestyle, a nascent multicellular organism, and an incubator for diversity. NPJ Biofilms Microbiomes. 2021, 7: 80. doi.org/10.1038/s41522-021-00251-2
4. Omar A, Wright JB, Schultz G, Burrell R, Nadworny P. Microbial Biofilms and Chronic Wounds. Microorganisms. 2017. 5(1):9. doi: 10.3390/microorganisms5010009. 


 

sábado, 23 de diciembre de 2023

martes, 19 de diciembre de 2023

Colaboradores

 


Dr. Manuel Gómez del Moral
Dr. Alexis Debut


Dr. Yonathan Parra
Dra. Hégira Ramírez
Ivette Castillo
Holger Quiñónez


Dr. Jaime Charris