domingo, 17 de abril de 2011

Soporte genético, el futuro de la información


Publicado hoy por Javier Yañez en Público

Puede que el biólogo y magnate de la genética J. Craig Venter haya conseguido emular a Dios o hackear la naturaleza, como tantas veces se ha cacareado desde que el estadounidense lograra, hace casi un año, reiniciar una célula vacía con un genoma sintético. Pero otra cosa muy distinta, que ni alguien tan poderoso como Venter podría soñar, es burlar los derechos de autor. Su atrevimiento fue citar a James Joyce en el ADN de su bacteria frankenstein. Y la respuesta del heredero del escritor, reclamar por uso ilícito.

El ADN consta de un código de cuatro letras que la maquinaria celular lee de tres en tres. Cada una de las 64 combinaciones posibles codifica, con redundancias, uno de los 20 aminoácidos de las proteínas. Dado que los aminoácidos se abrevian con una letra, con esos 20 caracteres y reemplazando los restantes se puede convertir cualquier texto a una cadena de A, T, C y G.

Craig Venter insertó frases de Joyce y Feynman en el ADN de su bacteria

Con estas reglas, y a la hora de diseñar el cromosoma artificial para su bacteria, Venter insertó marcas de agua, unas secuencias chivato para distinguir su ADN del original. En estas etiquetas genéticas incluyó tres citas de personajes célebres que ilustran el espíritu del proyecto. Una de ellas pertenece al físico Richard Feynman: "Lo que no puedo construir, no lo puedo entender". Otra se extrajo de Retrato del artista adolescente, la novela de inspiración autobiográfica de James Joyce: "Vivir, errar, caer, triunfar, recrear la vida a partir de la vida".
Erratas y protestas

El proyecto triunfó y la bacteria de Venter vive. Pero el científico ha reconocido en una conferencia en Austin (EEUU) que su elección de citas no fue muy afortunada, según relató el periodista David Ewalt en su blog de Forbes. La primera sorpresa llegó por carta con remite de Caltech, el instituto tecnológico californiano donde Feynman acuñó su frase. La misiva contenía la prueba de que la cita era errónea: una foto de la pizarra en la que el Nobel había escrito, blanco sobre negro, "lo que no puedo crear, no lo entiendo". Venter confesó que había tomado la cita de internet.

Científicos chinos creen que se podrán almacenar incluso vídeos en una célula

El segundo disgusto lo provocó Stephen Joyce, nieto del autor de Ulises, al transmitir a Venter su "decepción" por el uso no autorizado de la cita. Por fortuna, según comunicó el Instituto J. Craig Venter, parece que el berrinche no llegará a los tribunales. En cuanto al error de Feynman, "se corregirá en la célula sintética", aseguró la entidad.

Pero más allá de la anécdota, ¿es el ADN un soporte viable para almacenar información? El biólogo y divulgador Carl Zimmer alerta de que, con el tiempo, las mutaciones irán alterando el mensaje hasta dejarlo "irreconocible". "La evolución es el gran enemigo", advierte en su blog. Además, se necesitaría un sistema más complejo de encriptación que comprendiera no sólo el alfabeto entero, sino cualquier información digital.

Un equipo de investigadores ha afrontado estos retos. En la última edición del concurso de biología sintética iGEM del Instituto Tecnológico de Massachusetts, científicos de la Universidad China de Hong Kong presentaron un sistema que traduce cualquier texto, previa conversión en caracteres ASCII, a un formato cuaternario que se transforma en una secuencia de ADN y finalmente se comprime. La cantidad de material genético que una bacteria puede albergar es limitada, pero si el texto es largo basta con aumentar el número de bacterias. Por ejemplo, la Constitución Española se codificaría en 139.262 bases (las letras del ADN) repartidas en 175 bacterias, un número insignificante. Los autores apuntan que un gramo de células guardaría la misma información que 450 discos duros de 2.000 gigabytes.

¿Suena a ciencia ficción? El trabajo demuestra que "los principios fundamentales son factibles", dijo a AFP el director del trabajo, Chan Ting Fung. Aldrin Yim, uno de los creadores del sistema, predice que "será posible guardar grandes cantidades de datos a largo plazo en una caja de bacterias en la nevera". Y no se refiere sólo a textos, sino a cualquier archivo digital binario. Los científicos atisban un futuro en el que las bacterias conservarán imágenes, música o vídeos, que podrán reproducirse con un equipo que extraiga el ADN, lo secuencie y lo descodifique. "Y las bacterias no se pueden hackear", afirman. Pero eso sí: los derechos de autor se seguirán aplicando.

martes, 12 de abril de 2011

Los virus que parasitan bacterias (vídeo en portugués)

Fantástico vídeo

La "bacteria feliz" en portugués

Me ha encantado este video.

Microorganismos "comecarne"


Fue en febrero del año 2000 cuando los médicos diagnosticaron a este guardia de seguridad Mark Tatum de 45 años murcormicosis, una extraña infección provocada por este hongo.

A gran velocidad, se extendió por los vasos sanguíneos de la cara bloqueando el flujo hacia la nariz, la boca y el cerebro.

Frente a la opción de esperar a morir, los médicos le sometieron a una delicada operación para extirparle los órganos de la cara y casi todo el rostro. Sin ojos ni boca, alimentado por un tubo, y medio paralizado por los infartos cerebrales, Tatum volvió a su hogar donde se recluyó sin querer que nadie lo viese. El laborioso proceso de la prótesis facial de silicona que le ha devuelto a la vida comenzó con la creación del paladar en la parte que fue su boca. Tenia prótesis, ojos de cristal y cejas injertadas de su cabello. Finalmente murió en el año 2005 .

La bacteria comecarne vuelve a hacer de las suyas


El estreptococo es una bacteria totalmente normal de la faringe, y de la piel. El tipo tuvo la mala suerte de sufrir una fascitis necrosante, que es una de las complicaciones mas graves, pero mas infrecuentes de esta bacteria. Todos, y repito, TODOS hemos tenido alguna ves una lastimadura o un grano, que tenga pus... bueno, eso es seguramente por S. pyogenes. Ahora la pregunta es ¿Por qué se desarrolla este tipo de complicación en algunas personas?. La pregunta se contestará en próximas entregas...

Superbacterias flotan en las aguas de Nueva Delhi

Artículo de María Valerio, publicado hoy en el diario El Mundo

Fotografía de microscopía electrónica de una bacteria Escherichia coli. Los colores que se observan son "artificiales" generados por ordenador para que la foto se entienda mejor. Por ahora, el microscopio electrónico sólo distingue blancos, negros y grises.


La bautizaron como NDM-1 por su origen en Nueva Delhi y ahora la ciencia vuelve a mirar a la gran urbe india para advertir sobre los riesgos de esta nueva mutación capaz de conferir resistencia a los antibióticos de un amplio número de bacterias. Los mismos autores que ya alertaron de su aparición hace unos meses acaban de demostrar que estas 'super cepas' campan a sus anchas en el agua de la capital india.

El gen NDM-1 (siglas de metalo-beta-lactamasa de Nueva Delhi) fue descubierto en agosto de 2010 por un grupo de científicos británicos. Se trata de una mutación que permite a numerosas bacterias zafarse de la acción de los antibióticos más comunes y eficaces.

Hasta ahora, las bacterias resistentes se habían descubierto en viajeros occidentales que se habían sometido a algún procedimiento quirúrgico en la India o en otros países (de los Balcanes, por ejemplo), incluido un caso en España.

Sin embargo, como publica esta semana la revista 'The Lancet' el mismo equipo dirigido por Timothy Walsh (de la Universidad de Cardiff) ha demostrado que las bacterias NDM-1 están ampliamente presentes en varios suministros de agua a 12 kilómetros a la redonda de Nueva Delhi, lo que aumenta la probabilidad de otras formas de contagio diferentes a la hospitalaria. Por ejemplo, mediante el consumo de agua contaminada. Esto explicaría, añaden, los casos de bacterias resistentes descubiertas en algunos viajeros occidentales que no habían pisado ningún hospital en la India.

Walsh y su equipo (acompañados por reporteros de la cadena de televisión Channel 4) recogieron cientos de muestras de agua, tanto del grifo, como de otras fuentes callejeras (como filtraciones, riachuelos y depósitos). El gen NDM-1 se localizó en dos de las 50 muestras tomadas del grifo y en 51 de las 171 tomadas de la calle.

En total, esta nueva forma de resistencia a los antibióticos estaba presente en 14 especies de bacterias diferentes, algunas de las cuales nunca hasta ahora habían dado muestra de esta mutación. Y especialmente preocupa a los investigadores su hallazgo en patógenos causantes del cólera y la disentería, lo que puede tener importantes implicaciones de salud pública en una ciudad con graves dificultades en el acceso al agua corriente.

De hecho, en un editorial en la misma revista, Mohd Shahid, de la universidad Aligarh Muslim (en la India), reconoce las importantes implicaciones de este hallazgo en un país donde 650 millones de personas carecen de agua corriente. Aunque también recomienda la necesidad de extender la vigilancia a los vecinos Paquistán y Bangladesh, donde se desconoce la extensión de esta nueva mutación-.

martes, 5 de abril de 2011

La resistencia a los antibióticos asusta mucho


La prensa anglosajona se hace eco del problema de la resistencia a los antibióticos. Ahora aparece una cepa de la bacteria Klebsiella en un hospital de North Carolina resistente a los antibióticos carbapenémicos, que son penicilinas sintéticas de última generación y en muchos casos la última barrera terapeutica contra las bacterias. Esto quiere decir que en caso de enfermar con una de estas Klebsiellas se te tienen que administrar otros antibióticos que generalmente son tóxicos para el hígado, por lo que no se emplean en clínica.