El ying y el yang de las vesículas extracelulares durante las infecciones víricas

 El ying y el yang de las vesículas extracelulares durante las infecciones víricas

Cómo purificar vesículas extracelulares con perlas magnéticas (magnetic beads)

Analysis Of Extracellular Vesicles Using Flow Cytometry (Techniques)

 

Bead-capture flow cytometry of extracellular vesicles

Exosome isolation in less than 10 minutes!

video 1. Cómo aislar proteínas y péptidos con perlas magnéticas de estreptavidina

Magnetic Separation using Dynabeads®

Extracellular Vesicles (Purification and Applications)

Covalent Coupling of Antibodies to Magnetic Beads - Fast and Efficient

Para saber más:

Magnetic bead-based adsorption strategy for exosome isolation

Este paper es un protocolo detallado: Flow Cytometric Analysis of Extracellular Vesicles

La membrana es el saco de la avaricia

En el capítulo 2 hemos visto como, cuando apareció la primera célula, una arqueobacteria, uno de los primeros efectos que se observaron en el planeta fue la desaparición de la sopa biológica libre. Ahora, todos esos nutrientes, ricos en energía, iban a estar en el interior de membranas celulares, que no son otra cosa que un saco de avaricia. En ese momento, imaginemos como los mares, lagos y ríos del planeta iban poco a poco volviéndose más claros y transparentes. Muchas de esas arqueobacterias vivían en biopelículas. Había tantas que se producían acúmulos de ellas. Son lo que llamamos hoy en día estromatolitos. En la actualidad se los encuentra en ambientes extremos, como en Shark Bay en Australia, en el parque Yellowstone de Estados Unidos, o en la Puna Argentina.

Esto creó un conflicto entre los protovirus y las nuevas células arqueobacterianas. Como hemos visto en el capítulo 2, los protovirus perdieron por mutación los genes que codificaban para su propio ribosoma y ello no tuvo ningún impacto en sus vidas. Al replicarse esos protovirus, que habían perdido la capacidad de sintetizar su propio ribosoma, en el interior de las arqueobacterias podían utilizar el ribosoma de las arqueobacterias. Este ribosoma funcionaba igual que el de los protovirus, al fin y al cabo, el código genético es igual para todos los organismos porque todos procedemos de un único ancestro, el ribozima primordial, al que llamamos LUCA. Ahora, sin ribosoma, los protovirus se llaman virus y siguen entre nosotros. 

La avaricia, el afán de acaparar y la preocupación por que no te arrebaten lo que has acumulado surge en las arqueobacterias cuando desarrollan sus membranas.  Cuando hay avaricia, hay acumulación, hay ganadores y perdedores... hay drama. Y donde hay drama hay entretenimiento. De todo este drama surge el individuo, el protagonista de la historia. Aquel que tiene que luchar contra todo y todos para  prevalecer... ¿Lo que nos ocurre a nosotros verdad? por eso nos identificamos con los protagonistas de las historias. ¡Vamos allá!

Membrana celular: ¡Dónde hay una frontera hay un territorio!

Los protovirus entraron en las arqueobacterias que previamente les habían arrebatado los nutrientes que se encontraban libres en la sopa biológica. Las arqueobacterias, de repente, se las tuvieron que ver con unos agentes que entraban en su interior, se replicaban a sus expensas, o incluso acababan con ellas. Si, cuando las arqueobacterias desarrollan la membrana celular, éstas ganaron muchísimo espacio extra, precisamente ese espacio había que defenderlo de agentes biológicos extraños. Una membrana celular es un territorio. Como territorio hay que defenderlo, poner barreras... También implica una relación entre nosotros y ellos. Veamos: 

Fig. 1.  El territorio representado por el círculo es el equivalente al interior que define la membrana celular. En el primer caso, competición, se supone que tu territorio debería ser azul, es decir, tu territorio. Si tu territorio está ocupado por él entonces es que te han comido o te han eliminado de tu territorio. En la simbiosis, ambos prevalecen en el mismo territorio. En el caso del parasitismo, el parásito es aquel que ocupa parte de tu territorio.

Hay un conflicto entre el yo y el él. ¿Cómo me protejo de él? desarrollando sistemas inmunes. ¿Cómo él se protege de mi? pues manipulándome, haciéndome creer que yo soy él, que lo que me interesa es lo que él me propone. Es algo a lo que volveremos más adelante. 

El desarrollo de sistemas inmunes en bacterias: enzimas de restricción y sistemas CRISPR-Cas sirven para eliminar a los virus, parásitos o depredadores. Es una consecuencia de tener un territorio, el tener que protegerlo de agentes externos. Cuando estos sistemas funcionan podemos deshacernos de los depredadores y parásitos. De esa manera, conquistamos con el color azul que nos identifica. Nuestro territorio nos pertenece.

Fig. 2. Para reconquistar su territorio celular, las arqueobacterias desarrollaron dos sistemas inmunes, uno innato como son los sistemas de enzimas de restricción y otro adaptativo como el sistema CRISPR-Cas.

Cuando el parásito es capaz de sortear a nuestros sistemas inmunes no nos queda más remedio que pactar y llegar a una simbiosis. Se ha propuesto que las mitocondrias fueron parásitos energéticos antes de convertirse en orgánulos de la célula eucariota (Wang & Wu, 2014). 

La membrana permitió tener espacio extra

Las células están separadas del medio que las rodea por una delgada lámina denominada membrana plasmática, que define los límites de las mismas. Sin esta barrera protectora, las células estarían expuestas a los rigores del mundo externo, no podrían regular su medio interno y, en consecuencia, no serían viables. La membrana plasmática no aísla a la célula completamente sino que constituye una barrera altamente selectiva, que tiene la propiedad de regular el intercambio de materiales entre la célula y el medio que la rodea.

La membrana es una estructura muy delgada: sólo tiene un espesor de 5 a 10 nm (1nm=10-9m). Por lo tanto, se necesitarían mil membranas plasmáticas apiladas, una sobre otra, para igualar el espesor de esta hoja de papel. Precisamente debido a su delgadez, cuando se examina una célula al microscopio óptico convencional, puede observarse sin dificultad el interior de la misma; en el mejor de los casos podrá apreciarse el contorno de la membrana, pero nunca podrá distinguirse su ultraestructura. Con el al microscopio electrónico se puede ver la ultraestructura de las membranas celulares y ¿Adivina qué? es para todos los seres vivos la misma estructura. Esta estructura se denominó unidad de membrana y la misma no sólo es válida para la membrana plasmática, sino para casi todas las membranas celulares, desde una bacteria, a una planta, un humano o una ballena. Todos tenemos membranas celulares similares.

La membrana permitió el desarrollo del dogma de la biología molecular

El aumento de espacio que generó la membrana celular permitió la expansión del discurso genético. Me explico, tener organismos que guardan toda su información exclusivamente en cadenas de ARN es complicado. La razón, es que la ARN polimerasa, la enzima que polimeriza el ARN es poco eficiente a la hora de copiar con exactitud la información. El ADN presenta una serie de ventajas como soporte de información. Vamos a ver: el ADN es una molécula menos oxigenada que el ARN porque su azúcar es la desoxiribosa (desoxi- sin un oxígeno). Por lo tanto, el tener menos oxígeno hace a la desoxiribosa del ADN ser más estable químicamente. El ADN tiene más rigidez que el ARN porque la timina, la base nitrogenada equivalente al uracilo del ARN es más voluminosa al tener un metilo más en su estructura a comparación del uracilo, que es exactamente igual pero sin este grupo funcional. Esto favorece que el ADN forme doble cadenas. Además, tener la información en un formato en doble cadena permite detectar las mutaciones de manera eficiente, lo cual es un ventaja cuando la información que vas acumulando es valiosa. Al tener la información en un soporte de doble cadena, si aparece un cambio, una mutación, siempre tienes la otra cadena como molde para poder corregirlo. Es un mecanismo que permite conservar la integridad del mensaje que quieres pasar a la siguiente generación.

Video 1. Ejercicio corregir mutación. Papel de los metilos. Fuente: Actuaciencia

Fig. 3. Los seres vivos seguimos lo que se ha venido a llamar el dogma de la biología molecular, esto es, que la información genética está en el ADN se pasa a ARN mediante la ARN polimerasa (5) y de ahí a proteínas por el ribosoma (2). El ADN sería el disco duro y se autorreplicaría por la ADN polimerasa (4). La información que se guarda ahí es permanente. Según se necesite, esa información se lee a ARN y este ARN es temporal y de ahí se traduce a proteínas. En el dogma genético actualizado sabemos que hay organismos que solo tienen ARN como material genético (los virus ARN) y para autorreplicarse utilizan la ARN replicasa (1). Hay virus que son capaces de pasar su información en ARN a ADN, como los retrovirus, a esa enzima se le llama retrotranscriptasa (3).

En 1957, Crick, el codescubridor de la estructura del ADN expuso el "dogma central de la biología molecular", que explicaba que el flujo de información iba del ADN al ARN y finalmente a las proteínas (Fig. 3). Tal y como fue enunciado consideraba que la información genética codificada en el ADN se copia mediante la transcripción y pasa al ARN mediante la ARN polimerasa (5), sirviendo posteriormente para sintetizar un polipéptido, proceso denominado traducción mediante el ribosoma (2). Se creía que la única biomolécula capaz de replicarse era el ADN (4). Este dogma fue modificado en 1970 por Howard Tenin y David Baltimore con el descubrimiento de la enzima retrotranscriptasa.

Una excepción al dogma la constituyen los retrovirus, que contienen ARN y una enzima especial, llamada transcriptasa inversa o retrotranscriptasa, capaz de sintetizar una cadena de ADN complementaria del ARN vírico, proceso denominado transcripción inversa o retrotranscripción (3). Esta retrotranscriptasa apareció cuando los organismos ARN empezaron a utilizar el ADN como un soporte seguro para su información, mucho más protegido de las mutaciones. Lo que es valioso hay que conservarlo bien, y la información que la evolución y el tiempo van modelando es necesario que no se malogre con mutaciones al azar que corrompan su significado. Otra excepción se debe a la replicación del ARN (5), proceso antidogmático que se descubrió al observar que algunos virus eran capaces de replicar su genoma de ARN, proceso que cataliza la enzima ARN replicasa. Esta replicasa era la única molécula autorreplicativa cuando no existía el ADN, es, a diferencia de la ARN polimerasa, una ARN polimerasa dependiente de ARN.

Video 2: ¿Código genético basado en ADN?. Fuente: Actuaciencia

El organismo que desarrolló la primera membrana plasmática fue un organismo con ADN como material de soporte de información hereditaria. Un organismo que, como los computadores, tiene un disco duro, el ADN, esta información se pasa a la memoria RAM, que es una memoria temporal, lo que vendría a ser el ARN y de ahí se traduciría en los ribosomas a proteínas.  En las computadoras el disco duro almacena permanentemente. Cuando se necesita trabajar con esa información, se pasa a una memoria temporal que es la memoria RAM. 

Las membranas, a diferencia de las cápsides proteicas de los virus que tienen que desarmarse para que el material genético se replique, mantienen al material genético dentro de sus límites. De esa manera evitan el problema que tienen los virus cuando están en presencia de otros virus: que aparezcan recombinaciones no deseadas. Esto es lo que ha ocurrido con el SARS-CoV-2, que un coronavirus humano se replicaba en una célula en donde por casualidad había entrado un coronavirus de murciélago y ambos ARN se mezclaron, resultado un nuevo virus que originó una pandemia. Por tanto, para un organismo, tener a su material genético confinado detrás de una membrana es una garantía de que no va a haber recombinaciones con ADN de otros organismos... al menos en teoría, como veremos más adelante.

Definen la extensión de la célula y establecen sus límites

Las membranas celulares constituyen barreras selectivamente permeables, dado que impiden el intercambio indiscriminado de sustancias entre el citoplasma y el medio extracelular. La membrana celular, gracias a sus propiedades fisicoquímicas, está capacitada para transportar de un lado a otro de la misma determinados solutos, macromoléculas y complejos macromoleculares. Estas propiedades le permiten a la célula interaccionar con el medio extracelular (tanto con la matriz extracelular como con otras células vecinas). Permite a las células reconocerse, adherirse entre sí cuando sea necesario e intercambiar materiales e información.

La membrana posee receptores, que son moléculas o conjuntos de moléculas, capaces de reconocer y responder a señales provenientes del medio extracelular portando información específica. Cuando dichas señales llegan hasta la membrana plasmática, se desencadenan señales internas en la célula, tanto activadoras como inhibitorias de distintos procesos celulares. 

Singer y Nicholson propusieron en 1972 un modelo estructural para las membranas al cual denominaron modelo del mosaico fluido. De acuerdo al mismo las membranas son “disoluciones bidimensionales de lípidos y proteínas”. Según este modelo, la estructura de la membrana sería una delgada lámina formada por dos capas superpuestas de lípidos (también llamadas hemimembranas), con la fluidez propia de los aceites, en la cual se encuentran insertadas proteínas. Esto le confiere el aspecto de un “mosaico”.

Las membranas no son estructuras estáticas ni rígidas. Están formadas por un conjunto de moléculas hidrofóbicas e hidrofílicas que se mantienen unidas por enlaces, en general, no covalentes. Una de las principales características de las membranas biológicas es su alto grado de fluidez. Esto implica que sus lípidos y proteínas pueden desplazarse libremente en todas las direcciones, pero siempre sobre el plano de la membrana. De allí entonces la denominación de “mosaico fluido”; a esta propiedad también se la conoce como difusión lateral.

Se generan diferencias químicas cuando hay una frontera

Como ya se ha mencionado la membrana plasmática es una barrera con permeabilidad selectiva que regula el intercambio de sustancias entre el citoplasma y el medio extracelular. Sus propiedades aseguran que las sustancias esenciales, como la glucosa, los aminoácidos y los lípidos entren a la célula fácilmente, que los intermediarios metabólicos permanezcan en la célula y que los productos de desecho, como la urea, abandonen la misma. 

Todo esto permite a la célula mantener el medio interno relativamente constante. La membrana, debido a sus características hidrofóbicas, es impermeable a la mayor parte de las moléculas hidrosolubles, como la glucosa, los aminoácidos y los iones en general, de esa manera, a pesar de ser una estructura muy fina es altamente eficiente a la hora de guardar moléculas orgánicas. 

La membrana celular puede ser atravesada fácilmente por las moléculas no polares y pequeñas como el O₂, CO₂, N₂ e incluso el CO (tóxico), compuestos liposolubles como los ácidos grasos y esteroides y, además, a pesar de ser moléculas polares, el glicerol, la urea y el agua. El resto de las moléculas se transfiere de un lado a otro de la membrana gracias a proteínas integrales que actúan como transportadores; sin estos transportadores dichas moléculas no pueden difundir a través de las membranas. Estos transportadores se van a abrir o a cerrar de una manera regulada que favorezca a la célula. De esa manera, la célula puede conquistar nuevos ambientes, nuevos territorios.

El interior de la célula tiene memoria

Como se puede observar en la figura 4, las bacterias son capaces de heredar a sus hijas el nivel de activación o de inactivación de genes. Esto no quiere decir que las bacterias hijas heredan genes distintos a sus progenitores. Heredan exactamente el mismo cromosoma que tienen sus progenitores, lo único distinto es que pueden encender o apagar genes distintos, según los estímulos recibidos y hacer que su descendencia herede el patrón de apagado o encendido.

Fig. 4. El citoplasma bacteriano tiene la capacidad de modificar el ADN de la bacteria, y las bacterias hijas heredarán lo que se haya modificado en la generación anterior. Esta propiedad se llama epigenética. Una célula A se divide y da lugar a dos células hijas iguales: B y C. B y C reciben estímulos externos distintos, en la imagen representados por las flechas amarilla y azul. Esto hace que expresen factores de transcripción adecuados a las nuevas condiciones externas. Estos factores de transcripción van a modificar los genes de las bacterias B y C. Los genes modificados van a quedar activos, representados por la carita feliz o inactivos, representados por la señal de prohibición. Las células hijas de B y C, a pesar de que no han tenido los estímulos externos de sus progenitoras, conservan el patrón de encendido y apagado de la generación anterior. Fuente: Actuaciencia

Vamos a ver un ejemplo: el sistema MDR (por sus siglas en inglés "Multidrug Resistance System"). Si exponemos bacterias a concentraciones subinhibitorias, es decir, que no las matan, de antibióticos, las bacterias encenderán los genes que van a generar bombas de eflujo que les ayuden a bombear fuera de la célula al antibiótico. Una manera de preservar la identidad física de lo que está en el interior de su membrana. ¿Cómo se encienden o apagan genes? mediante la metilación del ADN, las modificaciones de proteínas que sirven para empaquetar el ADN y los ARN no codificantes. Mediante estas tres estrategias las bacterias pueden hacer que su ADN produzca lo que necesita para protegerlas bajo las nuevas condiciones ambientales. De este modo, aunque existan cantidades elevadas de antibióticos, las bacterias pueden resistir ese veneno. Es importante mencionar que este mecanismo dura unas cuantas generaciones incluso en ausencia de antibiótico. Al paso del tiempo, si no hay antibiótico en el medio, las bacterias destruyen sus bombas de eflujo volviendo a su estado original en la que no están especialmente preparadas para resistir al antibiótico. 

Esta capacidad que tiene el citoplasma de modificar el ADN de la bacteria ha sido utilizado por bacterias que viven en el interior de células eucariotas, como por ejemplo las famosas: Mycobacterium tuberculosis, causante de la tuberculosis, Helicobacter pylori, causante de la úlcera de estómago, Escherichia coli, causante de cistitis, Listeria monocytogenes, Pseudomonas aeruginosa, y Legionella pneumophila... Pero ya hablaremos más adelante de todo esto.

Acumular material de reserva: crecimiento exponencial versus postexponencial

La membrana permitió acumular material de reserva. El hecho de que esas arqueobacterias acaparasen todas las moléculas orgánicas que flotaban libres en la sopa biológica primordial ya indicaba que la membrana es un saco para la avaricia. Esto ha hecho que las arqueobacterias iniciales empezasen a almacenar las moléculas sobrantes en polímeros como polisacáridos, lípidos, polifosfatos o  azufre líquido en forma de esferas que se observan como puntos refringentes de luz al microscopio. ¿Por qué las guardan como polímeros? porque si guardan esas moléculas como monómeros aumentaría la presión osmótica en el interior de la célula. Las moléculas individuales atrapan más agua que si están empaquetadas en moléculas más grandes. Pequeños trucos bioquímicos de una membrana que siempre tiene que estar en un ambiente húmedo. Cuando es necesario, vuelven a ser monómeros y sirven como fuente de carbono y energía, prolongando la vida bacteriana en ausencia de alimento.

Las hifas son un ensayo de pluricelularidad: el caso de Thiomargarita

La bacteria Thiomargarita magnifica, es una bacteria con una longitud celular promedio mayor a 9,000 µm, es decir, 9 mm. Una bacteria que es visible a simple vista. Ya no hablamos de microbios sino de macrobios. Esta bacteria posee una biología única como es tener una poliploidía sin precedentes de más de medio millón de copias de un genoma muy grande. Asimismo tienen un ciclo de vida dimórfico con segregación asimétrica de cromosomas en células hijas. Estas características, junto con la compartimentación del material genómico y la síntesis de proteínas en orgánulos unidos a la membrana, indican una ganancia de complejidad en el linaje Thiomargarita y desafían los conceptos tradicionales de las células bacterianas. Es muy interesante observar que todo su ADN se encuentra dentro de una bolsa membranosa, unida a la pared celular. Esto ayuda a que su núcleo se mantenga protegido de cualquier agente externo. Algo de lo que carecen sus parientes bacterias y arqueas, cuyo material genético flota libremente dentro de sus células. Además, también lleva una segunda bolsa llena de agua, que ocupa más del 70% del volumen total de su cuerpo según comentan los científicos. Esta bolsa llena de agua aplasta todo el contenido de la célula contra las paredes de la bacteria, lo que le ayuda a eliminar toxinas con facilidad.Esta nueva Thiomargarita desbanca a otra Thiomargarita, la Thiomargarita namibiensis, como la bacteria más grande descubierta por la ciencia. Si la longitud de Escherichia coli es de 3 um y T. magnifica tiene 9000 um, esto quiere decir que es 3000 veces más grande

Una ballena azul adulta pesa 150 toneladas, 150.000 kg. Si lo comparamos con un humano de 75 kg sería 2000 veces más pesada. Thiomargarita magnifica es 3000 veces más larga que E. coli.Los segmentos al final del filamento son células hijas en ciernes. Los cientos de miles de copias del genoma de estas células gigantes están contenidas en pequeñas estructuras unidas a la membrana a lo largo de toda la célula.

¿Cómo mantener el volumen? Tres tipos de membrana bacteriana

Una membrana define un volumen. Ese volumen va a estar expuesto a presiones externas que lo deformen. Un volumen, como estructura de tres dimensiones tiene que evitar ser aplastado. Las primeras bacterias en aparecer, las arqueobacterias, parece que han tenido que lidiar con este problema. Las arqueobacterias son difíciles de estudiar por que crecen en ambientes extremos en calor, presión, acidez... Por ejemplo, Pyrococcus furiosus, una arquea que solo crece a temperaturas mayores de 100ºC. En 2015 se descubrieron unas arqueobacterias que se han venido a llamar Lokibacterias en un sistema de ventilación hidrotermal está entre Groenlandia y Noruega a una profundidad de 2.352 metros. Estas bacterias se dividen cada 10 años. Poseen 5 genes distintos de una proteína similar a la actina, la proteína del citoesqueleto de las células eucariotas (Spang et al, 2015). Parece que usan un citoesqueleto igual que nuestras células. Esto entusiasmó a los biólogos por que serviría para sostener la hipótesis de que la membrana de nuestras células provendría de un antepasado común con estas Lokibacterias. 

Las membranas de las arqueobacterias son diversas, por ejemplo, hay bacterias dentro de este grupo que tienen membranas de una monocapa de bifitanilos, otros grupos de bacterias tienen membran bicapa de fitanilos. La mayoría parece que tienen además de la membrana una pared celular. Las Lokibacterias parece que tienen esqueleto. Una diversidad de membranas apabullante. Si no se sabe más es por la dificultad que tiene trabajar con estos microorganismos, además, no se conoce ninguna arqueobacteria que cause enfermedad en humanos. Por eso no hay dinero para estudiarlas: ¡No nos causan problemas!.

Las eubacterias como las Gram positivas y negativas tienen dos tipos de membranas muy características. Son bacterias que tienen una alta concentración de sales en su interior y por ese motivo tienen una elevada presión osmótica. Aproximadamente las Gram positivas tienen 25 atm de presión interna y las Gram negativas entre 1 y 5 atm. Para evitar que esta presión haga explotar su membrana plasmática, ésta está rodeada de una capa de peptidoglicano. Por tanto, las Gram positivas tienen así como 5 veces más peptidoglicano que las Gram negativas. La manera en la que mantienen su volumen sin deformar es a base de tener una gran presión interna contenida por esa malla externa de peptidoglicano.

Una interfaz dinámica para relacionarte con un mundo cambiante (Huella dactilar)

La membrana, además de ser un saco que le permite a la célula acaparar un espacio, también es su carta de presentación al mundo. La composición y los distintos elementos que la rodean le dan un aspecto que le permiten protegerse, atacar, pasar desapercibida, reconocer a sus amigas etc. Por ejemplo, Neisseria gonorrhoea, para sus fines delictivos en el organismo humano, varía su aspecto ente amenazante y de camuflaje, Streptococcus pneumoniae desarrolla una cápsula para protegerse, desarrolla esta cápsula cuando está asustada. E. coli tiene unos parches de lípidos misteriosos en su membrana... todavía no sabemos para que sirven.

Engolosinados con el ADN y las proteínas, los científicos hemos dejado a los azúcares de lado, debido a que los azúcares son la última frontera en biología. Lo que se conoce de azúcares está a años luz de lo que sabemos del ADN o de las proteínas. Es relativamente fácil trabajar con las proteínas o el ADN. Las técnicas están bien establecidas. Ayuda mucho el hecho que las proteínas son aminoácidos traducidos a partir de los tripletes de ADN. Así, si modificamos el ADN podemos producir cambios en las proteínas y eso nos ayuda a entender su función. No sucede lo mismo con los azúcares. Es difícil producir cambios en su estructura. En ciencia nos hemos limitado a inactivar las enzimas encargadas de que un azúcar se incorpore a una estructura mayor. Digamos que los biólogos moleculares han estado engolosinados trabajando con ADN y proteínas y han dejado los azúcares de lado.

Lo hermoso del glicocalix es que además de las funciones obvias de lubricación, de permitir un espacio para mantener la estructura de la célula o los órganos o para organizar el agua y los nutrientes es que se trata de un código de información ¿Alguien ha dicho código? Cuando hablamos de códigos atraemos a personas muy inteligentes a los que les gustan los retos. De repente lo aburrido se vuelve atractivo. Hoy en día, biólogos moleculares, de sistemas y computacionales están estudiando los códigos de azúcares, lo que se ha venido llamando el glucidoma, para comprender un nuevo lenguaje.

Y como siempre, el origen está en la membrana de las bacterias. En las bacterias más primitivas, las arqueobacterias, además de la membrana plasmática, en el exterior tienen una pared celular constituídas de capas S de glucoproteínas, pseudopeptidoglicano o polisacáridos. En las eubacterias, la pared celular se compone de peptidoglicano que actúa como una malla que evita que la presión osmótica interna de la bacteria descomponga la membrana plasmática. Estas paredes celulares son estructuras organizadas, con límites definidos. Además, pueden tener un glicocalix que no tiene límites definidos y se deforma con facilidad. Además, pueden exudar materiales poliméricos para crear biopelículas.

Fig. 5. Material exudado polimérico extracelular compuesto por proteínas y carbohidratos producidos por las bacterias en 1 la pared celular, 2  el glicocalix o 3 la biopelícula (biofilm) son un material exudado polimérico extracelular. Este material también está producido por células eucariotas las epiteliales de las superficies mucosas. Fuente

La primera vez que la humanidad se dio cuenta que nuestra herencia estaba escrita en el ADN fue en 1944, precisamente estudiando el glicocalix de Streptococcus pneumoniae. Recientemente, hemos descubierto el primer sistema de memoria colectiva estudiando las biopelículas de Pseudomonas aeruginosa. De esa manera, estamos descubriendo que ese glicocalix es algo más que una película mucosa de glucoproteínas.

 
Las propiedades del glicocalix, que se estudian en las células y tejidos humanos, se exhiben, por tanto, en bacterias y en comunidades de bacterias como las biopelículas. El glicocalix es ese espacio de glucoproteínas y glucolípidos que sirve para mantener hidratadas a las células, que canaliza los nutrientes, que sirve como una especie de columna vertebral mucosa para el soporte de las membranas, contribuye al reconocimiento, comunicación y adhesión entre células. Los distintos tipos de glicocalix sirven también para identificar a una comunidad de células y así diferenciar lo propio de lo ajeno.

Las bacterias surgen hace 4000 millones de años y los seres pluricelulares, como nosotros, aparecen hace solo 1000 millones de años. Las tres cuartas partes del tiempo de evolución del glicocalix se dio exclusivamente en bacterias protozoos. Ese mecanismo de adhesión y reconocimiento entre células, con todo lo que ello implica: memoria, comportamiento social, diferenciar lo propio de lo ajeno, estaba ya listo antes de la aparición de organismos pluricelulares. En este momento, el glicocalix sirvió para guiar el movimiento de las células que empezaban a dividirse en linajes para que se agrupasen en tejidos.

Hoy en día, la medicina está comprobando que incorporar al glicocalix en nuestro mapa conceptual del cuerpo humano es imprescindible para entender múltiples procesos: la inmunidad de la infección, como defendernos del cancer, las enfermedades cardiovasculares, la compatibilidad de los transplantes o los defectos en el desarrollo embrionario.

Guerras en el interior de la frontera

El interior de la membrana, en el espacio llamado citoplasma, se comienza a librar una batalla por el territorio. Virus queriendo replicarse en lo que era su antigua sopa biológica. La nueva entidad, la arqueobacteria, tratando de defenderse de los intrusos. Como en todo conflicto, surgen armas, defensas y estrategias de lucha.

El hecho de que los virus depredan o parasitan a la célula motivó una presión selectiva que hizo que las células desarrollasen sus sistemas de defensa. Las bacterias se defienden, básicamente, con dos sistemas inmunológicos, al igual que los humanos, un sistema inmunológico inespecífico, que comprende cápsulas mucosas, bombas de eflujo y las enzimas de restricción que destruyen el ADN de los virus que tratan de entrar en su interior y un sistema inmunológico adaptativo, esto es, que tiene memoria de infecciones pasadas. Se trata de los sistemas tipo CRISPR-Cas9 de los que hablaremos más adelante. 

Los virus básicamente hacen dos cosas: o entran en el interior y aprovechan para hacer copias de si mismos y escapar de esa célula agotada para infectar a otras células, o integran su ADN en el de la bacteria hospedadora. Para permanecer en el interior de ese espacio que no es suyo los virus desarrollaron el egoismo. El sistema en el que se basa su egoismo se le llama "Sistema toxina-antitoxina". 

Video 3. Sistemas toxina-antitoxina: el egoísmo hecho sistema biológico. Fuente: Actuaciencia

O mía o de nadie: el egoísmo hecho sistema biológico

Los virus rechazados por los sistemas inmunes de las arqueobacterias desarrollaron estrategias para controlar a aquellas ingratas que nos se dejaban dominar. Hay sistemas sociales que tienen semejanzas con este tipo de sistemas toxina-antitoxina. Por ejemplo la pertenencia a: mafia, determinadas sectas, partidos de extrema derecha o extrema izquierda, grupos terroristas... Todos lo hemos visto en las películas: una vez que entras en la mafia no puedes salir, lo mismo con los grupos terroristas. Una vez estás dentro la única salida del grupo es la muerte. 

Los virus que se integraban en el genoma del virus o que permanecían en el interior de la célula como un minigenoma circular, los llamados plásmidos, tenían dos genes, uno al lado de otro. El primero codificaba para un veneno para la célula, el otro codificaba para una antitoxina. Esta antitoxina podía ser de dos tipos, o bien un ARN que impedía que el veneno se formase o bien podía codificar para otra proteína que al unirse al veneno lo inactivase. El truco reside en la vida media del veneno y de la antitoxina. El veneno, como molécula, tiene una vida larga. Se produce tarde bastante tiempo en degradarse. En cambio la antitoxina, como molécula, tiene una vida corta. Hay que estar produciendo nuevo antitoxina todo el tiempo. Pero para producirlo, la célula tiene que tener los dos genes del virus: el de la toxina (veneno) y el de la antitoxina. En en video 3 se observa el caso en el que una célula al dividirse una de las células hijas lleva el plásmido y la otra carece de él. Lo que ocurrirá es que la célula en la que no va el plásmido acabará muriendo al no tener gen que produzca la antitoxina, cuando esta se acabe, no habrá molécula capaz de inactivar al veneno que ahora matará a la célula libre del virus parásito.

Este sistema toxina-antitoxina no solo es un mecanismo de egoismo muy elegante, sino que además, ese sistema permite el siguiente paso de la evolución: el de la multicelularidad, en donde unas células se aprovechan de las otras. No me canso de recordar, los humanos no somos más que protozoos que se aprovechan de un cuerpo multicelular... nosotros, nuestro cuerpo es un cadaver, la única parte viva de nosotros son aquellos protozoos unicelulares que llamamos espermatozoides u óvulos que encuentran a su complementario para formar el nuevo individuo. Me explico, yo, como individuo cuando tenga alrededor de 90 años me estaré muriendo si no me he muerto antes. Las únicas células mías que pervivirán en el tiempo han sido dos de mis espermatozoides que encontraron un óvulo y a partir de ahí ese nueva célula con dotación cromosómica 50% proveniente de mi espermatozoide y 50% proveniente de ese óvulo seguirán con vida hasta que su célula sexual pueda encontrar otra célula sexual y generar la tercera generación, lo que llamamos niet@. 

El sistema toxina-antitoxina MazEF, por ejemplo, se encuentra en E. coli y otras bacterias (Mochizuki et al. 2006). Cuando en el medio hay escasez de alimento, en concreto escasez de aminoácidos, este sistema conduce a la bacteria a la muerte. En una población de bacterias E. coli habrá un número de ellas que se suiciden y liberen al medio los contenidos del interior de esa membrana que los acaparaba, para ser absorbidos por células de E. coli vecinas. Este es un mecanismo de altruismo en el que la muerte de algunas evita la muerte de todas. En el fondo, es lo que resume la vida de los humanos. Desde un punto de vista exclusivamente biológico vivimos exclusivamente para dejar a esos dos protozoos que nos van a sobrevivir en condiciones de tener éxito en la vida.​

BIBLIOGRAFÍA

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Mruk I, Kobayashi I. To be or not to be: Regulation of restriction-modification systems and other toxin-antitoxin systems. Nucleic Acids Res. 2014;42(1):70-86.

Wen Y, Behiels E, Devreese B. Toxin-Antitoxin systems: Their role in persistence, biofilm formation, and pathogenicity. Pathog Dis. 2014;70(3):240-9.

Mochizuki A, Yahara K, Kobayashi I, Iwasa Y (2006). Genetic Addiction: Selfish Gene's Strategy for Symbiosis in the Genome». Genetics 172 (2): 1309-23. PMC 1456228. PMID 16299387. doi:10.1534/genetics.105.042895.

Para saber más: 

Propiedades de la membrana plasmática (y ejercicios)

La penicilina hace que las bacterias exploten

Diferenciar las eubacterias en dos bloques: tinción de Gram

Sistemas toxina-antitoxina: maquinarias para secuestrar las poblaciones infectadas

Glicocalix: donde el individuo comprende que no está solo

O mía o de nadie: el egoísmo hecho sistema biológico

Parches de lípidos en la membrana externa de E. coli

Imagen de microscopía de una Escherichia coli viva. Se observa unos parches de naturaleza lipídica en medio de una malla de proteínas densamente empaquetadas. Fuente: Benn et al. UCL. 

Para saber más:

https://www.eurekalert.org/multimedia/804728

Cistitis recurrentes en ancianos y bacterias sin pared celular

Existen dos grandes tipos de bacterias, las más antiguas, las arqueobacterias, que viven en sitios extremos como aguas termales. Estas bacterias son los primeros seres vivos con membrana plasmática que existieron en el planeta Tierra. Por eso todavía viven en aquellos lugares que asemejan a como era el planeta hace 4000 millones de años. El otro gran grupo es el de las eubacterias, o bacterias verdaderas, es decir, aquellas que causan problemas a los humanos. Como somos tan antropocéntricos las llamamos verdaderas :)

Las eubacterias, a diferencia de las arqueobacterias, están rodeadas de una malla de peptidoglicano. Esta malla les proporciona una protección porque su interior tiene presión, como los neumáticos. La función de esta malla es evitar que la presión interna celular haga explotar.

Las bacterias cuando se dividen tienen que ir aflojando la malla para poder crecer y al mismo tiempo tienen que crear más malla y anudarla para evitar que la presión interna les haga explotar. Los antibióticos tipo penicilina impiden que se anude la nueva malla. Esto hace que la presión interna haga explotar a la bacteria. Así es como funcionan estos antibióticos.

A la izquierda, bacterias creciendo en presencia de penicilina. A la derecha bacterias creciendo sin penicilina ¿Se ve la diferencia?

Lo normal es que todas las eubacterias tengan esa pared celular formada principalmente por la malla de péptidoglicano, pero como siempre en biología, existen eubacterias que por ciertas circunstancias pueden carecer de la pared celular de peptidoglicano, son las llamadas formas L porque se descubrieron en el Instituto Lister de Londres.

¿Qué es una forma L? son bacterias sin pared celular. Algunas bacterias Gram negativas pueden convertirse a Formas L en medios con osmolaridad normal o fisiológica.

Investigadores del Hospital Newcastle Freeman encontraron cepas de E. coli, Enterococcus, Enterobacter y Staphylococcus en cistitis de pacientes ancianos con infecciones recurrentes.

A continuación, las cultivaron en el laboratorio y procedieron a grabar en video cómo se comportaban frente a antibióticos que atacan la pared celular como las penicilinas y derivados. Se podía ver como en presencia del antibiótico las bacterias carecían de pared celular y que solo cinco horas después de haber sido obtenidas del paciente comenzaban de nuevo a fabricar una pared celular.

Infectaron con estas bacterias peces transparentes, los famosos peces cebra, y observaron el mismo fenómeno. De esa manera, comprobaron que lo que se había observado in vitro también ocurría in vivo. En la fotografía laboratorio de cría de peces cebra

Las formas L son muy delicadas. Las bacterias en forma L no podrían sobrevivir en personas sanas ya que las defensas de su organismo atacarían a estas bacterias más vulnerables. Sin embargo, en ancianos o individuos inmunodeprimidos la reacción defensiva no sería suficiente para acabar con todas. Por eso, bajo las conclusiones del estudio, es importante utilizar nuevas estrategias en este tipo de pacientes. Por ejemplo, utilizar un tratamiento formado por dos fármacos, un antibiótico dirigido a la pared celular, que estimularía que pasaran a forma en L, y otro que terminara de fulminar a los microbios debilitados que quedaran después.

También es importante tener en cuenta este hallazgo de cara al diagnóstico, pues han descubierto que las bacterias en forma de L estallan y desaparecen por el efecto del gel empleado en las técnicas de diagnóstico empleadas normalmente en el hospital, de modo que se formarían falsos negativos.

Referencia:
https://www.nature.com/articles/s41467-019-12359-3

OMVs en el Hospital Nueva Aurora de Quito

Conexión entre los plásmidos y los virus

Encuentran una conexión entre los plásmidos y los virus. Hay un plásmido que puede utilizar vesículas de membranas como medio de difusión entre bacterias

https://www.nature.com/articles/s41564-017-0009-2

¿Qué es lo que hace que las bacterias produzcan vesículas de membrana?

Fig. 1.  Modelo de liberación de las SOMVs basado en resultados proteómicos. Las SMOVs se liberan de la membrana externa en áreas en donde las proteínas o los complejos proteicos casi no están presentes (rojo) o en áreas con poca actividad transglicosilasa ya que este tipo de enzimas unen la membrana externa a la capa de peptidoglicano y la membrana interna. Es por ese motivo que PorA, PorB, RmpM, PilQ, Slt, MltA y MltB estan poco presentes en las SOMVs, en cambio, están enriquecidas en otro tipo de proteínas de membrana externa como son las proteínas inhibidoras de complemento y los autotransportadores (verde). Fuente.

 

Todavía no se ha encontrado una simple mutación que elimine por completo la liberación de vesículas de membrana, aunque varios genes si afectan a esta función cuantitativamente. Las condiciones de crecimiento afectan a las vesículas de membrana. La producción de vesículas aumenta en algunas especies por falta de alimen to, en otros por crecer en medio rico. El estrés de la membrana por la ruta σE estimula el proceso debido a que se hiperacumula proteínas del periplasma en ciertos mutantes. También hay que decir que desde que la colonización de los tejidos del hospedador es algo estresante no sorprende que se encuentren OMVs in tejidos infectados por bacterias.
Lo más sorprendente de toda esta historia de las bacterias es que la imagen que teníamos de ellas era de unos sacos rígidos debido a la presión interior, algo así como neumáticos bien inflados. La plasticidad de la membrana bacteriana se ha demonstrado gracias no sólo a la liberación de OMVs sino también a la formación de vesículas “endocíticas".
Las bacterias usan esta plasticidad para manipular el mundo a su alrededor. Una membrana es algo más que una barrera y puede ser un orgánulo activo. Tenemos aquí, en esta historia de las vesículas, un medio de comunicación de las bacterias, entre ellas y con sus hospedadores. Como ocurre con la mayoría de las cosas, no están ahí por nada.
BIBLIOGRAFIA
Lappann M, Otto A, Becher D, & Vogel U (2013). Comparative Proteome Analysis of Spontaneous Outer Membrane Vesicles and Purified Outer Membranes of Neisseria meningitidis. Journal of bacteriology, 195 (19), 4425-35 PMID: 23893116


Fernández-Moreira, E., J.H. Helbig and Swanson M.S. 2006. Inhibition of Phagosome Maturation by Legionella surface Glycoconjugates. Infect. Immun. Vol. 74, 6: 1-11.


Seeger EM, Thuma M, Fernandez-Moreira E, Jacobs E, Schmitz M, Helbig JH. 2010 Lipopolysaccharide of Legionella pneumophila shed in a liquid culture as a nonvesicular fraction arrests phagosome maturation in amoeba and monocytic host cells. FEMS Microbiol Lett. 307(2):113-9.


Rumbo C*, Fernández-Moreira E*, Merino M*, Poza M, Mendez JA, Soares NC, Mosquera A, Chaves F, Bou G. 2011. Horizontal transfer of the OXA-24 carbapenemase gene via outer membrane vesicles: a new mechanism of dissemination of carbapenem resistance genes in Acinetobacter baumannii. Antimicrob. Agents Chemother. 55(7):3084-90.

¿De qué están hechas las vesículas de membrana externa?

Fig. 1. OMVs liberándos de una E. coli enterotoxigénica. Se obtuvieron del intestino delgado de ratón 2 horas después de inoculación intragástrica. EM realizada por Amanda McBroom. Fuente.

Un trabajo reciente, ha determinado qué proteínas forman las OMVs que libera el meningococo. Para esto los autores utilizaron OMVs sin estresar las células y purificándolas por gradiente de densidad. En este punto hay que considerar que muchos investigadores que utilizan distintas técnicas para estresar las células y así aumentar la cantidad de vesículas. De hecho llegan a tener distintos nombres como SOMVs que significa OMVs espontaneas, o DMOVs para las que son tratadas con detergente y NOMVs para las vesículas “nativas” inducidas por quelación (utilizando metales). Os cuento esto para que os deis cuenta no todas las OMVs son iguales y que hay que tener cuidado con el método de extracción a la hora de comparar resultados de distintos laboratorios.
En este trabajo en particular los investigadores compararon las SOMVs de meningococo con preparaciones de la membrana externa de esta bacteria. Utilizaron espectrometría de masas avanzada. Lo que mostraron es que las SOMVs muestran un subconjunto de proteínas de la membrana externa y del periplasma. Las SOMVs estaban enriquecidas en 45 de las 61 proteínas encontradas en la membrana externa y carecían de 9 de ellas. También contenían 20 de las 28 proteínas periplásmicas conocidas. Curiosamente se encontraron también proteínas del citosol, siendo el 30-40% de todas las proteínas de las SOMVs. ¿Por qué?. Es algo que queda para la especulación.
Entre los constituyentes más abundantes de las OMVs encontraron proteín regulatoras, auotransportes, proteínas implicadas en la adquisición del hierro y el zinc, dos componentes de sistemas de secreción. Algunas de esas proteínas están relacionadas con la adhesión al hospedador y formación de biofilms. ¿Y cuáles fueron las ausencias más sonadas? Pues las normalmente abundantes porinas A y B, también las proteínas que conectan la membrana externa con la capa de peptidoglicano o a la membrana interna (RmpM, PilQ y MtrE). Faltan tambien las transglicosilasas líticas (MltA, MltB y Slt), enzimas encargadas de recolocar el peptidoglicano. Conclusión: las OMVs se forman en áreas en donde hay poca unión a la capa de peptidoglicano, es decir, menos restrictivas para la formación de burbujas de membrana externa.

Fig. 2. Esquema del análisis proteómico llevado a cabo. Las vesículas de membrana externa se obtuvieron por cloruro de litio-litio acetato a 45ºC. Se centrifugaron en gradiente de densida para reducir la contaminación con fracciones de citosol y membrana externa. Se marcaron con ¹⁵N y se digiriron para someterlas a RPLC cromatografía líquida de fase reversa y se analizaron por  de alta resolución Fuente.

Las vesículas de membrana están de moda, están de moda, están de moda

Foto de microscopía electrónica de transmisión de vesículas de membrana de Acinetobacter baumannii. Autor Esteban Fernández Moreira.

Las bacterias han desarrollado una panoplia de tácticas de comunicación para mantener relaciones sociales, o antisociales, con prácticamente casi cualquier ser vivo. Para ello utilizan pequeñas moléculas, que son activas sólo a ciertas concentraciones críticas, vamos, lo que se suele llamar “quorum sensing”, es decir, la capacidad de que la población de bacterias se de cuenta colectivamente de que han alcanzado cierto número de individuos. También construyen pili, es decir, puentes, para traslocar DNA, y también exportan proteínas a través de más de media docena de sistemas de secreción. Cada una de esas estrategias requiere sus propios mecanismos y su propia demanda de energía. Secretar proteínas libremente al ambiente es una forma de derrochar energía ya que solo algunas moléculas serán capaces de alcanzar el blanco que persiguen. Para aumentar sus posibilidades de éxito, algunas bacterias buscan deliberadamente el contacto entre donantes y recipientes, otras “empaquetan” las moléculas en estructuras especializadas como son las vesículas de membrana.
Muchas bacterias Gram-negativas producen a partir de sus membranas externas, quizás lo sean la mayoría. Estas pompas que se liberan de la membrana externa se llaman en inglés “outer membrane vesicles (OMVs) y son esferas de entre 20 a 200 nm de diametro, formadas por la evaginación de pequeñas porciones de la membrana externa que como si fueran pompas de jabón se liberan al ambiente. Las OMVs tiene una doble membrana formada con las proteínas, lípidos y lipopolisacáridos (LPS) típicos de la membrana externa de las bacterias Gram-negativas y llevan en su interior basicamente proteínas del periplasma. Mientras que los detalles de la vesiculación de las OMVs todavía permanecen sin explicación en este artículo tenemos unos resultados que puede que sirvan de ejemplo: la molécula PQS (2-hetil-3-hidroxi-4-quinolona) de señalización de Pseudomonas aeruginosa estimula la formación de OMVs induciendo la curvatura de la membrana a través de su interacción con el LPS.
La historia de la investigación sobre las OMVs ha dependido, como siempre, del tipo de formación del investigador. Los genetistas se han preguntado acerca de su participación en la transferencia horizontal de genes, los fisiólogos querían saber de qué estaban hechas y cómo ocurría su formación, los investigadores que estudian la patogenicidad querían ver como afectaban a las células del hospedador. Recientemente han aparecido algunas revisiones que se pueden encontrar aquí, y aquí. Incluso hay una revisión para principalmente eucariotas International Society for Extracellular Vesicles



Beneficios que proporcionan las vesículas para las bacterias (y también para nosotros)
Las OMVs podrían ser buenas o malas para las bacterias según se mire. Por ejemplo, las OMVs pueden absorber fagos, que son virus de las bacterias, y eso es bueno para ellas, pueden unir el sistema de complemento del sistema inmune, y antibióticos, y eso es bueno para ellas, así como ayudarlas a la formación de biofilm (esa película de suciedad que tienen las cosas cuando no se lavan y están húmedas). La formación de vesículas les permite a las bacterias eliminar antibióticos y también deshacerse de proteínas mal plegadas. Se pueden pegar a los “lipid rafts”, es decir, a los parches de la membrana de la célula eucariota ricos en grasas y muy fluídos y así liberar su contenido en el interior de las células humanas, por ejemplo.
¿Y para nosotros?, bien, para nosotros son una fuente de vacunas francamente útil. Hay que pensar que las proteínas de la membrana externa de las bacterias están perfectamente colocadas en las vesículas con lo cual si entran en contacto con nuestro sistema inmune lo van a ejercitar de forma correcta para deshacerse de los patógenos. Lo único que hay que hacer es preparar vesículas que no tengan el LPS tóxico (el LPS es el que dispara los procesos febriles en humanos). Estas vesículas acelulares suelen ser bastante estables y protegen a su cargamento de proteasas y otros agentes destructivos. Este tipo de vacunas, basadas en OMVs, al ser acelulares están libres de los problemas asociados con las vacunas vivas o incluso con las atenuadas. Las vesículas son más pequeñas que los filtros de 0.22 um, los cuales eliminan al 100% de las bacterias. Por este motivo no es de extrañar que ya se hayan administrado 60 millones de dosis de vacunas basadas en la vesículas del meningococo, que han sido administradas desde 1970 y se ha probado que son eficaces para al menos el 70%, aunque no para todas las cepas de meningococo.

¿Qué ocurre en nuestras narices?:Análisis de microarrays en biofilms de Neisseria

Tratan de establecer si los biofilms de Neisseria meningitidis crecidos, en un aparato de cultivo continuo “sorbarod” o en cultivo estático, podrían mimetizar a los biofilms que se forman y colonizan el epitelio humano.

Se utilizó un microarray de dos colores en donde se marcó con Cy3 el DNA genómico de una cepa tipo de N. meningitidis.

Por resultados previos los autores sospechan que tiene que haber una represión de los genes responsables de la producción de los azucares (LOS) que rodean la membrana externa de la célula para que se forme el biofilm.

Trabajan con dos cepas, una cepa tipo y una cepa mutante para la formación de LOS y las hacen crecer en dos tipos de cultivos, con flujo de nutrientes y en cultivo estático. Comprueban que se forman biofilms en estos cultivos por tinción violeta cristal y cuantificando con un espectrofotómetro. De esta manera se igualan las muestras. Posteriormente se extrae mediante un kit comercial el RNA. Las muestras de RNA se cuantificaron con el Nanodrop y se confirmaron mediante electroforesis. Se marcó el RNA y el DNA. El microarray se hizo siguiendo el protocolo disponible en la página del grupo de Microarrays bacterianos ( BµG@S) http://bugs.sgul.ac.uk/bugsbase/tabs/array.php?design_id=24&action=designs

Cada array se co-hibridó con una de las muestras problema marcadas con Cy5 y con el DNA genómico de la cepa tipo (control universal). Los microarrays se escanearon con GenePix-4000B y se analizaron con GenePix Pro 6.0. Los análisis estadísticos se llevaron a cabo con Genespring GX 7.3. Los ratios log-transformados fueron normalizados por la técnica de LOWESS usando un 20% de los datos para suavizar.

Los datos recolectados a partir de 5 réplicas del mismo experimento se trataron de la siguiente forma: los ratios log-transformados de las muestras recolectadas a las 48h renormalizaron a el valor de la mediana que se calculó de las muestras a tiempo 0, lo que dió un un ratio T48/T0. Los genes expresados diferencialmente se seleccionaron usando un test t-Student con un valor p = 0.01. Los resultados del microarray se validaron utilizando una RT-PCR cuantitativa.

El objetivo de este estudio era hacer un análisis transcripcional de los genes de N. meningitidis en biofilms ya que la bacteria se encuentra en la cavidad nasofaringea como comensal en este estado. Observaron que como sospechaban los genes asociados a la formación de cápsula estaban más reprimidos en los biofilms de la cepa salvaje. El resultado estrella fue observar que los genes que codifican para proteínas que se encuentran en las vesículas de membrana externa (son unas vesículas de entre 50 y 200 nm que se liberan de la membrana externa de las bacterias Gram-negativas al medio) están sobrexpresadas en los biofilms maduros. Esto es un dato muy interesante porque algunas de estas proteínas son actualmente consideradas los constituyentes más prometedores de las vacunas propuestas para la enfermedad causada por los meningococos serogrupo B.

Referencia:

Meningococcal biofilm growth on an abiotic surface - a model for epithelial colonization?

O'Dwyer CA, Li MS, Langford PR, Kroll JS. Microbiology. 2009 Jun;155(Pt 6):1940-52. 2009  

Esta publicación se ha realizado con un microarray generado por el grupo BµG@S, que es un servicio del The Bacterial Microarray Group at St George's (BµG@S) facility.

Vesículas de membrana: defensa y arma bacteriana

Como se puede leer en este artículo (Offense and defense: microbial membrane vesicles play both ways), las vesículas de membrana que se liberan de la membrana externa de las bacterias Gram negativas (por ejemplo E. coli) pueden servirle a la bacteria como mecanismo de defensa y ofensivo también

E. coli enterotoxigénica aislada de una infección. Las fotografías proceden de microscopía electrónica de escaner de una cepa ETEC recuperada del intestino delgado de un ratón dos horas después de inoculación intragástrica. (Cortesía de Amanda McBroom.)