Elysia viridis o la importancia de ser simbiótica

Esta babosa de mar verde es uno de los ejemplos favoritos de Lynn Margulis para explicar la ubicuidad de los procesos simbióticos. Se trata de una babosa de mar que en la vida adulta no se alimenta pues su piel está cubierta de bacterias fotosintéticas que le proporcionan alimento. La babosa vive en aguas someras como una planta deslizante.
Un biólogo evolutivo ortodoxo diría que no se trata de un solo individuo sino de dos organismos independientes, cada uno de ellos con sus propios intereses, y tendrían razón.

Lecidea atrobrunnea and Acarospora contigua 20100827.1 Frazier Mtn., Los Padres NF, so. CA

Un organismo simbiótico típico son los líquenes, una asociación de bacteria fotosintética y hongo. Pese a que la unión de estos dos organismos es estrecha si por ejemplo ponemos un liquen en oscuridad permanente el hongo acabaría digiriendo las bacterias cuando éstas no pudiesen proporcionarle azúcares provenientes de la fotosíntesis. Por el contrario si sumergiésemos el liquen en agua, el hongo acabaría muriendo y las bacterias vivirían sobre sus restos. Dos organismos, dos estrategias de supervivencia distintas.

En este caso en concreto Margulis "explica" el origen de una especie nueva simbiótica mediante un conejo sacado de la chistera. ¿Es una auténtica explicación? realmente no, falta explicar el mecanismo, sin embargo la idea que propone me parece genial, altamente evocadora. Página 20 de su libro "Acquiring genomes": "Lichens do no survive persistent all-light or all dark conditions. So, too, they cannot live when the environment is entirely wet or entirely dry but require cycling between extremes. Change in the environment is essential to their survival [...] The cycles, the alternations between wet and dry and light and dark, are what maintain the living composite, the apparent individual" (Los líquenes no sobreviven en condiciones persistentes de todo luz o todo oscuridad. De la misma manera no pueden vivir en ambientes totalmente húmedos o totalmente secos. El cambio en el ambiente es esencial para su supervivencia [...] Los ciclos, la alternancia entre húmedo y seco y entre luz y oscuridad, son lo que mantiene el compuesto viviente, el individuo aparente).

El individuo aparente... es curioso, Margulis no se ha querido pillar los dedos y no ha hablado de una especie nueva, ha dicho "individuo aparente".

¿Estamos hablando de un mecanismo de especiación que crea especies nuevas, o por el contrario hablamos de consorcios que generan individuos aparentes? porque no es lo mismo. En este aspecto Neodarwinistas 1 Margulis 0.

Sin embargo su frase subrayada más arriba es muy sugerente. Dos genomas juntos para vivir en un ambiente de variaciones rítmicas. ¿Cuáles son los actores en este drama? ¿Hongo y bacteria por separados o juntos en una "nueva especie" llamada liquen?.

Ante ustedes la controversia científica en directo. ¡Señores pongan sus hipótesis y sus pruebas sobre la mesa!

Para conocer alguna opinión crítica con la obra de Margulis podéis leer el blog de Paleofreak con el que estoy totalmente de acuerdo.

http://paleofreak.blogalia.com/historias/70837

Aquí otra entrada todavía más crítica

http://paleofreak.blogalia.com/historias/46374

con la que vuelvo a estar de acuerdo en casi todo. Pero por cierto Paleofreak ¿De dónde sacas que para Margulis "tiene un concepto propio, personal, según el cual nosotros seríamos de la misma especie que los gorilas, o los caballos, o los ratones..."?

Es cierto que su concepto de especie es personal y no muy claro, pero ¿Dónde dice que hombres, caballos y ratones seamos de la misma especie?. Ya me lo aclararás delante de una cerveza

Acquiring genomes

¿Qué a veces Lynn Margulis puede ser una bocachancla (a big mouth)? si, es verdad, le gustan las frases rotundas, a veces peca de demagoga en su defensa de la teoría de la simbiogénesis. En este libro está más desatada que nunca. Obvia la prudencia para ir directa al grano. Hay que reconocerle, sin embargo, la valentía de exponerse de tal manera en un océano lleno de biólogos evolutivos dispuestos a la dentellada fácil a quien no se someta a la norma. Muchas de sus aseveraciones son precipitadas, pero tengo que decir que soy un gran fan de Lynn Margulis. Margulis que muchas de las incoherencias que encontraba en la biología después de sus explicaciones encajasen como si de una partida de Tetris se tratase. Una de las biólogas que más me han influido y más han abierto mi apetito por la biología.

Como hacer un bacteriófago de papel

http://www.ellenjmchenry.com/homeschool-freedownloads/lifesciences-games/documents/Cutandassemblevirusmodels.pdf

También se puede hacer en plástico con una impresora 3D

http://www.shapeways.com/model/452247/bacteriophage-t7-model.html

No es el Lactobacillus casei sino el marketing

Fuente: Scientia

Desde el blog Scientia nos aclara los trucos que hacen Danone y Hacendado para publicitar de manera engañosa sus yogures bebibles.
http://scientiablog.com/2012/06/18/la-verdadera-historia-del-actimel-ii-me-siento-enganado-por-danone/

Viene de antiguo aprovecharse de una noticia científica para darle a tu producto un reclamo del que antes carecía. Los yogures bebibles eran un producto más en el catálogo de Nestlé. Cuando se apuntaron al carro de lo probiótico sacando el Actimel consiguieron hacer de este producto una estrella, cobrándolo más caro, claro está, una cosa es que sea nutritivo pero si es que además mejora tu sistema inmune... eso ya es otra cosa y merece más  precio.

Lo cierto es que en la letra pequeña dicen que es la vitamina B6 la que mejora el sistema inmune. Estos yogures bebibles llevan el mínimo permitido para decir que llevan esta vitamina, así se zafan de la prohibición de asociar Lactobacillus casei con mejora del sistema inmune, cosa que no está probada y así siguen rentabilizando sus tremendas campañas publicitarias.

Cuando hago obras de teatro con niños y hablamos de bacterias siempre sale la palabra Actimel en todas esas conversaciones.

El grupo de Baquero en el Hospital Ramón y Cajal vio que la mayoría de las bacterias de los probióticos morían al entrar en contacto con un pH similar al del estómago. Algunas sobreviven, eso si, y esto puede ser importante para las personas que han eliminado su flora bacteriana después de un tratamiento intensivo con antibióticos. Estas bacterias supervivientes se encargarán de repoblar el intestino delgado y grueso. Sin embargo en personas normales con millones de millones de bacterias en su intestino, las pocas Lactobacillus que logren llegar intactas poca diferencia van a hacer en un colon saturado ya de bacterias.

El actual sistema económico mundial favorece las desigualdades sanitarias

Las asimetrías de poder, así como la forma poco sistemática de tomar decisiones a nivel mundial desarrollada desde la Segunda Guerra Mundial, están teniendo un efecto desastroso sobre la salud humana. Según los resultados de un informe publicados en 'The Lancet', se suman el creciente descontento de la población con un sistema económico mundial injusto que favorece a una muy pequeña élite con una gran riqueza a costa de la degradación ambiental y social que afecta negativamente a la equidad en salud.

Una comisión de la Universidad de Oslo, en Noruega, compuesta por 18 líderes en investigación y formulación de políticas de distintos campos, como la salud, las finanzas, el desarrollo, el medio ambiente, los derechos humanos y la política exterior, recogió pruebas durante dos años para examinar la forma en que la salud humana se ve afectada por el actual sistema de toma de decisiones a nivel mundial (gobernanza global). Estos especialistas recomiendan que la equidad en salud sea un objetivo de todos los sectores políticos, económicos y sociales. Tras señalar que la biomedicina ha aportado enormes beneficios a las personas, por ejemplo, un flujo continuo de nuevas vacunas eficaces, medicamentos y diagnósticos, este enfoque tecnológico por sí solo no puede hacer frente a las causas fundamentales de la inequidad en salud.

A su juicio, un sistema económico mundial fundamentalmente injusto que favorece a una pequeña élite con gran riqueza requiere que los responsables de la salud de la población adopten una agenda mucho más amplia para cambiar esta tendencia. Esta comisión identifica siete áreas en las injusticias políticas y económicas que afectan especialmente a la salud de la población: la crisis financiera global y las políticas resultantes de la austeridad, el conocimiento y la propiedad intelectual; tratados de inversión, seguridad alimentaria y las empresas transnacionales; la migración y la violencia armada.

Por ejemplo, la producción mundial de alimentos es suficiente para cubrir el 120% de las necesidades dietéticas globales, pero la disponibilidad de alimentos no se distribuye uniformemente. Según estos expertos, la seguridad alimentaria es una opción política y los intereses políticos corporativos están impidiendo la distribución equitativa de las fuentes de alimentos en todo el mundo, dando prioridad a la riqueza sobre la salud. Esta desigualdad no sólo afecta a los millones de personas que sufren desnutrición y escasez de alimentos, sino también el número cada vez mayor de individuos en países de todos los ingresos que sufren mala salud y muerte prematura por la sobrealimentación y la obesidad.

Según esta comisión, importantes disfunciones relevantes en la gobernanza mundial están obstaculizando gravemente las mejoras en los resultados de salud: déficits democráticos (la exclusión de la sociedad civil y las poblaciones marginadas de la toma de decisiones a nivel nacional y mundial); débil rendición de cuentas (medios adecuados para limitar el poder); procesos de toma de decisiones que no pueden adaptarse a las necesidades cambiantes de las personas, políticas inadecuadas para la salud (los problemas de salud son demasiado a menudo subordinados a otros objetivos, como el crecimiento económico y la seguridad nacional), y la ausencia de instituciones internacionales (por ejemplo, tratados y tribunales) para proteger y promover la salud.

A medida que la comunidad internacional negocia un programa mundial de desarrollo posterior a 2015, esta comisión sostiene que el actual sistema de gobernanza global para la salud debe reformarse. En concreto, lanza cuatro propuestas: la creación de una plataforma de múltiples partes interesadas sobre la gobernanza de la salud; la formación de un comité de seguimiento científico independiente para medir y monitorear el progreso en la superación de los determinantes políticos, económicos y sociales de los resultados adversos de salud; las evaluaciones de impacto de la equidad sanitaria de todas las políticas y las prácticas, y el fortalecimiento de los mecanismos existentes para proteger la salud y construir un compromiso a la solidaridad global y de responsabilidad compartida.

Según el jefe de la comisión, el profesor Ole Petter Ottersen, de la Universidad de Oslo, se necesita mucha más voluntad política para una reforma sustancial. "Ha habido grandes avances en la detección de enfermedades y el tratamiento de enfermos en el ámbito de la atención de salud en las últimas dos décadas. Pero sólo una pequeña proporción de la población mundial se ha beneficiado", lamenta.

A su juicio, estas "inaceptables desigualdades" para la salud dentro y entre los países no pueden abordarse desde el sector de la salud a través de medidas técnicas o en el ámbito nacional por sí solo. "Necesitamos urgentemente todas las políticas analizadas por su potencial impacto en la salud humana. Y eso requiere un acuerdo global en el que el crecimiento económico se dé en colaboración con la equidad en salud", afirma.

E. coli también fabrica gasolina

Utilizando técnicas de biología sintética, un equipo de científicos sur coreanos consiguió fabricar por primera vez gasolina sin necesidad de recurrir al petróleo. Sin embargo, lo más extraordinario es que, para ello, utilizaron una de las bacterias más estudiadas que vive entre las heces humanas y es responsable de gran cantidad de malestares estomacales. La bacteria Escherichia coli (E. coli) es responsable de muchos episodios de diarrea que las personas padecen. Sin embargo, ahora, gracias a los científicos del Instituto Avanzado de Ciencia y Tecnología (KAIST, por sus siglas en inglés) también se puede manipular y conseguir que trabaje a favor de la humanidad, produciendo combustible sin necesidad de recurrir a ningún tipo de combustible fósil. De esta manera, los científicos asiáticos manipularon la bacteria para crear gasolina perfectamente compatible con los motores de los vehículos, lo que coloca a este logro por encima del biodiésel –fabricado a partir de aceites vegetales o grasas animales– el cual además requiere de modificaciones en el motor de los vehículos para poder funcionar, publicó la revista Nature. En este aspecto, la gasolina obtenida a partir de la bacteria sí sería totalmente compatible con los motores de los vehículos sin tener que modificarlos para su utilización. Por otra parte, a pesar de que de momento su capacidad de fabricación es mínima, con 580 miligramos de gasolina por litro producidos por el grupo coreano, el objetivo a largo plazo es mejorar la producción y abaratar el coste. “Es sólo el comienzo de las investigaciones para la producción sostenible de la gasolina. Actualmente estamos trabajando en aumentar el rendimiento y la productividad de la biogasolina”, dijo Sang Yup Lee, quien además es el director de la investigación. 

 “Nos complace informar de la producción de gasolina a través de ingeniería metabólica de E. coli, que esperamos sirva de base para la ingeniería metabólica de microorganismos con el fin de producir combustibles y productos químicos a partir de recursos renovables”, concluyó el investigador del KAIST. La gasolina, el combustible más demandado en todo el orbe, es una mezcla de hidrocarburos, aditivos y agentes de mezcla. Los hidrocarburos, llamados alcanos, consisten sólo en átomos de carbono e hidrógeno. En este caso, los científicos surcoreanos de KAIST utilizaron la bacteria intestinal como una fábrica para segregar alcanos de cadena corta, lo que quiere decir que produjeron pequeñas cantidades de gasolina. Los investigadores describen en su trabajo la manera en la que identificaron enzimas asociadas con la producción de ácidos grasos, la ingeniería de enzimas y rutas biosintéticas de ácidos grasos para concentrar el flujo de carbono hacia la producción de ácidos grasos de cadena corta y la conversión de los ácidos grasos de cadena corta a sus correspondientes alcanos (gasolina mediante la introducción de una nueva vía sintética y la optimización de las condiciones de cultivo), publicó el diario español ABC. Esta no es la primera vez que se fabrica combustible por vía microbiana, recientemente un equipo de científicos británicos desarrolló diesel. Sin embargo, nunca en la historia de la búsqueda de combustibles alternos se había obtenido de gasolina mediante este recurso. Esta se trata de la primera vez que se puede demostrar, lo que podría acabar con la dependencia del petróleo en el mundo entero.

Este contenido ha sido publicado originalmente por SINEMBARGO.MX en la siguiente dirección: http://www.sinembargo.mx/08-10-2013/777407. Si está pensando en usarlo, debe considerar que está protegido por la Ley. Si lo cita, diga la fuente y haga un enlace hacia la nota original de donde usted ha tomado este contenido. SINEMBARGO.MX

Entrez Direct o como entrar con UNIX en las bases de datos del NCBI

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/news/02-06-2014-entrez-direct-released/?campaign=facebook-02072014

El NCBI ha lanzado Entrez Direct, un software nuevo que permite a los usuarios utilizar código UNIX para acceder directamente a las bases de datos NCBI, así como analizar y formatear los datos para hacer descargas personalizadas. 

Entrez Direct está disponible como un simple FTP download y aporta documentation en su sitio web. El paquete consta de un master script en Perl y varios scripts shell en UNIX que sirven como interface para los scripts de PERL. Entrez Direct correrá en ordenadores UNIX o Mac que tengan Perl instalado y bajo Cygwin que es un programa que simula UNIX en un entorno Windows.

La Entrez Direct documentation proporciona varios ejemplos de como funcionan los programas que están disponibles y proporcionan tres ejemplos adicionales.

¿Y si vivieran entre nosotros?