miércoles, 9 de mayo de 2018

Tupanvirus, los eslabones perdidos en el camino hacia las bacterias

El virus, llamado tupan virus, descubierto en un lago brasileño, es enorme y puede ser visto con microscopio óptico. En la foto superior vemos una fotografía de microscopía electrónica de barrido. J. Abrahão et al./Nature Communications

Se ha descubierto en Brasil un virus enorme que podría ser un eslabón perdido en la evolución de los virus a las células bacterianas. Este virus podría producir 1425 proteínas y tienen el aparato transduccional (el que permite pasar de ADN a proteínas) más grande descubierto hasta ahora en la virosfera (el conjunto de todos los virus terrestres). De hecho, tiene hasta 70 diferentes tRNAs, 20 aminoacil-tRNA sintetasas, 11 factores para todos los pasos de la traducción y factores relacionados con la maduración de los tRNA y mRNA, así como proteínas para la modificación de los ribosomas. Por si fuera poco, tienen dos secuencias genéticas similares a las regiones intrónicas de los genes ribosómicos de la subunidad ribosómica 18S. De todo el conjunto de genes necesarios para la traducción lo único que falta es la información para formar ribosomas.

Existen dos teorías sobre el origen de los virus. La primera dice que en un principio los virus funcionaban como una célula primitiva y que evolucionaron a organismos parásitos y la otra que sugiere que los virus son DNA egoísta que evolucionó para parecerse a pequeñas células.

Estos tupan virus sugieren que los protovirus (virus con ribosomas) eran entidades biológicas simples que vivían replicándose en la sopa biológica y que cuando aparecieron las primeras células procariotas y estas células con membrana lipídica agotaron la sopa biológica con sus rutas metabólicas más complejas y su capacidad de almacenamiento, los virus evolucionaron para convertirse en parásitos de esas nuevas entidades biológicas más grandes y con más capacidad para generar energía.

¿Cómo perdieron los protovirus sus ribosomas?

porque hoy en día los virus actuales no tienen ribosomas. Como siempre la solución está en la selección natural. Imaginemos dos virus A y B. El virus A es un protovirus, tiene ribosomas, y su ARN tiene 50.000 bases. El virus B perdió los genes de los ribosomas y por esa razón tienen 40.000 bases. No necesita codificar ribosomas porque puede utilizar los de la bacteria que infecta. Ambos virus infectan y se replican en el interior de bacterias. Si la ARN polimerasa copia a una velocidad de 1000 bases por minuto. ¿Cuánto tiempo tarda cada virus en replicarse? ¿Cuánta descendencia tendrá cada virus al cabo de tres horas?
SOLUCIÓN: Virus A 50 minutos virus B 40 minutos. En cuatro horas tendremos de A  16 virus, y de B tendremos 64. Si en vez de horas hablásemos de miles de años podemos entender porqué los virus actuales carecen de ribosomas.

jueves, 3 de mayo de 2018

Patada en la cabeza

Un alumno mío de bioquímica general me preguntó que qué opinaba de los experimentos del youtuber ruso que conseguía homúnculos mezclando su propio semen con un huevo. Y no, no estaba de bromas ¡Hablaba en serio!
Mi primera reacción fue la de sacarle la cabeza de los hombros de una patada. Perdóname J. P., pero si, lo pensé. Menos mal que tengo paciencia (por que si tuviese voluntad...) y recordé que me dedico a la divulgación científica por un motivo. Para evitar que las personas crean a los timadores y a los sinvergüenzas.

La ciencia no lo explica todo. Es solo un método que utilizamos para avanzar en el conocimiento. Por ejemplo, una amiga el otro día, hablando de la serie de televisión, el Ministerio del Tiempo, me explicó: "vamos, lo que viene siendo la teoría de cuerdas". Decir que mi amiga es de letras. NO, la teoría de cuerdas no sirve para justificar una serie de ficción de televisión.

La ciencia puede explicar algunas cosas. Lo bonito de la ciencia es que te permite tener algunas certezas. Y sobre estas certezas se puede construir. Es lo bonito de la verdad, que no engaña, que no te decepciona.

Hoy en día existe mucho charlatán que ha cambiado la bola de cristal por la bata de laboratorio. Los últimos charlatanes en aparecer han sido los youtubers, que por conseguir suscripciones no dudan en inventarse las historias más inverosímiles

¿Cómo detectamos un fraude en ciencia?

Lo más rápido es ver si esa persona es un científico trabajando en una institución respetable (universidad con cierto renombre, centro de invesigación, institución pública...). Digo esto porque las instituciones cuidan del buen nombre de la institución y garantizan una serie de buenas prácticas que pueden no darse si esa persona es un free lance. Recientemente ha salido en prensa el caso de un científico biohacker que se inyectó una vacuna elaborada por si mismo y se murió. Bien, este es el tipo de cosas que no se permiten cuando trabajas en una institución con tradición en investigación. Hay unos protocolos, unos procedimientos que hay que seguir.

Ciencia es solo ciencia si se publica, es decir, se hace pública para que otros investigadores puedan comprobar la veracidad de los datos y sobre ellos seguir haciendo nuevos trabajos. Por lo tanto: un youtuber hace entretenimiento nunca ciencia.

Os dejo dos enlaces para que aprendáis a distinguir la ciencia y a los sinverguenzas:


https://hipertextual.com/2015/05/pseudociencias-manual-magufo

https://elpais.com/elpais/2016/03/03/buenavida/1457011430_052456.html

Entrada dedicada a J. P. 

Extracción de ADN: prácticas de laboratorio

El proceso general de extracción de ADN consiste en: lisis de la pared celular y las membranas plasmáticas; liberación del ADN del núcleo de la célula; y finalmente eliminación de las las proteínas (nucleasas) que puedan degradar el ADN. La lisis se lleva a cabo en una solución salina, con detergentes para desnaturalizar las proteínas estructurales y permitir la liberación de los ácidos nucleicos del núcleo. Posteriormente, las proteínas celulares deben ser eliminadas, mediante la adición de proteasas y centrifugación para precipitar los demás componentes celulares. Finalmente, al añadir alcohol a la muestra, el ADN se suspende y puede ser recogido con una varilla de vidrio

Materiales:
Caja con hielo
pipetas pasteur plástico 1 mLgradilla plástica
embudos de plástico
tubos falcon 15 mL
papel filtro calidad 12,5 mn 615
tubos de ensayo pequeños 10 mL vasos de precipitación 400 mL

varilla de vidrio 25cm
mortero con pistilo
tubos eppendorf 1,5 mL

Reactivos:
10 mL. detergente líquido
1 L. de agua destilada
85 gr. de NaCl
30 mL. de zumo de piña
50 mL. de etanol frío
50 g. de guineo u otro vegetal

Método
1    Triturar bien y rápidamente en el mortero aproximadamente 50 gramos de guineo u otra muestra vegetal (por 15-20 segundos).
2    Mezclar la muestra con 100 mL. de agua destilada.
3    Añadir 9 gr. de NaCl y remover la mezcla.
4    Colocar el papel filtro en un embudo dentro de un vaso de precipitación.
5    Colocar la mezcla sobre el papel filtro dentro del embudo para filtrarla. Con la pipeta Pasteur tomar 10 mL. del líquido filtrado y transferir al tubo falcon.
6    En el tubo falcon añadir al filtrado 1mL. de detergente líquido.
7    Añadir 3 mL. de jugo de piña.
8    Tapar el tubo falcon y colocar en el agitador de tubos.
9    Mezclar la solución en el agitador de tubos durante 5 a 10 minutos sin generar espuma.
10    Retirar el tubo del agitador. Usando una pipeta Pasteur transferir 10 mL. de la fase inferior de la mezcla a un tubo de ensayo limpio.
11    Con una pipeta Pasteur ir agregando hasta 5mL. de etanol frío dejando resbalar suavemente el etanol por las paredes del tubo cuidando de no agitar el etanol con la muestra. Dejar reposar unos 15 segundos y observar que en el límite entre el filtrado y el etanol comenzará a aparecer el ADN.
12    En un tubo Eppendorf colocar 1mL de agua destilada.
Con una varilla de vidrio rotar suavemente para sacar el ADN y transferir al tubo Eppendorf para disolver el material genético

Aspecto algodonoso del ADN después de la extracción

Cuantificación ADN por espectrofotómetría


Cromatografía en gel de agarosa


Referencias:


miércoles, 2 de mayo de 2018

B. fragilis y su papel benéfico en el autismo

Está ya demostrado que las bacterias de los intestinos influyen en el desarrollo y función del cerebro. Tanto es así que se observan cambios en las bacterias de los intestinos de aquellas personas que sufren autismo. Los distintos trabajos que han estudiado estos cambios de microbioma entre los autistas y las personas sin esta enfermedad no han llegado a descifrar los mecanismos por los que ocurren estas diferencias. El investigador Mazmanian y sus colegas han recientemente publicado un artículo en “Cell” que pretende verificar si esta relación entre microbioma-cerebro es una idea que merece ser estudiada con más profundidad. Es lo que los anglosajones denominan una “prueba de concepto”. En este trabajo se muestra como, en el autismo, los metabolitos producidos por las bacterias del intestino, importan y mucho.
Los ratones MIA (maternal immune activation, en sus siglas en inglés) son un modelo para estudiar el autismo. Estos ratones MIA nacen de madres que han sido expuestas a una infección viral durante el embarazo. Cuando estos ratones nacen muestran un comportamiento autista: movimientos repetitivos y ansiedad. En humanos está demostrado que existe una relación entre infecciones prenatales y autismo. Fuente.
Los autores analizaron el microbioma de los intestinos de ratones que se utilizan para estudiar el autismo. Ya se ha publicado que la activación del sistema inmune de las madres (MIA, en sus siglas en inglés) debido a infección durante el embarazo aumenta el riesgo de que los hijos sufran autismo. Obviamente, para la realización de estos experimentos se ha desarrollado una línea de ratones para poder estudiar de manera repetitiva y reproducible esta relación entre infección, sistema inmune y autismo. Pues bien, Mazmanian lo que ha hecho es analizar el microbioma del intestino de ratones en los que se estudia el MIA. De esta manera pueden extrapolar sus resultado a humanos.

Para poder conocer qué bacterias existen en el intestino de los ratones sin autismo y los que tienen autismo, si, porque en los laboratorios hay ratones en los que se ha conseguido que sean autistas, lo que hacen los investigadores es estudiar unos genes que son característicos de cada especie. Se trata de los genes 16S rRNA. Así los investigadores extraen el ADN de las heces de los ratones y secuencian el ADN de todas las bacterias que se encuentran en esas heces. Es como si, de esa manera, sacasen una foto de familia de todas las bacterias del intestino en ese momento.

Y los resultados son: que en ratones MIA hay cambios en las bacterias intestinales. Por ejemplo, el grupo de las Lachnospiraceae spp, que pertenecen a la familia de los Clostridium, como las que producen el botulismo o el tétanos, son cuatro veces más abundantes en los ratones MIA que en lo ratones control, es decir, aquellos que no tienen enfermedad. Otra cosa curiosa fue observar que los ratones MIA tenían los intestinos inflamados y por culpa de esta inflamación era más permeable y algunas bacterias podían atravesarlo. Estas características han sido observadas en pacientes humanos con autismo.

La importancia de utilizar controles en los experimentos

Un control positivo es un experimento que de antemano sabes que va a resultar como lo estás prediciendo. Es un experimento que seguro sabes que sí va a salir y cómo va a salir.
Un control negativo es algo que sabes de antemano que no va a resultar, en este experimento sabemos que los ratones normales no desarrollan conductas autistas espontaneamente
La bacteria comensal intestinal, Bacterioides fragilis, en trabajos anteriores se demostró que era capaz de mejorar estos problemas intestinales, así que en este trabajo de Mazmanian, los autores se preguntaron si un tratamiento con B. fragilis podría revertir la patología MIA. Para eso le dieron, a los ratones MIA, B. fragilis en su comida y lo que observaron fue que las alteraciones intestinales fueron parcialmente corregidas. Por ejemplo, los niveles de Lachnospiraceae spp, se redujeron a niveles de los ratones control y, lo que es más importante, algunos de los síntomas de los ratones MIA como la ansiedad y el comportamiento repetitivo desaparecieron o disminuyeron.

Sin embargo, los autores observaron que los intestinos de los ratones MIA no se colonizaban de manera permanente con B. fragilis. Curioso. Quizás los efectos benéficos de B. fragilis eran indirectos y dependían de cambios en la composición temporales del microbioma y de los metabolitos que, producidos por B. fragilis, entraban en la circulación sanguínea como efecto colateral de la permeabilidad que tienen los intestinos de los ratones MIA. Para comprobar esta hipótesis analizaron los metabolitos de origen bacteriano en el plasma sanguíneo de ratones MIA sin tratar con B. fragilis, de ratones MIA tratados con B. fragilis y de ratones control, es decir, sin enfermedad. Para ello utilizaron un aparato potente, espectómetro de masas, que permite, con mucha sensibilidad, saber si un metabolito está o no está en el plasma sanguíneo.

Ciencia es cuando se establece claramente una causa efecto

Y lo observado fue: que obviamente los metabolitos cambiaban, el 4-etilfenilsulfato (4EPS) producido por Clostridium spp, incrementaba 46 veces en ratones MIA sin tratar con B. fragilis comparado con ratones sanos. Y lo más importante, que en ratones MIA tratados con B. fragilis estas concentraciones revertían en los ratones a niveles normales.
El principio fundamental para establecer causa y efecto está en demostrar que los efectos observados en el experimento ocurrieron después de la causa, en este caso, los síntomas autistas ocurrieron en los ratones normales después de que se les administrase una concentración de 4EPS 46 veces más alta que lo normal.
Y las sorpresas siguieron. Cuando se administraba el producto 4EPS a ratones normales se observaba un aumento en el comportamiento ansioso y de movimientos repetitivos. Esto fue la confirmación de que el 4EPS causa cambios en el comportamiento. De esta manera, Mazmanian demostró que los metabolitos microbianos conectan el intestino con el cerebro. Estos trabajos apoyan la idea de tratamiento probióticos con B. fragilis a personas afectadas por problemas neurológicos, por ejemplo autismo.

NOTA IMPORTANTE: Estos estudios han sido realizados en un modelo de ratón. Por lo tanto, aunque son muy prometedores, NO SE PUEDE decir que valgan para humanos. Si amigos, la ciencia es así. La diferencia entre un trabajo riguroso y los timadores es que los resultados se basan en hechos. Si lo que hemos leído es en ratones pues por ahora sólo sirve para ratones

¿Suicidio en masa?

Una bacteria que vive en el suelo, Paenibacillus tundrae, puede acidificar tanto el ambiente de la colonia que llega a pH de 4, mortales para las células, y de esa forma la colonia desaparece en 24 horas. ¿Suicidio en masa? ¿Cuál podría ser la razón?. Fuente

martes, 1 de mayo de 2018

El coco que era bacilo

Si se trata de Staphylococcus coccus coccus coccus coccus... no podemos hablar de un bacilo
¿Dónde quedó la capacidad de observación, de relacionar?